桓玄，字敬道，一名靈寶，大司馬溫之孽子也。其母馬氏嚐與同輩夜坐，於月下見流星墜銅盆水中，忽如二寸火珠，冏然明淨，競以瓢接取，馬氏得而吞之，若有感，遂有娠。及生玄，有光照室，占者奇之，故小名靈寶。妳媼每抱詣溫，輒易人而後至，雲其重兼常兒，溫甚愛異之。臨終，命以為嗣，襲爵南郡公。年七歲，溫服終，府州文武辭其叔父衝，衝撫玄頭曰：“此汝家之故吏也。”玄因涕淚覆麵，眾並異之。及長，形貌瑰奇，風神疏朗，博綜藝術，善屬文。常負其才地，以雄豪自處，眾鹹憚之，朝廷亦疑而未用。年二十三，始拜太子洗馬，時議謂溫有不臣之跡，故折玄兄弟而為素官。
太元末，出補義興太守，鬱鬱不得誌。嚐登高望震澤，歎曰：“父為九州伯，兒為五湖長！”棄官歸國。自以元勳之門而負謗於世，乃上疏曰：
臣聞周公大聖而四國流言，樂毅王佐而被謗騎劫，《巷伯》有豺獸之慨，蘇公興飄風之刺，惡直醜正，何代無之！先臣蒙國殊遇，姻婭皇極，常欲以身報德，投袂乘機，西平巴蜀，北清伊洛，使竊號之寇係頸北闕，園陵修複，大恥載雪，飲馬灞滻懸旌趙魏，勤王之師，功非一捷。太和之末，皇基有潛移之懼，遂乃奉順天人，翼登聖朝，明離既朗，四凶兼澄。向使此功不建，此事不成，宗廟之事豈可孰念！昔太甲雖迷，商祚無憂；昌邑雖昏，弊無三孽。因茲而言，晉室之機危於殷漢，先臣之功高於伊霍矣。而負重既往，蒙謗清時，聖世明王黜陟之道，不聞廢忽顯明之功，探射冥冥之心，啟嫌謗之塗，開邪枉之路者也。先臣勤王艱難之勞，匡複克平之勳，朝廷若其遺之，臣亦不複計也。至於先帝龍飛九五，陛下之所以繼明南麵，請問談者，誰之由邪？誰之德邪？豈惟晉室永安，祖宗血食，於陛下一門，實奇功也。
自頃權門日盛，醜政實繁，鹹稱述時旨，互相扇附，以臣之兄弟皆晉之罪人，臣等複何理可以苟存聖世？何顏可以屍饗封祿？若陛下忘先臣大造之功，信貝錦萋菲之說，臣等自當奉還三封，受戮市朝，然後下從先臣，歸先帝於玄宮耳。若陛下述遵先旨，追錄舊勳，竊望少垂愷悌覆蓋之恩。
疏寢不報。
玄在荊楚積年，優遊無事，荊州刺史殷仲堪甚敬憚之。及中書令王國寶用事，謀削弱方鎮，內外騷動，知王恭有憂國之言，玄潛有意於功業，乃說仲堪曰：“國寶與君諸人素已為對，唯患相弊之不速耳。今既執權要，與王緒相為表裏，其所回易，罔不如誌。孝伯居元舅之地，正情為朝野所重，必未便動之，唯當以君為事首。君為先帝所拔，超居方任，人情未以為允，鹹謂君雖有思致，非方伯人。若發詔征君為中書令，用殷顗為荊州，君何以處之？”仲堪曰：“憂之久矣，君謂計將安出？”玄曰：“國寶奸凶，天下所知，孝伯疾惡之情每至而當，今日之會，以理推之，必當過人。君若密遣一人，信說王恭，宜興晉陽之師，以內匡朝廷，己當悉荊楚之眾順流而下，推王為盟主，仆等亦皆投袂，當此無不響應。此事既行，桓文之舉也。”仲堪持疑未決。俄而王恭信至，招仲堪及玄匡正朝廷。國寶既死，於是兵罷。玄乃求為廣州，會稽王道子亦憚之，不欲使在荊楚，故順其意。
隆安初，詔以玄督交廣二州、建威將軍、平越中郎將、廣州刺史、假節，玄受命不行。其年，王恭又與庾楷起兵討江州刺史王愉及譙王尚之兄弟。玄、仲堪謂恭事必克捷，一時響應。仲堪給玄五千人，與楊佺期俱為前鋒。軍至湓口，王愉奔於臨川，玄遣偏將軍追獲之。玄、佺期至石頭，仲堪至蕪湖。恭將劉牢之背恭歸順。恭既死，庾楷戰敗，奔於玄軍。既而詔以玄為江州，仲堪等仲皆被換易，乃各回舟西還，屯於尋陽，共相結約，推玄為盟主。玄始得誌，乃連名上疏申理王恭，求誅尚之、牢之等。朝廷深憚之，乃免桓脩、複仲堪以相和解。
