穆皇帝諱聃，字彭子，康帝子也。建元二年九月丙申，立為皇太子。戊戌，康帝崩。己亥，太子即皇帝位，時年二歲。大赦，尊皇後為皇太後。壬寅，皇太後臨朝攝政。冬十月乙醜，葬康皇帝於崇平陵。十一月庚辰，車騎將軍庾冰卒。
穆皇帝名司馬聃，字彭子，是康帝的兒子。建元二年九月丙申，立為皇太子。戊戌日，康帝去世。己亥日，太子即皇帝位，當時年僅兩歲。大赦天下，尊皇後為皇太後。壬寅日，皇太後上朝攝政。冬十月乙醜，把康皇帝安葬在崇平陵。十一月庚辰，車騎將軍庾冰去世。

永和元年春正月甲戌朔，皇太後設白紗帷於太極殿，抱帝臨軒。改元。甲申，進鎮軍將軍、武陵王晞為鎮軍大將軍、開府儀同三司，以鎮軍將軍顧眾為尚書右仆射。夏四月壬戌，詔會稽王昱錄尚書六條事。五月戊寅，大雩。尚書令、金紫光祿大夫、建安伯諸葛恢卒。六月癸亥，地震。秋七月庚午，持節、都尉江荊司梁雍益寧七州諸軍事、江州刺史、征西將軍、都亭侯庾翼卒。翼部將於瓚、戴羲等殺冠軍將軍曹據，舉兵反，安西司馬硃燾討平之。八月，豫州刺史路永叛奔於石季龍。庚辰，以輔國將軍、徐州刺史桓溫為安西將軍、持節、都督荊司雍益梁寧六州諸軍事，領護南蠻校尉、荊州刺史。石季龍將路永屯於壽春。九月丙申，皇太後詔曰：“今百姓勞弊，其共思詳所以振恤之宜。及歲常調非軍國要急者，並宜停之。”冬十二月，李勢將爨頠來奔。涼州牧張駿伐焉耆，降之。
永和元年春正月甲戌初一，皇太後在太極殿設置白紗帷幕，抱著穆帝坐到殿前。改年號。甲申日，進升鎮軍將軍、武陵王司馬晞為鎮軍大將軍、開府儀同三司，任命領軍將軍顧眾為尚書右仆射。夏四月壬戌，詔令會稽王司馬昱錄尚書六條事。五月戊寅，舉行大雩之祭。尚書令、金紫光祿大夫、建安伯諸葛恢死。六月癸亥，發生地震。秋七月庚午，持節、都尉江、荊、司、梁、雍、益、寧七州諸軍事、江州刺史、征西將軍、都亭侯庾翼死。庚翼的部將於瓚、戴羲等殺冠軍將軍曹據，舉兵反叛，安西司馬朱燾討伐伐並平定了他們。八月，豫州刺史路永反叛並投奔了石季龍。庚辰日，任命輔國將軍、徐州刺史桓溫為安西將軍、持節、都督荊、司、雍、益、梁、寧六州諸軍事，兼領護南蠻校尉、荊州刺史。石季龍的將領路永屯於壽春。九月丙申，皇太後詔曰：“如今百姓勞苦，請一起仔細考慮振濟撫恤的事宜辦法。至於賦稅勞役凡不是軍隊國政所急需的，都應該停止。”冬十二月，李勢將爨頠來投奔。涼州牧張駿攻打焉耆，降服了他們。

二年春正月丙寅，大赦。己卯，使持節、侍中、都督揚州諸軍事、揚州刺史、驃騎將軍、錄尚書事、都鄉侯何充卒。二月癸醜，以左光祿大夫葵謨領司徒，錄尚書六條事、撫軍大將軍、會稽王昱及謨並輔政。三月丙子，以前司徒左長史殷浩為建武將軍、揚州刺史。夏四月己酉朔，日有蝕之。五月丙戌，涼州牧張駿卒，子重華嗣。六月。石季龍將王擢襲武街，執張重華護軍胡宣。又使麻秋、孫伏都伐金城，太守張衝降之。重華將謝艾擊秋，敗之。秋七月，以兗州刺史褚裒為征北大將軍，開府儀同三司。冬十月，地震。十一月辛未，安西將軍桓溫帥征虜將軍周撫，輔國將軍、譙王無忌，建武將軍袁喬伐蜀，拜表輒行。十二月，枉矢自東南流於西北，其長竟天。
二年春正月丙寅，大赦天下。己卯日，使持節、侍中、都督揚州諸軍事、揚州刺史、驃騎將軍、錄尚書事、都鄉侯何充死。二月癸醜，任命左光祿大夫葵兼領司徒，錄尚書六條事、撫軍大將軍、會稽王昱和蔡謨一起輔佐國政。三月丙子，任命前司徒左長史殷浩為建武將軍、揚州刺史。夏四月己酉初一，出現日食。五月丙戌，涼州牧張駿死，他的兒子張重華繼承職位。六月。石季龍將的將領王擢襲擊武街，俘獲張重華的護軍胡宣。石季龍又派麻秋、孫伏都攻打金城，太守張衝投降。張重華的將領謝艾攻打麻秋，打敗了麻秋。秋七月，任命兗州刺史褚裒為征北大將軍，開府儀同三司。冬十月，發生地震。十一月辛未，安西將軍桓溫率領征虜將軍周撫，輔國將軍、譙王司馬無忌，建武將軍袁喬攻打蜀國，上了奏章馬上就出發。十二月，枉矢星從東南流向西北，行徑整個天空。

三年春正月乙卯，桓溫攻成都，克之。丁亥，李勢降，益州平。林邑範文攻陷日南，害太守夏侯覽，以屍祭天。夏四月，地震。蜀人鄧定、隗文舉兵反，桓溫又擊破之，使益州刺史周撫鎮彭模。丁巳，鄧定、隗文複入據成都，征虜將軍楊謙棄涪城，退保德陽。五月戊申，進慕容皝為安北將軍。石季龍又使其將石寧、麻秋等伐涼州，次於曲柳。張重華使將軍牛旋禦之，退守枹罕。六月辛酉，大赦。秋七月，範文複陷日南，害督護劉雄。隗文立範賁為帝。八月戊午，張重華將謝艾進擊麻秋，大敗之。九月，地震。冬十月乙醜，假涼州刺史張重華大都督隴右關中諸軍事、護羌校尉、大將軍，武都氐王楊初為征南將軍、雍州刺史、平羌校尉、仇池公，並假節。十二月，振威護軍蕭敬文害征虜將軍楊謙，攻涪城，陷之。遂取巴西，通於漢中。
三年春正月乙卯，桓溫攻打成都，克之。丁亥日，李勢投降，益州平定。林邑範文攻陷日南，害太守夏侯覽，用屍體祭天。夏四月，地震。蜀人鄧定、隗文率領軍隊反叛，桓溫又擊敗他們，並派益州刺史周撫鎮彭模。丁巳，鄧定、隗文兩次入據成都，征虜將軍楊謙放棄涪城，退保德陽。五月戊申，進升慕容皝為安北將軍。石季龍又派他的將領石寧、麻秋等人攻打涼州，駐在曲柳。張重華派將軍牛旋抵禦他們，退守枹罕。六月辛酉，大赦天下。秋七月，範文再次攻陷日南，殺害守將劉雄。隗文立範賁為皇帝。八月戊午，張重華的將領謝艾進擊麻秋，大敗他們。九月，地震。冬十月乙醜，暫任涼州刺史張重華為大都督隴右關中諸軍事、護羌校尉、大將軍，武都氐王楊初為征南將軍、雍州刺史、平羌校尉、仇池公，全都授假節。十二月，振威護軍蕭敬文殺害征虜將軍楊謙，攻打涪城，攻下。隨之奪取巴西，與漢中相通。

四年夏四月，範文寇九德，多所殺害。五月，大水。秋八月，進安西將軍桓溫為征西大將軍、開府儀同三司，封臨賀郡公；西中郎將謝尚為安西將軍。九月丙申，慕容皝死，子雋嗣偽位。冬十月己未，地震。石季龍使其將苻健寇竟陵。十二月，豫章人黃韜自號孝神皇帝，聚眾數千，寇臨川，太守庾條討平之。
四年夏四月，範文侵犯九德，殺害了很多人。五月，發大水。秋八月，進安西將軍桓溫為征西大將軍、開府儀同三司，封臨賀郡公；西中郎將謝尚為安西將軍。九月丙申，慕容皝死，他的兒子幕容雋繼承偽位。冬十月己未，地震。石季龍派他的將領苻健攻打竟陵。十二月，豫章人黃韜從稱孝神皇帝，聚集了數千人，攻打臨川，太守庾條征討伐，並消滅了他們。

