《神農本草經》又稱《本草經》或《本經》，託名“神農”所作，實成書於漢代，是中醫四大經典著作之一，是已知最早的中藥學著作。 《神農本草經》全書分三卷，載藥365種，以三品分類法，分上、中、下三品，文字簡練古樸，成為中藥理論精髓。 《神農本草經》記載了365種藥物的療效，多數真實可靠，仍是臨床常用藥；它提出了辨證用藥的思想，所論藥物適應病症能達170多種，對用藥劑量、時間等都有具體規定，這也對中藥學起到了奠基作用。 [1]
相傳起源於神農氏，代代口耳相傳，於東漢時期集結整理成書，成書非一時，作者亦非一人，秦漢時期眾多醫學家蒐集、總結、整理當時藥物學經驗成果的專著，是對中國中醫藥的第一次系統總結。其中規定的大部分中藥學理論和配伍規則以及提出的“七情和合”原則在幾千年的用藥實踐中發揮了巨大作用，是中醫藥藥物學理論發展的源頭。
《神農本草經》系統地總結了古代醫家等各方面的用藥經驗，對已經掌握的藥物知識進行了一次全面而係統的整理。全書共計收錄了365種藥物，正好與一年365日相合，這倒並非巧合，而是作者有意為之的結果。事實上，當時掌握的藥物數量已經遠超此數，但由於受到術數思想的影響，所以從中選取了365種藥物，“法三百六十五度，一度應一日，以成一歲”。
《神農本草經》不止進行了藥物的蒐集工作，還有意識地對所收藥物進行了分門別類工作，將365種藥物按照上、中、下分為三類，這被稱為“三品分類法”。分類的依據主要是藥物的性能功效。
《本經·序錄》中即言：“上藥一百二十種為君，主養命以應天，無毒，久服不傷人，”如人參、甘草、地黃、黃連、大棗等；“中藥一百二十種為臣，主養性以應人，無毒有毒，斟酌其宜。”，需判別藥性來使用，如百合、當歸、龍眼、麻黃、白芷、黃芩等；“下藥一百二十五種為佐使，主治病以應地，多毒，不可久服。”，如大黃、烏頭、甘遂、巴豆等。
《神農本草經》中也蘊含著豐富而深刻的藥物理論，由此奠定了藥物學的理論構架。此部分內容主要見於序錄部分，相當於全書總論，雖然文字並不長，只有十三條，但已經涵蓋了藥物學的各個方面。
以藥物配伍為例，《神農本草經》中提出了君臣佐使的組方原則。所謂君臣佐使，本為社會中的不同階層成員，有不同的職能與等級，藥物學將其借用來說明藥物在配伍中的不同角色，如上品藥為君藥，中品藥為臣藥，而下品藥為佐使藥。在組方時，應該充分考慮藥物的特性，方中既要有君藥、臣藥，還要有起協助作用的佐使之藥。其比例可按照一君、二臣、三佐、五使或一君、三臣、九佐使的原則來處理。
在藥物配伍中，兩味或兩味以上的藥物用在一個方劑中，相互之間會產生不同的反應：有的藥物共同使用能發揮更大的功效，有的兩藥相遇一方會減小另一方的藥性；有的藥可以製約另一種藥物的毒性；有的兩種藥品本身均無毒，但如果兩藥相遇則會產生很大的毒性，不能同用等。 《神農本草經》中共總結了七種關係，包括單行、相須、相使、相畏、相惡、相反、相殺等，認為對此“七情”要“合和視之”，這便是“七情和合”的配伍原則。
《神農本草經》中對於所收錄的各種藥物的功效和主治疾病都進行了簡要的記載與描述，這無疑是早期臨床藥學寶貴經驗的總結。長期臨床實踐和現代研究都證明《神農本草經》中對於所載藥物的功效認識大部分是正確的，其中許多藥物至今仍然在臨床廣泛應用，比如人參補益、黃連止痢、麻黃定喘、常山截瘧、大黃瀉下等。而且各種藥物主治疾病的種類也非常廣泛，約有170餘種，包括了內、外、婦、兒、五官等科疾病。此外，《神農本草經》中對於藥物的性味、產地與採製、炮製方法，乃至用藥原則和服藥方法等都有涉及，極大地豐富了藥物學的知識體系。