初，玄在荊州豪縱，士庶憚之，甚於州牧。仲堪親黨勸殺之，仲堪不聽。及還尋陽，資其聲地，故推為盟主，玄逾自矜重。佺期為人驕悍，常自謂承藉華胄，江表莫比，而玄每以寒士裁之，佺期甚憾，即欲於壇所襲玄，仲堪惡佺期兄弟虓勇，恐克玄之後複為己害，苦禁之。於是各奉詔還鎮。玄亦知佺期有異謀，潛有吞並之計，於是屯於夏口。
隆安中，詔加玄都督荊州四郡，以兄偉為輔國將軍、南蠻校尉。仲堪慮玄跋扈，遂與佺期結婚為援。初，玄既與仲堪、佺期有隙，恆臣掩襲，求廣其所統。朝廷亦欲成其釁隙，故分佺斯所督四郡與玄，佺期甚忿懼。會姚興侵洛陽，佺期乃建牙，聲雲援洛，密欲與仲堪共襲玄。仲堪雖外結佺期而疑其心，距而不許，猶慮弗能禁，複遣從弟遹屯於北境以遏佺期。佺期既不能獨舉，且不測仲堪本意，遂息甲。南蠻校尉楊廣，佺期之兄也，欲距桓偉，仲堪不聽，乃出廣為宜都、建平二郡太守，加征虜將軍。佺期弟孜敬先為江夏相，玄以兵襲而召之。既至，以為諮議參軍。玄於是興軍西征，亦聲雲救洛，與仲堪書，說佺期受國恩而棄山陵，宜共罪之。今親率戎旅，逕造金墉，使仲堪收楊廣，如其不爾，無以相信。仲堪本計欲兩全之，既得玄書，知不能禁，乃曰：“君自沔而行，不得一人入江也。”玄乃止。
後荊州大水，仲堪振恤饑者，倉廩空竭。玄乘其虛而伐之，先遣軍襲巴陵。梁州刺史郭銓當之所鎮，路經夏口，玄聲雲朝廷遣銓為己前鋒，乃授以江夏之眾，使督諸軍並進，密報兄偉令為內應。偉遑遽不知所為，乃自齎疏示仲堪。仲堪執偉為質，令與玄書，辭甚苦至。玄曰：“仲堪為人不得專決，常懷成敗之計，為兒子作慮，我兄必無憂矣。”
玄既至巴陵，仲堪遣眾距之，為玄所敗。玄進至楊口，又敗仲堪弟子道護，乘勝至零口，去江陵二十裏，仲堪遣軍數道距之。佺期自襄陽來赴，與兄廣共擊玄，玄懼其銳，乃退軍馬頭。佺期等方複追玄苦戰，佺期敗，走還襄陽，仲堪出奔酂城，玄遣將軍馮該躡佺期，獲之。廣為人所縛，送玄，並殺之。仲堪聞佺期死，乃將數百人奔姚興，至冠軍城，為該所得，玄令害之。
於是遂平荊雍，乃表求領江、荊二州。詔以玄都督荊司雍秦梁益寧七州、後將軍、荊州刺史、假節，以桓脩為江州刺史。玄上疏固爭江州，於是進督八州及楊豫八郡，複領江州刺史。玄又輒以偉為冠軍將軍、雍州刺史。時寇賊未平，朝廷難違其意，許之。玄於是樹用腹心，兵馬日盛，屢上疏求討孫恩，詔輒不許。其後恩逼京都，玄建牙聚眾，外托勤王，實欲觀釁而進，複上疏請討之。會恩已走，玄又奉詔解嚴。以偉為江州，鎮夏口；司馬刁暢為輔國將軍，督八郡，鎮襄陽；遣桓振、皇甫敷、馮該等戍湓口。移沮漳蠻二千戶於江南，立武寧郡；更招集流人，立綏安郡。又置諸郡丞。詔征廣州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。自謂三分有二，知勢運所歸，屢上禎祥以為己瑞。
初。庾楷既奔於玄，玄之求討孫恩也，以為右將軍。玄既解嚴，楷亦去職。楷以玄方與朝廷構怨，恐事不克，禍及於己，乃密結於後將軍元顯，許為內應。元興初，元顯稱詔伐玄，玄從兄石生時為太傅長史，密書報玄。玄本謂揚土饑饉，孫恩未滅，必未遑討己，可得蓄力養眾，觀釁而動。既聞元顯將伐之，甚懼，欲保江陵。長史卞範之說玄曰：“公英略威名振於天下，元顯口尚乳臭，劉牢之大失物情，若兵臨近畿，示以威賞，則土崩之勢可翹足而待，何有延敵入境自取蹙弱者乎！”玄大悅，乃留其兄偉守江陵，抗表率眾，下至尋陽，移檄京邑，罪狀元顯。檄至。元顯大懼，下船而不克發。玄既失人情，而興師犯順，慮眾不為用，恆有回旆之計。既過尋陽，不見王師，意甚悅，其將吏亦振。庾楷謀泄，收縶之。至姑孰，使其將馮該、苻宏、皇甫敷、索元等先攻譙王尚之。尚之敗。劉牢之遣子敬宣詣玄降。
