宋本紀上
宋高祖武皇帝名叫裕，字德輿，小字寄奴，彭城縣綏輿裏人，姓劉氏，是漢代楚元王劉交的第二十一代孫子。彭城是楚國的都城，所以後代子孫便以這裏為家了。晉朝東遷，劉氏移居到晉陵丹徒的京口裏。他的先祖劉靖，是晉朝的東安太守。他的父親劉翹，字顯宗，是郡上的功曹。武帝是晉哀帝興寧元年(363)三月十七日的夜裏降生，當時神光照得房子裏一片光明，這天夜裏有甘露降落在墓地的樹上。他長大後，為人雄傑，氣度宏大，身高七尺六寸，風神奇偉，不拘生活小節，侍奉繼母以孝順聞名。

宋高祖武皇帝諱裕，字德輿，小字寄奴，彭城縣綏輿裏人，姓劉氏，漢楚元王交之二十一世孫也。彭城楚都，故苗裔家焉。晉氏東遷，劉氏移居晉陵丹徒之京口裏。皇祖靖，晉東安太守。皇考翹，字顯宗，郡功曹。帝以晉哀帝興寧元年歲在癸亥三月壬寅夜生，神光照室盡明，是夕甘露降於墓樹。及長，雄傑有大度，身長七尺六寸，風骨奇偉，不事廉隅小節，奉繼母以孝聞。
他曾遊覽京口的竹林寺，獨自躺在講堂的前麵，上麵有一條五色龍顯現出來，眾僧人見了，驚慌地告訴了武帝，武帝獨自高興地說：“請上人不要亂講。”他父親的墓在丹徒的候山，那裏就是秦史上所說的曲阿、丹徒之間有天子氣的地方。當時有個叫孔恭的人，很善於占墓，武帝曾經和他一塊經過墓地，欺騙他說：“這片墳墓怎麼樣？”孔恭說：“不是一般的地方喲！”武帝從此更加自負。行動時常常見到有兩條小龍附在兩翼，到山上砍柴或到水邊打魚，同伴們有的也曾經看見。地位尊貴以後，龍形更大。

嚐遊京口竹林寺，獨臥講堂前，上有五色龍章，衆僧見之，驚以白帝，帝獨喜曰：“上人無妄言。”皇考墓在丹徒之候山，其地秦史所謂曲阿、丹徒間有天子氣者也。時有孔恭者，妙善占墓，帝嚐與經墓，欺之曰：“此墓何如？”孔恭曰：“非常地也。”帝由是益自負。行止時見二小龍附翼，樵漁山澤，同侶或亦睹焉。及貴，龍形更大。
武帝一向貧窮，當時的人都不能識別他的才幹，隻有琅笽人王謐獨自對他深深敬重。武帝曾經欠刁逵的社錢三萬，好長時間無法償還，被刁逵抓起來，王謐暗中用自己的錢代他還上，由此得到釋放。後來在新洲割荻草，看到了一條大蛇有幾丈長，就用箭射它，蛇受了傷。第二天又到了新洲，聽到裏麵有杵臼的聲音，進去一看，見有好幾個童子都穿著青色的衣服，在草叢中搗藥。問他們是怎麼回事，回答說：“我們的大王被劉寄奴射傷了，配些藥給他敷上。”武帝說：“神王怎麼不把劉寄奴殺死？”回答說：“劉寄奴是個王，不會死的，所以不能殺他。”武帝嗬叱他們，都跑散了，便收起藥來回去了。又曾經住宿在下邳的旅舍，碰到一個小和尚對武帝說：“江東將要大亂，能使這裏安定下來的，恐怕就是您了吧！”武帝的手曾經被割傷，多年不愈，和尚有一種黃散，便留給了武帝，隨後忽然不見了，武帝用黃散敷在手上，那傷口隻敷一次就好了。保留剩餘的黃散以及所得的童子的藥，每當遇到刀傷，敷上都很靈驗。