五年春正月辛巳朔，大赦。庚寅，地震。石季龍僭即皇帝位於鄴。二月，征北大將軍褚裒使部將王龕北伐，獲石季龍將支重。夏四月，益州刺史周撫、龍驤將軍硃燾擊範賁，獲之，益州平。封周撫為建城公。假慕容雋大將軍、幽平二州牧、大單於、燕王。征西大將軍桓溫遣督軍滕畯討範文，為文所敗。石季龍死，子世嗣偽位。五月，石遵廢世而自立。六月，桓溫屯安陸，遣諸將討河北。石遵揚州刺史王浹以壽陽來降。秋七月，褚裒進次彭城，遣部將王龕、李邁及石遵將李農戰於代陂，王師敗績，王龕為農所執，李邁死之。八月，褚裒退屯廣陵，西中郎將陳逵焚壽春而遁。梁州刺史司馬勳功石遵長城戍，仇池公楊初襲西城，皆破之。冬十月，石遵將石遇攻宛，陷之，執南陽太守郭啟。司馬勳進次懸鉤，石季龍故將麻秋距之，勳退還梁州。十一月丙辰，石鑒弑石遵而自立。十二月己酉，使持節、都督徐兗二州諸軍事、徐州刺史、征北大將軍、開府儀同三司、都鄉侯褚裒卒。以建武將軍、吳國內史荀羨為使持節、監徐兗二州諸軍事、北中郎將、徐州刺史。
五年春正月辛巳初一，大赦天下。庚寅日，地震。石季龍在鄴城即皇帝位。二月，征北大將軍褚裒讓部將王龕北伐，俘獲石季龍的將領導支重。夏四月，益州刺史周撫、龍驤將軍朱燾攻打範賁，並把他抓了起來，益州平定。封周撫為建城公。暫任慕容雋大將軍、幽平二州牧、大單於、燕王。征西大將軍桓溫派督軍滕畯討伐劃範文，被範文打敗。石季龍死，他的兒子繼承偽位。五月，石遵廢了石世，從立為皇帝。六月，桓溫屯安陸，派各將討伐伐河北。石遵的揚州刺史王浹率領壽陽人馬來投降。秋七月，褚裒進駐彭城，派派部將王龕、李邁和石遵的將領李農交戰，官軍被打得大敗，王龕被李農俘獲，李邁戰死。八月，褚裒退駐廣陵，西中郎將陳逵焚燒壽春城後逃跑。梁州刺史司馬勳在長城戍攻打石遵，仇池公楊初襲出西城，都打敗了敵人。冬十月，石遵將石遇打攻宛，攻克，俘獲了南陽太守郭啟。司馬勳進駐懸鉤，石季龍故將麻秋抵抗他，司馬勳退回梁州。十一月丙辰，石鑒弑石遵，從立為帝。十二月己酉，使持節、都督徐兗二州諸軍事、徐州刺史、征北大將軍、開府儀同三司、都鄉侯褚裒去世。任命建武將軍、吳國內史荀羨為使持節、監徐、兗二州諸軍事、北中郎將、徐州刺史。

六年春正月，帝臨朝，以褚裒喪故，懸而不樂。閏月，冉閔弑石鑒，僭稱天王，國號魏。鑒弟祗僭帝號於襄國。丁醜，彗星見於亢。己醜，加中軍將軍殷浩督揚豫徐兗青五州諸軍事、假節。氐帥苻洪遣使來降，以為氐王，封廣川郡公。假洪子健節，監河北諸軍事、右將軍，封襄國縣公。三月，石季龍故將麻秋鴆殺苻洪於枋頭。夏五月，大水。廬江太守袁真攻合肥，克之。六月，石祗遣其弟琨攻冉閔將王泰於邯鄲，琨師敗績。秋八月，輔國將軍、譙王無忌薨。苻健帥眾入關。冬十一月，冉閔圍襄國。十二月，免司徒蔡謨為庶人。是歲，大疫。
六年春正月，穆帝上朝，因為褚裒喪葬的緣故，樂器懸掛起來不秦樂。閏月，冉閔殺石鑒，自稱天王，國號為魏。石鑒的弟弟石祗也在襄國稱帝。丁醜日，彗星出現在亢宿。己醜日，加任中軍將軍殷浩督揚豫徐兗青五州諸軍事、假節。氐率領苻洪派使者來投降，任苻蔡共為氐王，封廣川郡公。暫援苻洪的兒子苻健苻節，監河北諸軍事、右將軍，封襄國縣公。三月，石季龍的老將麻秋在枋頭殺死苻洪。夏五月，發大水。廬江太守袁真攻打合肥，克之。六月，石祗派其弟石琨在邯鄲攻打冉閔的將領王泰，石琨的軍隊被打得大敗。秋八月，輔國將軍、譙王司馬無忌去世。苻健率領軍隊入關。冬十一月，冉閔圍攻襄國。十二月，把司徒蔡謨貶為庶人。這一年，有大瘟疫。

七年春正月丁酉，日有蝕之。辛醜，鮮卑段龕以青州來降。苻健僭稱王，國號秦。二月戊寅，以段龕為鎮北將軍，封齊公。石祗大敗冉閔於襄國。夏四月，梁州刺史司馬勳出步騎三萬，自漢中入秦川，與苻健戰於五丈原，王師敗績。加尚書令顧和開府儀同三司。劉顯殺石祗。五月，祗兗州刺史劉啟自鄄城來奔。秋七月，尚書令、左光祿大夫、開府儀同三司顧和卒。甲辰，濤水入石頭，溺死者數百人。八月，冉閔豫州牧張遇以許昌來降，拜鎮西將軍。九月，峻陽、太陽二陵崩。甲辰，帝素服臨於太極殿三日，遣兼太常趙拔修複山陵。冬十月，雷雨，震電。十一月，石祗將姚弋仲、冉閔將魏脫各遣使來降，以弋仲為車騎將軍、大單於，封高陵郡公；弋仲子襄為平北將軍、都督並州諸軍事、並州刺史、平鄉縣公；脫為安北將軍、監冀州諸軍事、冀州刺史。十二月辛未，征西大將軍桓溫帥眾北伐，次於武昌而止。時石季龍故將周成屯廩丘，高昌屯野王，樂立屯許昌，李曆屯衛國，皆相次來降。
七年春正月丁酉初一，日食。辛醜日，鮮卑段龕獻上青州來投降。苻健僣稱王，國號為秦。二月戊寅，任命段龕為鎮北將軍，封齊公。石祗在襄國把敗冉打得大敗。夏四月，梁州刺史司馬勳出步騎三萬，從漢中入秦川，在五丈原和符健交戰，官軍大敗。加任尚書令顧和為開府儀同三司。劉顯殺石祗。五月，石祗的兗州刺史劉啟從鄄城來投奔。秋七月，尚書令、左光祿大夫、開府儀同三司顧和去世。甲辰日，洪水衝入石頭城，溺死數百人。八月，冉閔的豫州牧張遇率領許昌人馬來投降，授張遇鎮西將軍。九月，峻陽、太陽兩陵崩塌。甲辰日開始，皇帝穿著素服上太極殿三天，派兼太常趙拔修複山陵。冬十月，雷有雨，電閃雷鳴。十一月，石祗的將領姚弋仲、冉閔的將領魏脫各派人來表示投降，任命弋仲為車騎將軍、大單於，封高陵郡公；姚弋仲兒子姚襄為平北將軍、都督並州諸軍事、並州刺史、平鄉縣公；魏脫為安北將軍、監冀州諸軍事、冀州刺史。十二月辛未日，征西大將軍桓溫率領軍隊北伐，到武昌後停下。當時石季龍老部下周成屯駐在廩丘，高昌屯駐在野王，樂立屯駐在許昌，李曆屯駐在衛國，全都先後來投降。