玄至新亭，元顯自潰。玄入京師，矯詔曰：“義旗雲集，罪在元顯。太傅已別有教，其解嚴息甲，以副義心。”又矯詔加己總百揆，侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，領徐州刺史，又加假黃鉞、羽葆鼓吹、班劍二十人，置左右長史、司馬、從事中郎四人，甲杖二百人上殿。玄表列太傅道子及元顯之惡，徙道子於安成郡，害元顯於市。於是玄入居太傅府，害太傅中郎毛泰、泰弟遊擊將軍邃，太傅參軍荀遜、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、譙王尚之等，流尚之弟丹陽尹恢之、廣晉伯允之、驃騎長史王誕、太傅主簿毛遁等於交廣諸郡，尋追害恢之、允之於道。以兄偉為安西將軍、荊州刺史，領南蠻校尉，從兄謙為左仆射、加中軍將軍、領選，脩為右將軍、徐兗二州刺史，石生為前將軍、江州刺史，長史為卞範之為建武將軍、丹陽尹、王謐為中書令、領軍將軍。大赦，改元為大亨。玄讓丞相，自署太尉、領平西將軍、豫州刺史。又加袞冕之服，綠糸戾綬，增班劍為六十人，劍履上殿，入朝不趨，讚奏不名。
玄將出居姑孰，訪之於眾，王謐對曰：“《公羊》有言，周公何以不之魯？欲天下一乎周也。願靜根本，以公旦為心。”玄善其對而不能從。遂大築城府，台館山池莫不壯麗，乃出鎮焉。既至姑孰，固辭錄尚書事，詔許之，而大政皆諮焉，小事則決於桓謙、卞範之。
自禍難屢構，幹戈不戢，百姓厭之。思歸一統。及玄初至也，黜凡佞，擢俊賢，君子之道粗備，京師欣然。後乃陵侮朝廷，幽擯宰輔，豪奢縱欲，眾務繁興，於是朝野失望，人不安業。時會稽饑荒，玄令賑貸之。百姓散在江湖采穭，內史王愉悉召之還。請米，米既不多，吏不時給，頓仆道路死者十八九焉。玄又害吳興太守高素、輔國將軍竺謙之、謙之從兄高平相朗之、輔國將軍劉襲、襲弟彭城內史季武、冠軍將軍孫無終等，皆牢之之黨，北府舊將也。襲兄冀州刺史軌及寧朔將軍高雅之、牢之子敬宣並奔慕容德。玄諷朝廷以己平元顯功，封豫章公，食安成郡地方二百二十五裏，邑七千五百戶；平仲堪、佺期功，封桂陽郡公，地方七十五裏，邑二千五百戶；本封南郡如故。玄以豫章改封息升，桂陽郡公賜兄子浚，降為西道縣公。又發詔為桓溫諱，有姓名同者一皆改之，贈其母馬氏豫章公太夫人。元興二年，玄詐表請平姚興，又諷朝廷作詔，不許。玄本無資力，而好為大言，既不克行，乃雲奉詔故止。初欲飾裝，無他處分，先使作輕舸，載服玩及書畫等物。或諫之，玄曰：“書畫服玩既宜恆在左右，且兵凶戰危，脫有不意，當使輕而易運。”眾鹹笑之。
是歲，玄兄偉卒，贈開府、驃騎將軍，以桓脩代之。從事中郎曹靖之說玄以桓脩兄弟職居內外，恐權傾天下，玄納之，乃以南郡相桓石康為西中郎將、荊州刺史。偉服始以公除，玄便作樂。初奏，玄撫節慟哭，既而收淚盡歡，玄所親仗唯偉，偉既死，玄乃孤危。而不臣之跡已著，自知怨滿天下，欲速定篡逆，殷仲文、卞範之等又共催促之，於是先改授群司，解琅邪王司徒，遷太宰，加殊禮，以桓謙為侍中、衛將軍、開府、錄尚書事，王謐散騎常侍、中書監，領司徒，桓胤中書令，加桓脩散騎常侍、撫軍大將軍。置學官，教授二品子弟數百人。又矯詔加其相國，總百揆，封南郡、南平、宜都、天門、零陵、營陽、桂陽、衡陽、義陽、建平十郡為楚王，揚州牧，領平西將軍、豫州刺史如故，加九錫備物，楚國置丞相已下，一遵舊典。又諷天子禦前殿而策授焉。玄屢偽讓，詔遣百僚敦勸，又雲：“當親降鑾輿乃受命。”矯詔贈父溫為楚王，南康公主為楚王後。以平西長史劉瑾為尚書，刁逵為中領軍，王嘏為太常，殷叔文為左衛，皇甫敷為右衛，凡眾官合六十餘人，為楚官屬。玄解平西、豫州，以平西文武配相國府。