帝素貧，時人莫能知，唯琅邪王謐獨深敬焉。帝嚐負刁逵社錢三萬，經時無以還，被逵執，謐密以己錢代償，由是得釋。後伐荻新洲，見大蛇長數丈，射之，傷。明日複至洲，裏聞有杵臼聲，往覘之，見童子數人皆青衣，於榛中搗藥。問其故，答曰：“我王爲劉寄奴所射，合散傅之。”帝曰：“王神何不殺之？”答曰：“劉寄奴王者不死，不可殺。”帝叱之，皆散，仍收藥而反。又經客下邳逆旅，會一沙門謂帝曰：“江表當亂，安之者，其在君乎。”帝先患手創，積年不愈，沙門有一黃藥，因留與帝，既而忽亡，帝以黃散傅之，其創一傅而愈。寶其餘及所得童子藥，每遇金創，傅之並驗。
起初他擔任冠軍孫無終的司馬。晉朝隆安三年(399)十一月，妖賊孫恩在會稽作亂，朝廷派衛將軍謝琰、前將軍劉牢之去東方討伐。劉牢之請武帝參謀府中軍事，命令他與幾十個人一道監視賊軍，遇到了賊兵幾千人，武帝便和他們打起來，所率領的人大多戰死，而武帝揮舞著長刀，殺傷了很多賊兵。劉牢之的兒子劉敬宣懷疑武帝被賊兵圍困，就帶了一些輕騎去尋找他；不久，眾多騎兵一齊來到，於是平定了山陰，孫恩逃到了海上。

初爲冠軍孫無終司馬。晉隆安三年十一月，祅賊孫恩作亂於會稽，朝廷遣衛將軍謝琰、前將軍劉牢之東討。牢之請帝參府軍事，命與數十人覘賊，遇賊衆數千，帝便與戰，所將人多死，而帝奮長刀，所殺傷甚衆。牢之子敬宣疑帝爲賊所困，乃輕騎尋之；既而衆騎並至，遂平山陰，恩遁入海。
隆安四年(340)五月，孫恩又進入了會稽，殺了謝琰。十一月，劉牢之再次東征，讓武帝守衛句章，句章城小人少，武帝每次戰鬥都攻陷敵方陣地，賊軍便退回浹口。當時東伐的各個將官，手下士卒都大肆掠搶，老百姓都深受苦害，隻有武帝的軍隊無所侵犯。

四年五月，恩複入會稽，殺謝琰。十一月，牢之複東征，使帝戍句章，句章城小人少，帝每戰陷陣，賊乃退還浹口。時東伐諸將，士卒暴掠，百姓皆苦之，惟帝獨無所犯。
隆安五年(341)春天，孫恩頻繁進攻句章，武帝屢次擊敗他，孫恩重新逃到海上。三月，孫恩向北開往海鹽，武帝在舊海鹽築起城牆，賊軍每日都來攻城，城內的兵少，武帝便選了一支敢死隊把賊軍趕走。當時雖然接連勝利，武帝卻深深地憂慮著眾寡不敵，就在一個夜裏把軍旗收了起來，以顯示自己方麵的疲弱，看到敵方懈怠的時候，便奮力出擊，大破賊兵。孫恩知道城無法攻下，便向滬瀆進兵，武帝棄城追趕。海鹽縣令鮑陋派遣兒子鮑嗣之率領吳地兵士一千作為前驅，武帝因為吳地人不熟習打仗，命令他們排在後麵，他們不答應。這一夜武帝設了很多奇兵，同時添置旗鼓，第二天戰鬥，伏兵殺了出來，賊兵撤退，鮑嗣之追趕逃敵，結果被消滅。武帝且退且戰，部下死傷將盡，便回到原來的地方停了下來，讓身邊的人們去解取死人的衣服以顯示出閑暇的樣子。賊兵懷疑還有埋伏，便退走了。六月，孫恩渡海到了丹徒，武帝加倍趕路與他一齊到達，迅速出擊，大破賊軍。孫恩到了建鄴，知道朝廷已經有了防備，於是逃往鬱洲。八月，晉朝皇帝任命武帝為下邳太守。武帝又追擊孫恩到鬱洲和海鹽，接連擊敗他們。孫恩從此以後出現饑荒，逃奔臨海。