八年春正月辛卯，日有蝕之。劉顯僭帝號於襄國，冉閔擊破，殺之。苻健僭帝號於長安。二月，峻平、崇陽二陵崩。戊辰，帝臨三日，遣殿中都尉王惠如洛陽，以衛五陵。鎮西將軍張遇反於許昌，使其黨上官恩據洛陽。樂弘攻督護戴施於倉垣。三月，使北中郎荀羨鎮淮陰。苻健別帥侵順陽，太守薛珍擊破之。夏四月，冉閔為慕容雋所滅。雋僭帝號於中山，稱燕。安西將軍謝尚帥姚襄與張遇戰於許昌之誡橋，王師敗績。苻健使其弟雄襲遇，虜之。秋七月，大雩。石季龍故將王擢遣使請降，拜征西將軍、秦州刺史。丁酉，以鎮軍大將軍、武陵王晞為太宰，撫軍大將軍、會稽王昱為司徒，征西大將軍桓溫為太尉。八月，平西將軍周撫討蕭敬文於涪城，斬之。冉閔子智以鄴降，督護戴施獲其傳國璽，送之，文曰“受天之命，皇帝壽昌”，百僚畢賀。九月，冉智為其將馬願所執，降於慕容恪。中軍將軍殷浩帥眾北伐，次泗口，遣河南太守戴施據石門，滎陽太守劉遂戍倉垣。冬十月，秦州刺史王擢為苻健所逼，奔於涼州。
八年春正月辛卯，日食。劉顯在襄國僣帝號，冉閔打敗劉顯，殺了他。苻健在長安稱帝號。二月，峻平、崇陽兩陵崩。戊辰日開始，穆帝上朝三天，派殿中都尉王惠到洛陽，任命衛五陵。鎮西將軍張遇在許昌反叛，派他的同黨上官恩據守洛陽。樂弘在倉垣攻打督護戴施。三月，派北中郎將荀羨鎮守淮陰。苻健的別率領入侵順陽，太守薛珍打敗了他們。夏四月，冉閔被慕容雋所滅。幕容雋在中山僣稱帝號，國號燕。安西將軍謝尚率領姚襄與張遇戰於許昌的誡橋，官軍大敗。苻健派他的弟弟苻雄花卉攻擊張遇，俘虜了他。秋七月，祭天求雨。石季龍的故將王擢派使者來請求投降，任王擢為征西將軍、秦州刺史。丁酉日，任命鎮軍大將軍、武陵王司馬晞為太宰，任命撫軍大將軍、會稽王司馬昱為司徒，征西大將軍桓溫為太尉。八月，平西將軍周撫討伐蕭敬文於涪城，殺了他。冉閔的兒子冉智率領鄴城人馬投降，督護戴施得到了他的傳國玉璽，呈送皇上，璽文是“受天之命，皇帝壽昌”，百官都來慶賀。九月，冉智被的將領馬願逮捕，向慕容恪投降。中軍將軍殷浩率領軍隊北伐，駐在泗口，派河南太守戴施占據石門，滎陽太守劉遂戍倉垣。冬十月，秦州刺史王擢為苻健所逼迫，逃到涼州。

九年春正月乙卯朔，大赦。張重華使王擢與苻健將苻雄戰，擢師敗績。丙寅，皇太後與帝同拜建平陵。三月，旱。交州刺史阮敷討林邑範佛於日南，破其五十餘壘。夏四月，以安西將軍謝尚為尚書仆射。五月，大疫。張重華複使王擢襲秦州，取之。仇池公楊初為苻雄所敗。秋七月丁酉，地震，有聲如雷。八月，遣兼太尉、河間王欽修複五陵。冬十月，中軍將軍殷浩進次山桑，使平北將軍姚襄為前鋒，襄叛，反擊浩，浩棄輜重，退保譙城。丁未，涼州牧張重華卒，子耀靈嗣。是月，張祚弑耀靈而自稱涼州牧。十一月，殷浩使部將劉啟、王彬之討姚襄，複為襄所敗，襄遂進據芍陂。十二月，加尚書仆射謝尚為都督豫、揚、江西諸軍事，領豫州刺史，鎮曆陽。
九年春正月乙卯初一，大赦天下。張重華派王擢與苻健將領苻雄交戰，王擢的軍隊大敗。丙寅日，皇太後與皇帝共同拜祭建平陵。三月，天旱。交州刺史阮敷討伐林邑範佛於日南，攻破敵人五十多個營壘。夏四月，任命安西將軍謝尚為尚書仆射。五月，瘟疫大流行。張重華兩次派王擢攻擊秦州，攻克。仇池公楊初被苻雄打敗。秋七月丁酉，地震，發出雷鳴般的聲音。八月，派兼太尉、河間王欽修複五陵。冬十月，中軍將軍殷浩進駐山桑，派平北將軍姚襄為前鋒，姚襄反叛，反過來攻打殷浩，殷浩丟棄輜重，退保譙城。丁未日，涼州牧張重華去世，他的兒子張耀靈繼任。當月，張祚弑耀靈自稱涼州牧。十一月，殷浩使部將劉啟、王彬之討伐姚襄，又被姚襄打敗，姚襄進據芍陂。十二月，加援尚書仆射謝尚為都督豫、揚、江西諸軍事，兼領豫州刺史，鎮守曆陽。

十年春正月己酉朔，帝臨朝，以五陵未複，懸而不樂。涼州牧張祚僭帝位。冉閔降將周成舉兵反，自宛陵襲洛陽。辛酉，河南太守戴施奔鮪渚。丁卯，地震，有聲如雷。二月己醜，太尉、征西將軍桓溫帥師伐關中。廢揚州刺史殷浩為庶人，以前會稽內史王述為揚州刺史。夏四月己亥，溫及苻健子萇戰於藍田，大敗之。五月，江西乞活郭敞等執陳留內史劉仕而叛，京師震駭，以吏部尚書周閔為中軍將軍，屯於中堂，豫州刺史謝尚自曆陽還衛京師。六月，苻健將苻雄悉眾及桓溫戰於白鹿原，王師敗績。秋九月辛酉，桓溫糧盡，引還。
十年春正月己酉初一，皇帝上朝，由於五陵未修複，樂器懸而不奏。涼州牧張祚僣帝位。冉閔降將周成舉兵反，從宛陵襲洛陽。辛酉日，河南太守戴施奔鮪渚。丁卯日，地震，有聲如雷。二月己醜，太尉、征西將軍桓溫率領師伐關中。廢揚州刺史殷浩為庶人，任命前會稽內史王述為揚州刺史。夏四月己亥，溫及苻健子萇戰於藍田，大敗之。五月，江西乞活郭敞等執陳留內史劉仕而叛，京師震駭，任命吏部尚書周閔為中軍將軍，屯於中堂，豫州刺史謝尚從曆陽還衛京師。六月，苻健將苻雄悉眾及桓溫戰於白鹿原，官軍大敗。秋九月辛酉，桓溫糧盡，引還。

十一年春正月甲辰，侍中、汝南王統薨。平羌校尉、仇池公楊初為其部將梁式所害，初子國嗣位，因拜鎮北將軍、秦州刺史。齊公段龕襲慕容雋將榮國於郎山，敗之。夏四月壬申，隕霜。乙酉，地震。姚襄帥眾寇外黃，冠軍將軍高季大破之。五月丁未，地又震。六月，苻健死，其子生嗣偽位。秋七月，宋混、張瓘弑張祚，而立耀靈弟玄靚為大將軍、涼州牧，遣使來降。以吏部尚書周閔為尚書左仆射，領軍將軍王彪之為尚書右仆射。冬十月，進豫州刺史謝尚督並冀幽三州諸軍事、鎮西將軍，鎮馬頭。十二月，慕容恪帥眾寇廣固。壬戌，上黨人馮鴦自稱太守，背苻生遣使來降。
十一年春正月甲辰，侍中、汝南王司馬統去世。平羌校尉、仇池公楊初為其部將梁式殺害，楊初的兒子楊國繼承爵位，於是揚國為鎮北將軍、秦州刺史。齊公段龕在郎山襲擊慕容雋的將領榮國，打敗了榮國。夏四月壬申，降霜。乙酉，地震。姚襄率領軍隊侵犯外黃，冠軍將軍高季大敗他們。五月丁未日，又地震。六月，苻健死，他的兒子苻生繼偽位。秋七月，宋混、張瓘殺張祚，而立張耀靈的弟張玄靚為大將軍、涼州牧，派使來投降。任命吏部尚書周閔為尚書左仆射，領軍將軍王彪之為尚書右仆射。冬十月，進升豫州刺史謝尚督並冀幽三州諸軍事、鎮西將軍，鎮守馬頭。十二月，慕容恪率領軍隊入侵廣固。壬戌日，上黨人馮鴦自稱太守，背叛苻生派人來投降。