新野人庾仄聞玄受九錫，乃起義兵，襲馮該於襄陽，走之。仄有眾七千，於城南設壇，祭祖宗七廟。南蠻參軍庾彬、安西參軍楊道護、江安令鄧襄子謀為內應。仄本仲堪黨，桓偉既死，石康未至，故乘間而發，江陵震動。桓濟之子亮起兵於羅縣，自號平南將軍、湘州刺史，以討仄為名。南蠻校尉羊僧壽與石康共攻襄陽，仄眾散，奔姚興，彬等皆遇害。長沙相陶延壽以亮乘亂起兵，遣收之。玄徙亮於衡陽，誅其同謀桓奧等。
玄偽上表求歸籓，又自作詔留之，遣使宣旨，玄又上表固請，又諷天子作手詔固留焉。玄好逞偽辭，塵穢簡牘，皆此類也。謂代謝之際宜有禎祥，乃密令所在上臨平湖開除清朗，使眾官集賀。矯詔曰：“靈瑞之事非所敢聞也。斯誠相國至德，故事為之應。太平之化，於是乎始，六合同悅，情何可言！”又詐雲江州甘露降王成基家竹上。玄以曆代鹹有肥遁之士，而己世獨無，乃征皇甫謐六世孫希之為著作，並給其資用，皆令讓而不受，號曰高士，時人名為“充隱”。議複肉刑，斷錢貨，回複改異，造革紛紜，誌無一定，條製森然，動害政理。性貪鄙，好奇異，尤愛寶物，珠玉不離於手。人士有法書好畫及佳園宅者，悉欲歸己，猶難逼奪之，皆蒱博而取。遣臣佐四出，掘果移竹，不遠數千裏，百姓佳果美竹無複遺餘。信悅諂譽，逆忤讜言，或奪其所憎與其所愛。
十一月，玄矯製加其冕十有二旒，建天子旌旗，出警入蹕，乘金根車，駕六馬，備五時副車，置旄頭雲罕，樂儛八佾，設鍾虡宮縣，妃為王後，世子為太子，其女及孫爵命之號皆如舊製。玄乃多斥朝臣為太宰僚佐，又矯詔使王謐兼太保，領司徒，奉皇帝璽禪位於己。又諷帝以禪位告廟，出居永安宮，移晉神主於琅邪廟。
初，玄恐帝不肯為手詔，又慮璽不可得，逼臨川王寶請帝自為手詔，因奪取璽。比臨軒，璽已久出，玄甚喜。百官到姑孰勸玄僭偽位，玄偽讓，朝臣固請，玄乃於城南七裏立郊，登壇篡位，以玄牡告天，百僚陪列，而儀注不備，忘稱萬歲，又不易帝諱。榜為文告天皇後帝雲：“晉帝欽若景運，敬順明命，以命於玄。夫天工人代，帝王所以興，匪君莫治，惟德司其元，故承天理物，必由一統。並聖不可以二君，非賢不可以無主，故世換五帝，鼎遷三代。爰暨漢魏，鹹歸勳烈。晉自中葉，仍世多故，海西之亂，皇祚殆移，九代廓寧之功，升明黜陟之勳，微禹之德，左衽將及。太元之末，君子道消，積釁基亂。鍾於隆安，禍延士庶，理絕人倫。玄雖身在草澤，見棄時班，義情理感，胡能無慨！投袂克清之勞，阿衡撥亂之績，皆仰憑先德遺愛之利，玄何功焉！屬當理運之會，猥集樂推之數，以寡昧之身踵下武之重，膺革泰之始，托王公之上，誠仰藉洪基，德漸有由。夕惕祗懷，罔知攸厝。君位不可以久虛，人神不可以乏饗，是用敢不奉以欽恭大禮，敬簡良辰，升壇受禪，告類上帝，以永綏眾望，式孚萬邦，惟明靈是饗。”乃下書曰：“夫三才相資，天人所以成功，理由一統，貞夫所以司契，帝王之興，其源深矣。自三五已降，世代參差，雖所由或殊，其歸一也。朕皇考宣武王聖德高邈，誕啟洪基，景命攸歸，理貫自昔。中間屯險，弗克負荷，仰瞻宏業，殆若綴旒。藉否終之運，遇時來之會，用獲除奸救溺，拯拔人倫。晉氏以多難薦臻，曆數唯既，典章唐虞之準，述遵漢魏之則，用集天祿於朕躬。惟德不敏，辭不獲命，稽若令典，遂升壇燎於南郊，受終於文祖。思覃斯慶，願與億兆聿茲更始。”於是大赦，改元永始，賜天下爵二級，孝悌力田人三級，鰥寡孤獨不能自存者穀人五斛。其賞賜之製，徒設空文，無其實也。初出偽詔，改年為建始，右丞王悠之曰：“建始，趙王倫偽號也。”又改為永始，複是王莽始執權之歲，其兆號不祥，冥符僭逆如此。又下書曰：“夫三恪作賓，有自來矣。爰暨漢魏，鹹建疆宇。晉氏欽若曆數，禪位於朕躬，宜則是古訓，授茲茅土。以南康之平固縣奉晉帝為平固王，車旗正朔一如舊典。”遷帝居尋陽，即陳留王處鄴宮故事。降永安皇後為零陵君，琅邪王為石陽縣公，武陵王遵為彭澤縣侯。