五年春，恩頻攻句章，帝屢破之，恩複入海。三月，恩北出海鹽，帝築城於故海鹽，賊日來攻城，城內兵少，帝乃選敢死士擊走之。時雖連勝，帝深慮衆寡不敵，乃一夜偃旗示以羸弱，觀其懈，乃奮擊，大破之。恩知城不可下，進向滬瀆，帝棄城追之。海鹽令鮑陋遣子嗣之以吳兵一千爲前驅，帝以吳人不習戰，命之在後，不從。是夜帝多設奇兵，兼置旗鼓，明日戰，伏發，賊退，嗣之追奔陷沒。帝且退且戰，麾下死傷將盡，乃至向處止，令左右解取死人衣以示暇。賊疑尚有伏，乃引去。六月，恩浮海至丹徒，帝兼行與俱至，奔擊大破之。恩至建鄴，知朝廷有備，遂走鬱洲。八月，晉帝以帝爲下邳太守。帝又追恩至鬱洲及海鹽，頻破之。恩自是饑饉，奔臨海。
元興元年(402)，荊州刺史桓玄率兵東下，驃騎將軍司馬元顯派劉牢之抵抗，武帝又參加了他的軍事行動。桓玄到達以後，武帝請求攻擊，劉牢之不許，卻派自己的兒子劉敬宣去找桓玄請求和解。武帝和東海人何無忌一齊竭力勸諫，劉牢之拒不聽從。桓玄攻克了建鄴，朝廷任命劉牢之為會稽內史。劉牢之恐懼，招武帝在廣陵起兵，武帝說：“人情不在了，廣陵又哪裏能得到呢？”劉牢之結果在新洲自縊而死。何無忌對武帝說：“我將到哪裏去呢？”武帝說：“可以隨我回京口。桓玄必定會保持對待臣子的節操，我可以和您一起侍奉他；不行的話，就和您一起對付他。”

元興元年，荊州刺史桓玄舉兵東下，驃騎將軍司馬元顯遣牢之拒之，帝又參其軍事。玄至，帝請擊之，牢之不許，乃遣子敬宣詣玄請和。帝與東海何無忌並固諫，不從。玄克建鄴，以牢之爲會稽內史。牢之懼，招帝於廣陵舉兵，帝曰：“人情去矣，廣陵亦豈可得之？”牢之竟縊於新洲。何無忌謂帝曰：“我將何之？”帝曰：“可隨我還京口。玄必守臣節，當與卿事之；不然，與卿圖之。”
桓玄的堂兄桓修以撫軍將軍的頭銜鎮守丹徒，任命武帝為中兵參軍。孫恩自從兵敗以後，害怕被抓獲，便在臨海投水而死，其餘的兵眾推舉孫恩的妹夫盧循為主帥。桓玄再次派武帝東征。

玄從兄修以撫軍將軍鎮丹徒，以帝爲中兵參軍。孫恩自敗後，懼見獲，乃投水死於臨海，餘衆推恩妹夫盧循爲主。玄複遣帝東征。
元興二年(403)，盧循逃奔永嘉，武帝追趕並擊破了他。六月，任命武帝為彭城內史。

二年，循奔永嘉，帝追破之。六月，加帝彭城內史。
十二月，桓玄篡奪了帝位，把晉朝的皇帝遷移到了尋陽。桓修調入朝廷，武帝跟隨到了建鄴，桓玄見了武帝，對司徒王謐說：“昨天見到了劉裕，風度不凡，確是世人中的豪傑呀。”每次遊樂宴集，贈送賞賜十分豐厚。桓玄的妻子劉氏，是尚書令劉耽的女兒，聰明智慧，很有見識，曾經見到武帝，便對桓玄說：“劉裕龍行虎步，目光不凡，恐怕必定不會做別人的下屬，要對他早作安排。”桓玄說：“我正在蕩平中原，非劉裕不可，等關、隴地區平定，然後再作討論。”

十二月，桓玄篡位，遷晉帝於尋陽。桓修入朝，帝從至建鄴，玄見帝，謂司徒王謐曰：“昨見劉裕，風骨不恒，蓋人傑也。”每遊集，贈賜甚厚。玄妻劉氏，尚書令耽之女也，聰明有智鑒，嚐見帝，因謂玄曰：“劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐必不爲人下，宜早爲其所。”玄曰：“我方平蕩中原，非裕莫可，待關、隴平定，然後議之。”
桓修不久回到京口，武帝借口說槍傷惡化，不能隨同，便與何無忌一同乘船返回，商討複興的方案，與弟弟劉道軌、沛國的劉毅、平昌的孟昶、任城的魏詠之、高平的檀憑之、琅笽的諸葛長人、太原的王元德、隴西的辛扈興、東莞的童厚之，共同謀劃大計。當時桓修的弟弟桓弘擔任青州刺史，鎮守廣陵，劉道軌擔任桓弘的中兵參軍，孟昶擔任青州主簿，於是武帝就讓劉毅到孟昶那裏謀劃共同襲擊桓弘。諸葛長人擔任豫州刺史刁逵的左軍府參軍，預謀占據曆陽來相策應，王元德、童厚之預謀在建鄴進攻桓玄，時間一到一齊行動。