十二年春正月丁卯，帝臨朝，以皇太後母喪，懸而不樂。鎮北將軍段龕及慕容恪戰於廣固，大敗之，恪退據安平。二月辛醜，帝講《孝經》。三月，姚襄入於許昌，以太尉桓溫為征討大都督以討之。秋八月己亥，桓溫及姚襄戰於伊水，大敗之，襄走平陽，徙其餘眾三千餘家於江漢之間，執周成而歸。使揚武將軍毛穆之，督護陳午，輔國將軍、河南太守戴施鎮洛陽。冬十月癸巳朔，日有蝕之。慕容恪攻段龕於廣固，使北中郎將荀羨帥師次於琅邪以救之。十一月，遣兼司空、散騎常侍車灌，龍驤將軍袁真等持節如洛陽，修五陵。十二月庚戌，以有事於五陵，告於太廟，帝及群臣皆服緦，於太極殿臨三日。是歲，仇池公楊國為其從父俊所殺，俊自立。
十二年春正月丁卯，皇帝上朝，因為皇太後母死，懸掛樂器而不奏樂。鎮北將軍段龕在廣固和慕容恪交戰，大敗幕容恪，幕容恪退守安平。二月辛醜日，皇帝講《孝經》。三月，姚襄進入許昌，朝廷任命太尉桓溫為征討大都督討伐姚襄。秋八月己亥，桓溫在伊水和姚襄交戰，大敗姚襄，姚襄逃到平陽，把殘餘的三千多家眷徙到江漢之間，抓獲周成而回。派揚武將軍毛穆之，督護陳午，輔國將軍、河南太守戴施鎮守洛陽。冬十月癸巳初一，日食。慕容恪攻打段龕於廣固，朝廷派北中郎將荀羨率領軍隊駐在琅邪救援段龕。十一月，派兼司空、散騎常侍車灌，龍驤將軍袁真等人持節到洛陽，修複五陵。十二月庚戌，因為要修五陵，到太廟祭告祖先，皇帝和大臣們都穿絲麻喪服，於太極殿臨朝三日。這一年，仇池公楊國被他的叔父楊俊殺死，楊俊自立為仇沲公。

升平元年春正月壬戌朔，帝加元服，告天太廟，始親萬機。大赦，改元，增文武位一等。皇太後居崇德宮。丁醜，隕石於槐裏一。是月，鎮北將軍、齊公段龕為慕容恪所陷，遇害。扶南竺旃檀獻馴象，詔曰：“昔先帝以殊方異獸或為人患，禁之。今及其未至，可令還本土。”三月，帝講《孝經》。壬申，親釋奠於中堂。夏五月庚午，鎮西將軍謝尚卒。苻生將苻眉、苻堅擊姚襄，戰於三原，斬之。六月，苻堅殺苻生而自立。以軍司謝奕為使持節、都督、安西將軍、豫州刺史。秋七月，苻堅將張平以並州降，遂以為並州刺史。八月丁未，立皇後何氏，大赦，賜孝悌鰥寡米，人五斛，逋租宿債皆勿收，大酺三日。冬十月，皇後見於太廟。十一月，雷。十二月，以太常王彪之為尚書左仆射。
升平元年春正月壬戌初一，皇帝加元服，在太廟祭告祖先，開始親自處理國家大事。大赦，改年號，文武官員爵位都晉升一等。皇太後居住在崇德宮。丁醜日，有一塊隕石落在槐裏。當月，鎮北將軍、齊公段龕被慕容恪攻陷，遇害。扶南竺旃檀進獻馴象，皇帝下詔說：“從前先帝因為異國的怪獸有的成為人患，禁止過。現在趁著還沒有來到，可以讓它們回到原來的地方去。”三月，皇帝講《孝經》。壬申日，親自在中堂祭奠孔子。夏五月庚午，鎮西將軍謝尚去世。苻生的將領苻眉、苻堅打姚襄，在三原交戰，殺了姚襄。六月，苻堅殺苻生自立為王。朝廷任命軍司謝奕為使持節、都督、安西將軍、豫州刺史。秋七月，苻堅軍援將領張平率領並州人馬投降，便任命張平為並州刺史。八月丁未日，立皇後何氏，大赦，賜賞孝悌鰥寡的人大米，每人五斛，欠租和欠債的都免除，大宴三日。冬十月，皇後進於太廟。十一月，有雷。十二月，任命太常王彪之為尚書左仆射。

二年春正月，司徒、會稽王昱稽首歸政，帝不許。三月，慕容雋陷冀州諸郡，詔安西將軍謝奕、北中郎將荀羨北伐。三月，佽飛督王饒獻鴆鳥，帝怒，鞭之二百，使殿中禦史焚其鳥於四達之衢。夏五月，大水。有星孛於天船。六月，並州刺史張平為苻堅所逼，帥眾三千奔於平陽，堅追敗之。慕容恪進據上黨，冠軍將軍馮鴦以眾叛歸慕容雋，雋盡陷河北之地。秋八月，安西將軍謝奕卒。壬申，以吳興太守謝萬為西中郎將、持節、監司豫冀並四州諸軍事、豫州刺史。以散騎常侍郗曇為北中郎將、持節、都督徐兗青冀幽五州諸軍事、徐兗二州刺史，鎮下邳。冬十月乙醜，陳留王曹勱薨。十一月庚子，雷。辛酉，地震。十二月，北中郎將荀羨及慕容雋戰於山荏，王師敗績。
二年春正月，司徒、會稽王司馬昱稽賠罪還政，皇帝不允許。三月，慕容雋攻陷冀州各郡，皇帝詔令安西將軍謝奕、北中郎將荀羨北伐。三月，佽飛督王饒進獻鴆鳥，皇帝很生氣，罰打二百鞭，派殿中禦史在八通八達的路口焚燒鴆鳥。夏五月，發大水。有慧星進入天船星區。六月，並州刺史張平被苻堅所逼，率領三千人馬逃往於平陽，苻堅追上並打敗了他。慕容恪進據上黨，冠軍將軍馮鴦率領軍事反叛，歸附了慕容雋，慕容雋全部攻占了河北的地方。秋八月，安西將軍謝奕去世。壬申日，任命吳興太守謝萬為西中郎將、持節、監司豫冀並四州諸軍事、豫州刺史。任命散騎常侍郗曇為北中郎將、持節、都督徐兗青冀幽五州諸軍事、徐兗二州刺史，鎮守下邳。冬十月乙醜日，陳留王曹勱去世。十一月庚子，打雷。辛酉日，地震。十二月，北中郎將荀羨和慕容雋在山荏交戰，荀羨大敗。

三年春三月甲辰，詔以比年出軍，糧運不繼，王公已下十三戶借一人一年助運。秋七月，平北將軍高昌為慕容雋所逼，自白馬奔於滎陽。冬十月慕容雋寇東阿，遣西中郎將謝萬次下蔡，北中郎將郗曇次高平以擊之，王師敗績。十一月戊子，進揚州刺史王述為衛將軍。十二月，又以中軍將軍、琅邪王丕為驃騎將軍，東海王奕為車騎將軍。封武陵王晞子逢為梁王。交州刺史溫放之帥兵討林邑參黎、耽潦，並降之。
三年春三月甲辰，下詔書，因為連年打仗，糧草運輸跟不上，自王公以下每十三戶借調一個人幫助運輸一年。秋七月，平北將軍高昌被慕容雋攻逼，從白馬逃往滎陽。冬十月慕容雋侵犯東阿，朝廷派西中郎將謝萬駐在下蔡，北中郎將郗曇駐在高平，攻打慕容雋，官軍大敗。十一月戊子日，進升楊州刺史王述為衛將軍。十二月，又任命中軍將軍、琅邪王丕為驃騎將軍，東海王奕為車騎將軍。封武陵王晞子<王逢>為梁王。交州刺史溫放之率領軍隊討伐林邑參黎、耽潦，全都降服了他們。

四年春正月，仇池公楊俊卒，子世嗣。丙戌，慕容雋死，子嗣偽位。二月，鳳皇將九雛見於豐城。秋七月，以軍役繁興，省用撤膳。八月辛醜朔，日有蝕之，既。冬十月，天狗流於西南。十一月，封太尉桓溫為南郡公，溫弟衝為豐城縣公，子濟為臨賀郡公。鳳皇複見豐城，眾鳥隨之。
四年春正月，仇池公楊俊去世，兒子楊世繼承爵位。丙戌日，慕容雋死，兒子幕容暐繼偽位。二月，鳳皇帶九個小鳳凰出現在豐城。秋七月，因為頻繁打仗和徭役，省減宮廷膳食。八月辛醜初一，日食，是全食。冬十月，天狗星落於西南。十一月，封太尉桓溫為南郡公，弟弟桓衝為豐城縣公，兒子桓濟為臨賀郡公。鳳凰又出現在豐城，有眾多的鳥跟隨。