追尊其父溫宣武皇帝，廟稱太廟，南康公主為宣皇後。封子升為豫章郡王，叔父雲孫放之為寧都縣王，豁孫稚玉為臨沅縣王，豁次子石康為右將軍、武陵郡王，秘子蔚為醴陵縣王，贈衝太傳、宣城郡王，加殊禮，依晉安平王故事，以孫胤襲爵，為吏部尚書，衝次子謙為揚州刺史、新安郡王，謙弟脩為撫軍大將軍、安成郡王，兄歆臨賀縣王，禕富陽縣王，贈偉侍中、大將軍、義興郡王，以子浚襲爵，為輔國將軍，浚弟邈西昌縣王。封王謐為武昌公，班劍二十人，卞範之為臨汝公，殷仲文為東興公，馮該為魚複侯。又降始安郡公為縣公，長沙為臨湘縣公，盧陵為巴丘縣公，各千戶。其康樂、武昌、南昌、望蔡、建興、永脩、觀陽皆降封百戶，公侯之號如故。又普進諸征鎮軍號各有差。以相國左長史王綏為中書令。崇桓謙母庾氏為宣城太妃，加殊禮，給以輦乘。號溫墓曰永崇陵，置守衛四十人。
玄入建康宮，逆風迅激，旍旗儀飾皆傾偃。及小會於西堂，設妓樂，殿上施絳綾帳，縷黃金為顏，四角作金龍，頭銜五色羽葆旒蘇，群臣竊相謂曰：“此頗似輀車，亦王莽仙蓋之流也。龍角，所謂亢龍有悔者也。”又造金根車，駕六馬。是月，玄臨聽訟觀閱囚徒，罪無輕重，多被原放。有幹輿乞者，時或恤之。其好行小惠如此。自以水德，壬辰，臘於祖。改尚書都官郎為賊曹，又增置五校、三將及強弩、積射武衛官。元興三年，玄之永始二年也，尚書答“春蒐”字誤為“春菟”，凡所關署皆被降黜。玄大綱不理，而糾摘纖微，皆此類也。以其妻劉氏為皇後，將修殿宇，乃移入東宮。又開東掖、平昌、廣莫及宮殿諸門，皆為三道。更造大輦，容三千人坐，以二百人舁之。性好畋遊，以體大不堪乘馬，又作徘徊輿，施轉關，令回動無滯。既不追尊祖曾，疑其禮義，問於群臣。散騎常侍徐廣據晉典宜追立七廟，又敬其父則子悅，位彌高者情理得申，道愈廣者納敬必普也。玄曰：“《禮》雲三昭、三穆，與太祖為七，然則太祖必居廟之主也，昭穆皆自下之稱，則非逆數可知也。禮，太祖東向，左昭右穆。如晉室之廟，則宣帝在昭穆之列，不得在太祖之位。昭穆既錯，太祖無寄，失之遠矣。”玄曾祖以上名位不顯，故不欲序列，且以王莽九廟見譏於前史，遂以一廟矯之，郊廟齋二日而已。秘書監卞承之曰：“祭不及祖，知楚德之不長也。”又毀晉小廟以廣台榭。其庶母蒸嚐，靡有定所，忌日見賓客遊宴，唯至亡時一哭而已。期服之內，不廢音樂。玄出遊水門，飄風飛其儀蓋。夜，濤水入石頭，大桁流壞，殺人甚多。大風吹硃雀門樓，上層墜地。
玄自篡盜之後，驕奢荒侈，遊獵無度，以夜繼晝。兄偉葬日，旦哭晚遊，或一日之中屢出馳騁。性又急暴，呼召嚴速，直官鹹係馬省前，禁內嘩雜，無複朝廷之體。於是百姓疲苦，朝野勞瘁，怨怒思亂者十室八九焉。於是劉裕、劉毅、何無忌等共謀興複。裕等斬桓脩於京口，斬桓弘於廣陵，河內太守辛扈興、弘農太守王元德、振威將軍童厚之、竟陵太守劉邁謀為內應。至期，裕遣周安穆報之，而邁惶遽，遂以告玄。玄震駭，即殺扈興等，安穆馳去得免。封邁重安侯，一宿又殺之。
裕率義軍至竹裏，玄移還上宮，百僚步從，召侍官皆入止省中。赦揚、豫、徐、兗、青、冀六州，加桓謙征討都督、假節，以殷仲文代桓脩，遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷北距義軍。裕等於江乘與戰，臨陣斬甫之，進至羅落橋，與敷戰，複梟其首。玄聞之大懼，乃召諸道術人推算數為厭勝之法，乃問眾曰：“朕其敗乎？”曹靖之對曰：“神怒人怨，臣實懼焉。”玄曰：“人或可怨，神何為怒？”對曰：“移晉宗廟，飄泊失所，大楚之祭，不及於祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不諫？”對曰：“輦上諸君子皆以為堯舜之世，臣何敢言！”玄愈忿懼，使桓謙、何澹之屯東陵，卞範之屯覆舟山西，眾合二萬，以距義軍。裕至蔣山，使羸弱貫油帔登山，分張旗幟，數道並前。玄偵侯還雲：“裕軍四塞，不知多少。”玄益憂惶，遣武衛將軍庾頤之配以精卒，副援諸軍。於時東北風急，義軍放火，煙塵張天，鼓噪之音震駭京邑。劉裕執鉞麾而進，謙等諸軍一時奔潰。玄率親信數千人聲言赴戰，遂將其子升、兄子浚出南掖門，西至石頭，使殷仲文具船，相與南奔。