五年春正月戊戌，大赦，賜鰥寡孤獨不能自存者，人米五斛。北中郎將、都督徐兗青冀幽五州諸軍事、徐兗二州刺史郗曇卒。二月，以鎮軍將軍範汪為都督徐兗青冀幽五州諸軍事、安北將軍、徐兗二州刺史。平南將軍、廣州刺史、陽夏侯滕含卒。夏四月，大水。太尉桓溫鎮宛，使其弟豁將兵取許昌。鳳皇見於沔北。
五年春正月戊戌，大赦，賞賜鰥寡孤獨沒有生活能力的人每人五斛米。北中郎將、都督徐兗青冀幽五州諸軍事、徐兗二州刺史郗曇去世。二月，任命鎮軍將軍範汪為都督徐兗青冀幽五州諸軍事、安北將軍、徐兗二州刺史。平南將軍、廣州刺史、陽夏侯滕含去世。夏四月，發大水。太尉桓溫鎮守宛城，派他弟弟桓豁率領部隊攻取許昌。鳳皇出現在沔北。五月丁巳，穆皇帝在顯陽殿去世，當時十九歲。安葬在永平陵，廟號孝宗。

五月丁巳，帝崩於顯陽殿，時年十九。葬永平陵，廟號孝宗。
哀皇帝名司馬丕，字千齡，成帝長子也。鹹康八年封為琅邪王。永和元年援散騎常侍，十二年加授中軍將軍，升平三年除驃騎將軍。

哀皇帝諱丕，字千齡，成帝長子也。鹹康八年，封為琅邪王。永和元年拜散騎常侍，十二年加中軍將軍，升平三年除驃騎將軍。五年五月丁巳，穆帝崩。皇太後令曰：“帝奄不救疾，胤嗣未建。琅邪王丕，中興正統，明德懋親。昔在鹹康，屬當儲貳。以年在幼衝，未堪國難，故顯宗高讓。今義望情地，莫與為比，其以王奉大統。”於是百官備法駕，迎於琅邪第。庚申，即皇帝位，大赦。壬戌，詔曰：“朕獲承明命，入纂大統。顧惟先王宗廟，蒸嚐無主，太妃喪庭，廓然靡寄，悲痛感摧，五內抽割。宗國之尊，情禮兼隆，胤嗣之重，義無與二。東海王奕，戚屬親近，宜奉本統，其以奕為琅邪王。”秋七月戊午，葬穆皇帝於永平陵。慕容恪攻陷野王，守將呂護退保滎陽。八月己卯夜，天裂，廣數丈，有聲如雷。九月戊申，立皇後王氏。穆帝皇後何氏稱永安宮。呂護叛奔於莫容。冬十月，安北將軍範汪有罪廢為庶人。十一月丙辰，詔曰：“顯宗成皇帝顧命，以時事多艱，弘高世之風，樹德博重，以隆社稷。而國故不巳，康穆早世，胤祚不融。朕以寡德，複承先緒，感惟永慕，悲育兼摧。夫昭穆之義，固宜本之天屬。繼體承基，古今常道。宜上嗣顯宗，以修本統。”十二月，加涼州刺史張玄靚為大都督隴右諸軍事、護羌校尉、西平公。
升平五年五月丁巳，穆帝去世。皇太後下令說：“穆帝突然患病不能治，繼承人沒有立，琅邪王司馬丕，是中興王室的正統，德性完美的宗親。從前在鹹康時應當作太子。因為年歲幼小，不足以承擔國難，所以顯宗成帝讓位給康帝。現在親情名望地位，沒有能比得上他的，讓琅邪王繼承皇統。”於是百官準備好馬車，到琅邪王的府第去迎接。庚申日，琅邪王即皇帝位，大赦天下。壬戌日，下詔說：“朕得以承受聖明之命，入朝接受皇位。想到先王宗廟，祭祀沒有主人，太妃哭喪的宮庭，空曠沒有可以安身之處，心中十分悲痛，五髒就像抽割一樣痛楚。宗國所尊崇的，情和禮受到同樣重視，子孫繼嗣的重要，情與義沒有不同。東海王司馬奕，是親近的戚屬，應當敬承本族統緒，應以司馬奕為琅邪王。”秋七月戊午，把穆皇帝安葬在永平陵。慕容恪攻陷野王，守將呂護退保滎陽。八月己卯日晚上，天空有裂縫，寬數丈，有雷一般的聲音。九月戊申，立皇後王氏。穆帝皇後何氏稱永安宮。呂護反叛，投奔了莫容暐。冬十月，安北將軍範汪犯了罪，被廢為庶人。十一月丙辰，下詔說：“顯宗成皇帝顧命臨終時留下遺命，因為時事多難，弘揚高世的風教，樹立德義博得威重，用以振興社稷。但是國難不斷，康帝穆帝過早地離開人世，繼續的國運不盛。朕以寡薄的德行，又繼承先王的事業，心中有長久的思慕，悲痛摧折人心。昭穆兩個皇帝的大義，原本應遵從上天。繼承國家大業，是古今的常道。理應上繼顯宗，用以綿延本族統緒。”十二月，加涼州刺史張玄靚為大都督隴右諸軍事、護羌校尉、西平公。

隆和元年春正月壬子，大赦，改元。甲寅，減田稅，畝收二升。是月，慕容將呂護、傅末波攻陷小壘，以逼洛陽。二月辛未，以輔國將軍、吳國內史庾希為北中郎將、徐兗二州刺史，鎮下邳；前鋒監軍、龍驤將軍袁真為西中郎將、監護豫司並冀四州諸軍事、豫州刺史，鎮汝南，並假節。丙子，尊所生周氏為皇太妃。三月甲寅朔，日有蝕之。夏四月，旱。詔出輕係，振困乏。丁醜，梁州地震，浩釁山崩。呂護複寇洛陽。乙酉，輔國將軍、河南太守戴施奔於宛。五月丁巳，遣北中郎將庾希、竟陵太守鄧遐以舟師救洛陽。秋七月，呂護等退守小平津。進琅邪王奕為侍中、驃騎大將軍、開府。鄧遐進屯新城，庾希部將何謙及慕容將劉則戰於檀丘，破之。八月，西中郎將袁真進次汝南，運米五萬斛以饋洛陽。冬十月，賜貧乏者米，人五斛。章武王珍薨。十二月戊午朔，日有蝕之。詔曰：“戎旅路次，未得輕簡賦役。玄象失度，亢旱為患，豈政事未洽，將有板築、渭濱之士邪！其搜揚隱滯，蠲除苛碎，詳議法令，鹹從損耍。”庾希自下邳退鎮山陽，袁真自汝南退鎮壽陽。
隆和元年春正月壬子，大赦，改年號。甲寅日，削減田稅，每畝收稅二升。當月，慕容暐的將領呂護、傅末波攻陷小壘，進逼洛陽。二月辛未，任命輔國將軍、吳國內史庾希為北中郎將、徐兗二州刺史，鎮守下邳；任命前鋒監軍、龍驤將軍袁真為西中郎將、監護豫司並冀四州諸軍事、豫州刺史，鎮汝南，都暫授苻節。丙子日，推尊生母親周氏為皇太妃。三月甲寅初一，日食。夏四月，天旱。詔令釋放罪輕的囚犯，賑求困乏之人。丁醜日，梁州地震，浩釁有山崩塌。呂護又侵犯洛陽。乙酉日，輔國將軍、河南太守戴施逃到於宛。五月丁巳日，派北中郎將庾希、竟陵太守鄧遐率領水軍救援洛陽。秋七月，呂護等人退守小平津。進升琅邪王司馬奕為侍中、驃騎大將軍、開府。鄧遐進駐新城，庾希部將何謙和慕容暐將劉則在檀丘交戰，打敗了劉則。八月，西中郎將袁真進駐汝南，運送五萬斛米以贈送給洛陽。冬十月，賞賜大米給貧窮的人，每人五斛。章武王司馬珍去世。十二月戊午初一，日食。皇帝下詔說：“軍旗出征駐守，未能減輕賦稅和徭役。天象失度，大旱成災。難道是政事還不和洽，還是有如傳說、以及像渭水之濱的隱士嗎！可訪求推舉隱士免除嚴峻繁瑣的賦稅，周祥地商議法令，全部遵循減損之要。”庾希從下邳退守山陽，袁真從汝南退守壽陽。