初，玄在姑孰，將相星屢有變；篡位之夕，月及太白，又入羽林，玄甚惡之。及敗走，腹心勸其戰，玄不暇答，直以策指天。而經日不得食，左右進以粗飯，咽不能下。升時年數歲，抱玄胸而撫之，玄悲不自勝。
劉裕以武陵王遵攝萬機，立行台，總百官。遣劉毅、劉道規躡玄，誅玄諸兄子及石康兄權、振兄洪等。
玄至尋陽，江州刺史郭昶之給其器用兵力。殷仲文自後至，望見玄舟，旌旗輿服備帝者之儀，歎息曰：“敗中複振，故可也。”玄於是逼乘輿西上。桓歆聚黨向曆陽，宣城內史諸葛長民擊破之。玄於道作起居注，敘其距義軍之事，自謂經略指授，算無遺策，諸將違節度，以致虧喪，非戰之罪。於是不遑與群下謀議，唯耽思誦述，宣示遠近。玄至江陵，石康納之，張幔屋於城南，署置百官，以卞範之為尚書仆射，其餘職多用輕資。於是大修舟師，曾未三旬，眾且二萬，樓船器械甚盛。謂其群黨曰：“卿等並清塗翼從朕躬，都下竊位者方應謝罪軍門，其觀卿等入石頭，無異雲霄中人也。”
玄以奔敗之後，懼法令不肅，遂輕怒妄殺，人多離怨。殷仲文諫曰：“陛下少播英譽，遠近所服，遂掃平荊雍，一匡京室，聲被八荒矣。既據有極位，而遇此圮運，非為威不足也。百姓喁喁，想望皇澤，宜弘仁風，以收物情。”玄怒曰：“漢高、魏武幾遇敗，但諸將失利耳！以天文惡，故還都舊楚，而群小愚惑，妄生是非，方當糾之以猛，未宜施之以恩也。”玄左右稱玄為“桓詔”，桓胤諫曰：“詔者，施於辭令，不以為稱謂也。漢魏之主皆無此言，唯聞北虜以苻堅為‘苻詔’耳。願陛下稽古帝則，令萬世可法。”玄曰：“此事已行，今宣敕罷之，更為不祥。必其宜革，可待事平也。”荊州郡守以玄播越，或遣使通表，有匪寧之辭，玄悉不受，仍乃更令所在表賀遷都。
玄遣遊擊將軍何澹之、武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭就郭銓以數千人守湓口。又遣輔國將軍桓振往義陽聚眾，至弋陽，為龍驤將軍胡譁所破，振單騎走還。何無忌、劉道規等破郭銓、何澹之、郭昶之於桑落洲，進師尋陽。玄率舟艦二百發江陵，使苻宏、羊僧壽為前鋒。以鄱陽太守徐放為散騎常侍，欲遣說解義軍，謂放曰：“諸人不識天命，致此妄作，遂懼禍屯結，不能自反。卿三州所信，可明示朕心，若退軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。江水在此，朕不食言。”放對曰：“劉裕為唱端之主，劉毅兄為陛下所誅，並不可說也。輒當申聖旨於何無忌。”玄曰：“卿使若有功，當以吳興相敘。”放遂受使，入無忌軍。
魏詠之破桓歆於曆陽，諸葛長民又敗歆於芍陂，歆單馬渡淮。毅率道規及下邳太守孟懷玉與玄戰於崢嶸洲。於時義軍數千，玄兵甚盛，而玄懼有敗衄，常漾輕舸於舫側，故其眾莫有鬥心。義軍乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁，郭銓歸降。玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人，襲破尋陽城，毅遣建威將軍劉懷肅討平之。玄留永安皇後及皇後於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散軍，因叛玄，奉二後奔於夏口。玄入江陵城，馮該勸使更下戰，玄不從，欲出漢川，投梁州刺史桓希，而人情乖阻，製令不行。玄乘馬出城，至門，左右於暗中斫之，不中，前後相殺交橫，玄僅得至船。於是荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之率文武營衛。