興寧元年春二月己亥，大赦，改元。三月壬寅，皇太妃薨於琅邪第。癸卯，帝奔喪，詔司徒、會稽王昱總內外眾務。夏四月，慕容寇滎陽，太守劉遠奔魯陽。甲戌，揚州地震，湖瀆溢。五月，加征西大將軍桓溫侍中、大司馬、都督中外諸軍事、錄尚書事、假黃鉞。複以西中郎將袁真都督司、冀、並三州諸軍事，北中郎將瘦希都督青州諸軍事。癸卯，慕容陷密城，滎陽太守劉遠奔於江陵。秋七月，張天錫弑涼州刺史、西平公張玄靚，自稱大將軍、護羌校尉、涼州牧、西平公。丁酉，葬章皇太妃。八月，有星孛於角亢，入天市。九月壬戌，大司馬桓溫帥眾北伐。癸亥，以皇子生，大赦。冬十月甲申，立陳留王世子恢為王。十一月，姚襄故將張駿殺江州督護趙毗，焚武昌，略府藏以叛，江州刺史桓衝討斬之。是歲，慕容將慕容塵攻陳留太守袁披於長平。汝南太守硃斌承虛襲許昌，克之。
興寧元年春二月己亥日，大赦天下，改年號。三月壬寅，皇太妃去世於琅邪府。癸卯日，皇帝奔喪，詔令司徒、會稽王昱總管內外眾務。夏四月，慕容暐侵犯滎陽，太守劉遠逃奔魯陽。甲戌日，揚州地震，湖水河水泛溢。五月，加授征西大將軍桓溫侍中、大司馬、都督中外諸軍事、錄尚書事、假黃鉞。又任命西中郎將袁真都督司、冀、並三州諸軍事，北中郎將瘦希都督青州諸軍事。癸卯，慕容暐攻陷密城，滎陽太守劉遠逃往江陵。秋七月，張天錫弑涼州刺史、西平公張玄靚，從稱大將軍、護羌校尉、涼州牧、西平公。丁酉日，葬章皇太妃。八月，有彗星進入二宿星區，進入天市。九月壬戌日，大司馬桓溫率領軍隊北伐。癸亥日，因為皇子出生，大赦天下。冬十月甲申，立陳留王的世子曹恢為王。十一月，姚襄原來的將領張駿殺死江州督護趙毗，焚燒武昌城，搶劫了官府官府的倉庫反叛，江州刺史桓衝討討伐並殺了張駿。這一年，慕容暐將領慕容塵在升平攻打陳留太守袁披。汝南太守朱斌乘虛襲擊許昌成功。

二年春二月庚寅，江陵地震。慕容將慕容評襲許昌，潁川太守李福死之。評遂侵汝南，太守硃斌遁於壽陽。又進圍陳郡，太守硃輔嬰城固守。桓溫遣江夏相劉岵擊退之。改左軍將軍為遊擊將軍，罷右軍、前軍、後軍將軍五校三將官。癸卯，帝親耕藉田。三月庚戌朔，大閱戶人，嚴法禁，稱為庚戌製。辛未，帝不豫。帝雅好黃老，斷穀，餌長生藥，服食過多，遂中毒，不識萬機，崇德太後複臨朝攝政。夏四月甲申，慕容遣其將李洪侵許昌，王師敗績於懸瓠，硃斌奔於淮南，硃輔退保彭城。桓溫遣西中郎將袁真、江夏相劉岵等鑿陽儀道以通運，溫帥舟師次於合肥，慕容塵複屯許昌。五月，遷陳人於陸以避之。戊辰，以揚州刺史王述為尚書令、衛將軍。以桓溫為揚州牧、錄尚書事。壬申，遣使喻溫入相，溫不從。秋七月丁卯，複征溫入朝。八月，溫至赭圻，遂城而居之。苻堅別帥侵河南，慕容寇洛陽。九月，冠軍將軍陳祐留長史沈勁守洛陽，帥眾奔新城。
二年春二月庚寅，江陵地震。慕容暐的將領慕容評襲擊許昌，潁川太守李福戰死。幕容評入侵汝南，太守朱斌逃往壽陽。幕容評又進兵圍攻陳郡，太守朱輔環城固守。桓溫派江夏相劉岵擊退幕容評。改左軍將軍為遊擊將軍，罷除右軍、前軍、後軍將軍五校三將官。癸卯日，皇帝親自下田勞動以發展農業。三月庚戌初一，大規模地核查戶口人數，嚴曆法令，稱為庚戌製。辛未日，皇帝病重。皇帝平素喜歡長生不老之術，不吃五穀，專吃長生藥，服食過多，於是中了毒，不能治理國政，崇德太後再次上朝攝政。夏四月甲申，慕容暐派他的將領李洪入侵許昌，官軍大敗於懸瓠，朱斌逃往淮南，朱輔退保彭城。桓溫派西中郎將袁真、江夏相劉岵等鑿陽儀道用以運輸，溫率領水軍駐在合肥，慕容塵再次駐許昌。五月，把陳郡人遷到陸以躲避幕容氏。戊辰日，任命揚州刺史王述為尚書令、衛將軍。任命桓溫為揚州牧、錄尚書事。壬申日，朝廷派人宣召桓溫入朝當宰相，桓溫不同意。秋七月丁卯，再次下聖旨招桓溫入朝。八月，桓溫到了赭圻，就築城居住在那裏。苻堅部隊入侵河南，慕容暐侵犯洛陽。九月，冠軍將軍陳祐留下長史沈勁守衛洛陽，自已帶部隊逃往新城。

三年春正月庚申，皇後王氏崩。二月乙未，以右將軍桓豁監荊州揚州之義城雍州之京兆諸軍事、領南蠻校尉、荊州刺史；桓衝監江州荊州之江夏隨郡豫州之汝南西陽新蔡潁川六郡諸軍事、南中郎將、江州刺史，領南蠻校尉，並假節。
三年春正月庚申，皇後王氏去世。二月乙未，任命右將軍桓豁監荊州揚州的義城和雍州的京兆諸軍事、領南蠻校尉、荊州刺史；桓衝監江州荊州之江夏隨郡豫州和汝南西陽新蔡潁川六郡諸軍事、南中郎將、江州刺史，領南蠻校尉，都授節。丙申日，皇帝在西堂去世，當時二十五歲。葬在安平陵。廢皇帝名司馬奕，字延齡，是哀帝的同母兄弟。鹹康八年封為東海王。永和八年授散騎常侍，不久加授鎮軍將軍；升平四年授車騎將軍。五年，改封琅邪王。隆和初年，轉任侍中、驃騎大將軍、開府儀同三司。

丙申，帝崩於西堂，時年二十五。葬安平陵。
興寧三年二月丙申，哀帝去世，沒有兒子。丁酉日，皇太後下詔說：“皇帝竟然患病不治，禍難頻繁降臨，哀家的心情很難受。琅邪王司馬奕，德性完美，是德才兼備的親屬，應當繼承皇位，宜敬奉祖宗，繼承皇統。請迅速準備好即位，以讓人神安寧。”於是百官到琅邪府去迎奉琅邪王。當天即皇帝位，大赦天下。三月壬申，把哀皇帝安葬在安平陵。癸酉日，散騎常侍、河間司馬王欽去世。丙子日，慕容暐的將慕容恪攻陷洛陽，寧朔將軍竺瑤逃往襄陽，冠軍長史、揚武將軍沈勁戰死。夏六月戊子，使持節、都督益寧二州諸軍事、鎮西將軍、益州刺史、建城公周撫去世。秋七月，匈奴左賢王衛辰、右賢王曹穀率領軍隊二萬入侵苻堅的杏城。己酉日，改封會稽王司馬昱為琅邪王。壬子日，立皇後庾氏。封琅邪王司馬昱的兒子司馬昌明為會稽王。冬十月，梁州刺史司馬勳反叛，自稱成都王。十一月，司馬勳率領軍隊進入劍閣，攻打涪城，西夷校尉毌丘暐棄城逃跑。乙卯日，司馬勳在成都圍攻益州刺史周楚，桓溫派江夏相朱序救援周楚。十二月戊戌，任命會稽內史王彪之為尚書仆射。