時益州刺史毛璩使其從孫祐之、參軍費恬送弟璠喪葬江陵，有眾二百，璩弟子脩之為玄屯騎校尉，誘玄以入蜀，玄從之。達枚回洲，恬與祐之迎擊玄，矢下如雨。玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身敝玄，並中數十箭而死。玄被箭，其子升輒拔去之。益州督護馮遷抽刀而前，玄拔頭上玉導與之，仍曰：“是何人邪？敢殺天子！”遷曰：“欲殺天子之賊耳。”遂斬之，時年三十六。又斬石康及浚等五級，庾頤之戰死。升雲：“我是豫章王，諸君勿見殺。”送至江陵市斬之。
初，玄在宮中，恆覺不安，若為鬼神所擾，語其所親雲：“恐己當死，故與時競。”元興中，衡陽有雌雞化為雄，八十日而冠萎。及玄建國於楚，衡陽屬焉，自篡盜至敗，時凡八旬矣。其時有童謠雲：“長幹巷，巷長幹，今年殺郎君，後年斬諸桓。”其凶兆符會如此。郎君，謂元顯也。
是月，王騰之奉帝入居太府。桓謙亦聚眾沮中，為玄舉哀，立喪庭，偽諡為武悼皇帝。毅等傳送玄首，梟於大桁，百姓觀者莫不欣幸。
何無忌等攻桓謙於馬頭，桓蔚於龍洲，皆破之。義軍乘勝競進，振、該等距戰於靈溪，道規等敗績，死沒者千餘人。義軍退次尋陽，更繕舟甲。毛璩自領梁州，遣將攻漢中，殺桓希。江夏相張暢之、高平太守劉懷肅攻何澹之於西塞磯，破之。振遣桓蔚代王曠守襄陽。道規進討武昌，破偽太守王旻。魏詠之、劉籓破桓石綏於白茅。義軍發尋陽。桓亮自號江州刺史，侵豫章，江州刺史劉敬宣討走之。義軍進次夏口。偽鎮東將軍馮該等守夏口，揚武將軍孟山圖據魯城，輔國將軍桓山客守偃月壘。劉毅攻魯城，道規攻偃月壘，無忌與檀祗列艦中流，以防越逸。義軍騰赴，叫聲動山穀，自辰及午，二城俱潰，馮該散走，生擒山客。毅等平巴陵。毛璩遣涪陵太守文處茂東下，振遣桓放之為益州，屯夷陵，處茂距戰，放之敗走，還江陵。
義熙元年正月，南陽太守魯宗之起義兵襲襄陽，破偽雍州刺史桓蔚。無忌諸軍次江陵之馬頭，振擁帝出營江津。魯宗之率眾於柞溪，破偽武賁中郎溫楷，進至紀南。振自擊宗之，宗之失利。時蜀軍據靈溪，毅率無忌、道規等破馮該軍，推鋒而前，即平江陵。振見火起，知城已陷，乃與謙等北走。是日，安帝反正。大赦天下，唯逆黨就戮，詔特免桓胤一人。桓亮自豫章，自號鎮南將軍、湘州刺史。苻宏寇安成、廬陵，劉敬宣遣將討之，宏走入湘中。二月，桓謙、何澹之、溫楷等奔於姚興。桓振與宏出自溳城，襲破江陵，劉懷肅自雲杜伐振等，破之。廣武將軍唐興斬振及偽輔國將軍桓珍，毅於臨鄣斬偽零陵太守劉叔祖。桓亮、苻宏複出冠湘中，害郡守長吏，檀祗討宏於湘東，斬之，廣武將軍郭彌斬亮於益陽，其餘擁眾假號皆討平之。詔徙桓胤及諸黨與於新安諸郡。
三年，東陽太守殷仲文與永嘉太守駱球謀反，欲建桓胤為嗣，曹靖之、桓石鬆、卞承之、劉延祖等潛相交結，劉裕以次收斬之，並誅其家屬。後桓謙走入蜀，蜀賊譙縱以謙為荊州刺史，使率兵而下，荊楚之眾多應之。謙至枝江，荊州刺史劉道規斬之，梁州刺史傅歆又斬桓石綏，桓氏遂滅。
卞範之字敬祖，濟陰宛句人也，識悟聰敏，見美於當世。太元中，自丹陽丞為始安太守。桓玄少與之遊，及玄為江州，引為長史，委以心膂之任，潛謀密計，莫不決之。後玄將為篡亂，以範之為丹陽尹。範之與殷仲文陰撰策命，進範之為征虜將軍、散騎常侍。玄僭位，以範之為侍中，班劍二十人，進號後將軍，封臨汝縣公。其禪詔，即範之文也。