廢帝諱奕，字延齡，哀帝之母弟也。鹹康八年封為東海王。永和八年拜散騎常侍，尋加鎮軍將軍；升平四年拜車騎將軍。五年，改封琅邪王。隆和初，轉侍中、驃騎大將軍、開府儀同三司。興寧三年二月丙申，哀帝崩，無嗣。丁酉，皇太後詔曰：“帝遂不救厥疾，艱禍仍臻，遺緒泯然，哀慟切心。琅邪王奕，明德茂親，屬當儲嗣，宜奉祖宗，纂承大統。便速正大禮，以寧人神。”於是百官奉迎於琅邪第。是日，即皇帝位，大赦。三月壬申，葬哀皇帝於安平陵。癸酉，散騎常侍、河間王欽薨。丙子，慕容將慕容恪陷洛陽，寧朔將軍竺瑤奔於襄陽，冠軍長史、揚武將軍沈勁死之。夏六月戊子，使持節、都督益寧二州諸軍事、鎮西將軍、益州刺史、建城公周撫卒。秋七月，匈奴左賢王衛辰、右賢王曹穀帥眾二萬侵苻堅杏城。己酉，改封會稽王昱為琅邪王。壬子，立皇後庾氏。封琅邪王昱子昌明為會稽王。冬十月，梁州刺史司馬勳反，自稱成都王。十一月，帥眾人劍閣，攻涪，西夷校尉毌丘棄城而遁。乙卯，圍益州刺史周楚於成都，桓溫遣江夏相硃序救之。十二月戊戌，以會稽內史王彪之為尚書仆射。
太和元年春二月己醜，任命涼州刺史張天錫為大將軍、都督隴右關中諸軍事、西平郡公。丙申日，任命宣城內史桓秘為持節、監梁益二州征討伐諸軍事。三月辛亥，新蔡王司馬邈去世。荊州刺史桓豁派督護桓羆攻南鄭，魏興人畢欽率領軍隊策應桓豁。夏四月，幹旱。五月戊寅，皇後庾氏去世。朱序在成都攻打司馬勳，司馬勳的軍隊潰敗，朱序俘獲了司馬勳並殺了他。秋七月癸酉，把孝皇後安葬在敬平陵。九月甲午，特赦梁、益二州。冬十月辛醜，苻堅的將領王猛、楊安攻打南鄉，荊州刺史桓豁救去救援，軍隊駐在新野，王猛、楊安退卻。任命會稽王司馬昱為丞相。十二月，南陽人趙弘、趙憶等戰據宛城謀反，太守桓澹逃到新野固守。慕容暐的將領慕容厲攻陷魯郡、高平。

太和元年春二月己醜，以涼州刺史張天錫為大將軍、都督隴右關中諸軍事、西平郡公。丙申，以宣城內史桓秘為持節、監梁益二州征討諸軍事。三月辛亥，新蔡王邈薨。荊州刺史桓豁遣督護桓羆攻南鄭，魏興人畢欽舉兵以應羆。夏四月，旱。五月戊寅，皇後庾氏崩。硃序攻司馬勳於成都，眾潰，執勳，斬之。秋七月癸酉，葬孝皇後於敬平陵。九月甲午，曲赦梁、益二州。冬十月辛醜，苻堅將王猛、楊安攻南鄉，荊州刺史桓豁救之，師次新野而猛、安退。以會稽王昱為丞相。十二月，南陽人趙弘、趙憶等據宛城反，太守桓澹走保新野。慕容將慕容厲陷魯郡、高平。
二年春正月，北中郎將庾希犯了罪，逃到海上。夏四月，慕容暐的將領慕容塵侵犯竟陵，太守羅崇打敗了他們。苻堅的將領王猛侵犯寇涼州，張天錫打擊他們，王猛的軍隊被打得大敗。五月，右將軍桓豁攻打趙憶，趙憶逃跑，恒豁進攻，俘獲了慕容暐的將領趙槃，押送到京師。秋九月，任命會稽內史郗愔為都督徐兗青幽四州諸軍事、平北將軍、徐州刺史。冬十月乙巳，彭城王司馬玄去世。

二年春正月，北中郎將庾希有罪，走入於海。夏四月，慕容將慕容塵寇竟陵，太守羅崇擊破之。苻堅將王猛寇涼州，張天錫距之，猛師敗績。五月，右將軍桓豁擊趙憶，走之，進獲慕容將趙槃，送於京師。秋九月，以會稽內史郗愔為都督徐兗青幽四州諸軍事、平北將軍、徐州刺史。冬十月乙巳，彭城王玄薨。
三年春三月丁巳初一，日食。癸亥日，大赦。夏四月癸巳，下冰雹，還有龍卷風。秋八月壬寅，尚書令、衛將軍、藍田侯王述去世。

三年春三月丁巳朔，日有蝕之。癸亥，大赦。夏四月癸巳，雨雹，大風折木。秋八月壬寅，尚書令、衛將軍、藍田侯王述卒。
四年夏四月庚戌，大司馬桓溫率領軍隊攻打慕容暐。秋七月辛卯，幕容暐的將領慕容垂率領軍隊抵抗距溫，桓溫擊敗了他們。九月戊寅，桓溫裨將鄧遐、朱序在林渚遭遇慕容暐的將領傅末波，又大敗他們。戊子日，桓溫到達枋頭。丙申日，因為糧草運輸接不上，焚燒了舟船後返回。辛醜日，慕容垂在襄邑追上並擊敗了桓溫的後軍。冬十月，有彗星向西飛落，有雷鳴般的聲音。己巳日，桓溫招招集散兵，屯兵在山陽。豫州刺史袁真率壽陽反叛。十一月辛醜日，桓溫從山陽到塗中和會稽王司馬昱會晤，準備謀劃日後的行動。十二月，在廣陵建城居住。

四年夏四月庚戌，大司馬桓溫帥眾伐慕容。秋七月辛卯，將慕容垂帥眾距溫，溫擊敗之。九月戊寅，桓溫裨將鄧遐、硃序遇將傅末波於林渚，又大破之。戊子，溫至枋頭。丙申，以糧運不繼，焚舟而歸。辛醜，慕容垂追敗溫後軍於襄邑。冬十月，大星西流，有聲如雷。己巳，溫收散卒，屯於山陽。豫州刺史袁真以壽陽叛。十一月辛醜，桓溫自山陽及會稽王昱會於塗中，將謀後舉。十二月，遂城廣陵而居之。
五年春正月己亥，袁真的兒子袁雙之、袁愛之害死梁國內史朱憲、汝南內史朱斌。二月癸酉，袁袁真死，陳郡太守朱輔立袁真的兒子袁瑾繼嗣，向慕容暐求救。夏四月辛未，桓溫部將竺瑤在武丘打敗袁瑾。秋七月癸酉初一，日食。八月癸醜，桓溫在壽陽擊敗袁瑾。九月，苻堅的將領王猛攻打慕容暐，攻陷上黨。廣漢妖賊李弘和益州妖賊李金根聚集人馬造**，李弘自稱為聖王，有一萬多人，梓潼太守周虓討伐平定了他們。冬十月，王猛大破在潞川大敗慕容暐的將領慕容評於潞川。十一月，王猛攻克鄴，俘獲了慕容暐，全部占有了他的領地。

五年春正月己亥，袁真子雙之、愛之害梁國內史硃憲、汝南內史硃斌。二月癸酉，袁真死，陳郡太守硃輔立真子瑾嗣事，求救於慕容。夏四月辛未，桓溫部將竺瑤破瑾於武丘。秋七月癸酉朔，日有蝕之。八月癸醜，桓溫擊袁瑾於壽陽，敗之。九月，苻堅將猛伐慕容，陷其上黨。廣漢妖賊李弘與益州妖賊李金根聚眾反，弘自稱聖王，眾萬餘人，梓潼太守周虓討平之。冬十月，王猛大破慕容將慕容評於潞川。十一月，猛克鄴，獲慕容，盡有其地。
六年春正月，苻堅派將領王鑒救援袁瑾，將軍桓伊迎擊，大敗王鑒。丁亥日，桓溫攻克壽陽，斬袁瑾。三月壬辰，監益寧二州諸軍事、冠軍將軍、益州刺史、建城公周楚去世。夏四月戊午，大赦，賜貧苦和老年無子的人糧食，每人五斛。苻堅的將領苻雅攻打仇池，仇池公楊纂投降。六月，京都和丹陽、晉陵、吳郡、吳興、臨海都大水。秋八月，任命前寧州刺史周仕孫為假節、監益梁二州諸軍事、益州刺史。冬十月壬子，高密王司馬俊去世。十一月癸卯，桓溫從廣陵到白石屯駐。丁未日，謀劃廢黜當今皇帝，另立新皇帝，並放出傳聞說皇帝在封國時早就有陽痿的疾病，他寵愛的人相龍、計好、朱靈寶等參於內室之事，使得他的兩位美人田氏、孟氏生三病人個兒子，想受到分封立位，當時人們都很疑惑，桓溫於是用伊尹、霍光的事跡委婉地勸說太後。己酉日，在朝堂裏聚集百官，宣示崇德太後的令說：“王室艱難，穆帝、哀帝福運短暫，沒來得及養育後代，無法立太子。琅邪王司馬奕按親屬來說是皇帝的同母弟弟，所以讓他入繼皇位。沒有想到他不建立德行，竟然到了這種地步，昏昧悖亂，違犯禮法。生了這三個孽障，不知道是誰的兒子。人倫之道喪失，醜惡的名聲遠揚。司馬奕既不能謹守社稷，敬承祖宗，又極為昏亂悖孽，卻想立太子封藩王。欺騙祖宗，動搖皇室基業，是可忍，孰不可忍！現在廢黜司馬奕為東海王，以東海王的身份返回宅第，供奉守衛的標準，都和漢朝昌邑王一樣。這是我的不幸，遭逢了這麼多的憂患，想起生者和死者，心如刀割。社稷大計，大義沒有得以伸張。對著紙悲傷欲絕，怎麼還能說話。”於是百官進入太極前殿，即日桓溫讓散騎侍郎劉享收回皇帝的璽綬。皇帝穿著白帢帽和單衣，走下西堂，乘坐牛車駛出神獸門。群臣恭敬地告別，無不覷欷歎息。侍禦史、殿中監率領一百名士兵護送到東海府第。

六年春正月，苻堅遣將王鑒來援袁瑾，將軍桓伊逆擊，大破之。丁亥，桓溫克壽陽，斬袁瑾。三月壬辰，監益寧二州諸軍事、冠軍將軍、益州刺史、建城公周楚卒。夏四月戊午，大赦，賜窮獨米，人五斛。苻堅將苻雅伐仇池，仇池公楊纂降之。六月，京都及丹陽、晉陵、吳郡、吳興、臨海並大水。秋八月，以前寧州刺史周仕孫為假節、監益梁二州諸軍事、益州刺史。冬十月壬子，高密王俊薨。十一月癸卯，桓溫自廣陵屯於白石。丁未，詣闕，因圖廢立，誣帝在籓夙有痿疾，嬖人相龍、計好、硃靈寶等參侍內寢，而二美人田氏、孟氏生三男，長欲封樹，時人惑之，溫因諷太後以伊霍之舉。己酉，集百官於朝堂，宣崇德太後令曰：“王室艱難，穆、哀短祚，國嗣不育儲宮靡立。琅邪王奕親則母弟，故以入纂大位。不圖德之不建，乃至於斯。昏濁潰亂，動違禮度。有此三孽，莫知誰子。人倫道喪，醜聲遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗廟，且昏孽並大，便欲建樹儲籓。誣罔祖宗，頌移皇基，是而可忍，孰不可懷！今廢奕為東海王，以王還第，供衛之儀，皆如漢朝昌邑故事。但未亡人不幸，罹此百憂，感念存沒，心焉如割。社稷大計，義不獲已。臨紙悲塞，如何可言。”於是百官入太極前殿，即日桓溫使散騎侍郎劉享收帝璽綬。帝著白帢單衣，步下西堂，乘犢車出神獸門。群臣拜辭，莫不覷欷。侍禦史、殿中監將兵百人衛送東海第。
當初，桓溫有奪取帝位的野心，打算先在河朔立功，以得到世人的矚目和聲望。到了枋頭失敗後，威名頓時受損，就秘密地策劃廢除皇帝立新帝，以此來增加威勢權力。但是又害怕皇帝恪守正道，擔心這麼做會招來議論。因為宮闡深閨之中的事情隱秘，床笫間的事情容易誣滅，就放出話說皇帝是沒有性能力的人。於是進行了廢黜。最初，皇帝也經常擔心桓溫，曾經召來術士扈謙下筮，卦象出來以後，扈謙說：“晉皇室像磐石一樣穩固，陛下有離開宮廷的微象。”結果竟然和扈謙說的一樣。

初，桓溫有不臣之心，欲先立功河朔，以收時望。及枋頭之敗，威名頓挫，逐潛謀廢立，以長威權。然憚帝守道，恐招時議。以宮闡重悶，床笫易誣，乃言帝為閹，遂行廢辱。初，帝平生每以為慮，嚐召術人扈謙筮之，卦成，答曰：“晉室有盤石之固，陛下有出宮之象。”竟如其言。
鹹安二年正月，降封皇帝為海西縣公。四月，徙居吳縣，敕命吳國內史刁彝防衛，又派禦史顧允監督。十一月，妖賊盧悚派弟子殿中監許龍大清早到海西縣公大門前，稱說有太後密詔，奉迎海西縣公回去恢複皇位。皇帝開始想聽從許龍，聽取了集中統一的規諫後作罷。許龍說曰：“大事就要成功了，怎麼還聽女人的話呢？”皇帝說：“我犯了這樣的罪，幸而承蒙寬宥，怎麼敢輕舉妄動呢！而且太後如果有詔令，就應該派自己的心腹來，為什麼偏偏是你呢？你一定是作亂。”就呼喝侍從們綁了他，許龍驚慌逃走。皇帝知道皇位不能再得，很擔心遭來橫禍，就對世事不聞不門，無憂無慮，終日飲酒作樂，沉溺於內寵之中，不撫育自己的兒子，希望能保住自身。當時的人們哀憐他，給他唱讚歌。朝廷因為皇帝安於屈辱不再擔憂他東山再起。太元十一年十月甲申，皇帝在吳國去世，當時四十五歲。

鹹安二年正月，降封帝為海西縣公。四月，徙居吳縣，敕吳國內史刁彝防衛，又遣禦史顧允監察之。十一月，妖賊盧悚遣弟子殿中監許龍晨到其門，稱太後密詔，奉迎興複。帝初欲從之，納保母諫而止。龍曰：“大事將捷，焉用兒女子言乎？”帝曰：“我得罪於此，幸蒙寬宥，豈敢妄動哉！且太後有詔，便應官屬來，何獨使汝也？汝必為亂。”因叱左右縛之，龍懼而走。帝知天命不可再，深慮橫禍，乃杜塞聰明，無思無慮，終日酣暢，耽於內寵，有子不育，庶保天年。時人憐之，為作歌焉。朝廷以帝安於屈辱，不複為虞。太元十一年十月甲申，薨於吳，時年四十五。
史臣曰：孝宗年幼，由母親攝政，中外無事，安定了十多年。用武安君那樣的雄才，在疆場開拓；用周文王那樣的風化，施行到了江漢，那麼這就是孔子所說的沒有非議了。哀皇帝寬厚仁惠，可以做國君，但是祭祀祈福於上天，德行蒙受汙損。海西公拒絕許龍讓他恢複皇位，屈身於放逐之臣，正所謂是柔弱勝剛強，能夠享盡天年的人。

史臣曰：孝宗因繦抱之姿，用母氏之化，中外無事，十有餘年。以武安之才，啟之疆埸；以文王之風，被乎江漢，則孔子所謂吾無間然矣。哀皇寬惠，可以為君，而鴻祀禳天，用塵其德。東海違許龍之駕，屈放命之臣，所謂柔弱勝剛強，得盡於天年者也。
讚曰：帝位虛設，母後當政，大孝為根本。遵循母親教誨，成就誠信恭謙。可作西邊玉壘的榜樣，可作北邊金墉的旗幟。遷徒的殷人追日的僰人，沒有不來歸順的。哀後寬厚仁惠，神靈自來會集。海西公多難，災禍降臨頭上。他不是輔臣，我也不是昌邑。

讚曰：委裘稱化，大孝為宗，遵彼聖善，成茲允恭。西旌玉壘，北旆金墉。遷殷舊僰，莫不來從。哀後寬仁，惟靈既集。海西多故，時災見及。彼異阿衡，我非昌邑。