玄既奢侈無度，範之亦盛營館第。自以佐命元勳，深懷矜伐，以富貴驕人，子弟慠慢，眾鹹畏嫉之。義軍起，範之屯兵於覆舟山西，為劉毅所敗，隨玄西走，玄又以範之為尚書仆射。玄為劉毅等所敗，左右分散，唯範之在側。玄平，斬於江陵。
殷仲文，南蠻校尉覬之弟也。少有才藻，美容貌。從兄仲堪薦之於會稽王道子，即引為驃騎參軍，甚相賞待。俄轉諮議參軍，後為元顯征虜長史。會桓玄與朝廷有隙，玄之姊，仲文之妻，疑而間之，左遷新安太守。仲文於玄雖為姻親，而素不交密，及聞玄平京師，便棄郡投焉。玄甚悅之，以為諮議參軍。時王謐見禮而不親，卞範之被親而少禮，而寵遇隆重，兼於王、卞矣。玄將為亂，使總領詔命，以為侍中，領左衛將軍。玄九錫，仲文之辭也。
初，玄篡位入宮，其床忽陷，群下失色，仲文曰：“將由聖德深厚，地不能載。”玄大悅。”以佐命親貴，厚自封崇，輿馬器服，窮極綺麗，後房伎妾數十，絲竹不絕音。性貪吝，多納貨賄，家累千金，常若不足。玄為劉裕所敗，隨玄西走，其珍寶玩好悉藏地中，皆變為土。至巴陵，因奉二後投義軍，而為鎮軍長史，轉尚書。
帝初反正，抗表自解曰：“臣聞洪波振壑，川無恬鱗；驚飆拂野，林無靜柯。何者？勢弱則受製於巨力，質微則無以自保。於理雖可得而言，於臣實非所敢譬。昔桓玄之代，誠複驅逼者眾。至如微臣，罪實深矣，進不能見危授命，亡身殉國；退不能辭粟首陽，拂衣高謝。遂乃宴安昏寵，叨昧偽封，錫文篡事，曾無獨固。名義以之俱淪，情節自茲兼撓，宜其極法，以判忠邪。會鎮軍將軍劉裕匡複社稷，大弘善貸，佇一戮於微命，申三驅於大信，既惠之以首領，又申之以縶維。於時皇輿否隔，天人未泰，用忘進退，是以僶俯從事，自同令人。今宸極反正，唯新告始，憲章既明，品物思舊，臣亦胡顏之厚，可以顯居榮次！乞解所職，待罪私門。違離闕庭，乃心慕戀。”詔不許。
仲文因月朔與眾至大司馬府，府中有老槐樹，顧之良久而歎曰：“此樹婆娑，無複生意！”仲文素有名望，自謂必當朝政，又謝混之徒疇昔所輕者，並皆比肩，常怏怏不得誌。忽遷為東陽太守，意彌不平。劉毅愛才好士，深相禮接，臨當之郡，遊宴彌日。行至富陽，慨然歎曰：“看此山川形勢，當複出一伯符。”何無忌甚慕之。東陽，無忌所統，仲文許當便道修謁，無忌故益飲遲之，令府中命文人殷闡、孔寧子之徒撰義構文，以俟其至。仲文失誌恍惚，遂不過府。無忌疑其薄己，大怒，思中傷之。時屬慕容超南侵，無忌言於劉裕曰：“桓胤、殷仲文並乃腹心之疾，北虜不足為憂。”義熙三年，又以仲文與駱球等謀反，及其弟南蠻校尉叔文伏誅。仲文時照鏡不見其麵，數日而遇禍。
仲文善屬文，為世所重，謝靈運嚐雲：“若殷仲文讀書半袁豹，則文才不減班固。”言其文多而見書少也。
史臣曰：桓玄纂凶，父之餘基。挾奸回之本性，含怒於失職；苞藏其豕心，抗表以稱冤。登高以發憤，觀釁而動，竊圖非望。始則假寵於仲堪，俄而戮殷以逞欲，遂得據全楚之地，驅勁勇之兵，因晉政之陵遲，乘會稽之酗ＪＴ，縱其狙詐之計，扇其陵暴之心，敢率犬羊，稱兵內侮。天長喪亂，凶力實繁，逾年之間，奄傾晉祚，自謂法堯禪舜，改物君臨，鼎業方隆，卜年惟永。俄而義旗電發，忠勇雷奔，半辰而都邑廓清，逾月而凶渠即戮，更延墜曆，複振頹綱。是知神器不可以暗幹，天祿不可以妄處者也。夫帝王者，功高宇內，道濟含靈，龍宮鳳曆表其祥，彤雲玄石呈其瑞，然後光臨大寶，克享鴻名，允彳奚後之心，副樂推之望。若桓玄之麼麽，豈足數哉！適所以幹紀亂常，傾宗絕嗣，肇金行之禍難，成宋氏之驅除者乎！
讚曰：靈寶隱賊，世載凶德。信順未孚，奸回是則。肆逆遷鼎，憑威縱慝。違天虐人，覆宗殄國。