修尋還京口，帝托以金創疾動，不堪步從，乃與無忌同船共還，建興複計，及弟道規、沛國劉毅、平昌孟昶、任城魏詠之、高平檀憑之、琅邪諸葛長人、太原王元德、隴西辛扈興、東莞童厚之，並同義謀。時桓修弟弘爲青州刺史，鎮廣陵，道規爲弘中兵參軍，昶爲州主簿，乃令毅就昶謀共襲弘。長人爲豫州刺史刁逵左軍府參軍，謀據曆陽相應，元德、厚之謀於建鄴攻玄，克期齊發。
元興三年(404)二月二十七日，武帝假托遊獵，和何無忌，魏詠之，檀憑之，劉毅的堂弟劉藩，檀憑之的侄子檀韶、檀祗、檀隆、檀道濟，孟昶的族弟孟懷玉等人，聚集了義徒共二十七人，願意隨從的一百多人。二十八日，等城門打開，何無忌等義徒身穿傳達詔書人的服裝，口稱詔書走在前麵，義徒們騎馬馳入城內齊聲大叫，官吏士兵都被驚散，隨即將桓修斬首示眾。武帝哭得十分傷心，進行了豐厚的埋葬和撫恤。孟昶勸桓弘在這一天外出打獵，天還沒有明，打開城門放出了打獵的人，孟昶、劉道軌、劉毅等率壯士五六十人，因城門打開而直接進入。桓弘正在喝粥，就被斬首，於是收集他的兵眾渡江。

三年二月乙卯，帝托遊獵，與無忌、詠之、憑之，毅從弟藩，憑之從子韶、祗、隆、道濟，昶族弟懷玉等，集義徒凡二十七人，願從者百餘人。丙辰，候城門開，無忌等義徒服傳詔服，稱詔居前，義衆馳入齊叫，吏士驚散，即斬修以徇。帝哭之甚慟，厚加斂恤。昶勸弘其日出獵，未明，開門出獵人，昶、道規、毅等率壯士五六十人，因開門直入。弘方噉粥，即斬之，因收衆濟江。
義軍剛剛攻下京城，桓修的司馬刁弘率領文武官員前來攻打，武帝登上城頭對他們說：“郭江州已經在尋陽侍奉禦車撥亂反正，我們全都奉了密詔誅除逆黨，現在逆賊桓玄的頭應當砍掉掛在大航的高杆上麵。諸君難道不都是大晉的臣子嗎？”桓弘等人相信了他們，便退了回去。劉毅到了以後，武帝命令他殺死刁弘等人。

義軍初克京城，修司馬刁弘率文武佐吏來赴，帝登城謂曰：“郭江州已奉乘輿反正於尋陽，我等並被密詔誅逆黨，今日賊玄之首已當梟於大航。諸君非大晉之臣乎？”弘等信之而退。毅既至，帝命誅弘等。
劉毅的哥哥劉邁原先住在建鄴，事情還沒發生的前幾天，武帝派遣同謀周安穆報告了他，讓他來作內應。劉邁非常恐懼，周安穆害怕事情暴露，馳馬返回。當時桓玄讓劉邁擔任竟陵太守，劉邁便乘船而下，打算到郡上任。這天夜裏，桓玄給劉邁寄信說：“北府的人情況怎麼樣？您最近見劉裕說了些什麼？”劉邁以為桓玄已經知道了他們的計謀，早晨起來就把情況告訴了他。桓玄很吃驚，封劉邁為重安侯，又因為他沒有把周安穆抓住，所以把他殺了，又殺了王元德、辛扈興、童厚之等。於是派遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷抵禦北麵的義軍。

毅兄邁先在建鄴，事未發數日，帝遣同謀周安穆報之，使爲內應。邁甚懼，安穆慮事發，馳歸。時玄以邁爲竟陵太守，邁便下船，欲之郡。是夜玄與邁書曰：“北府人情雲何？卿近見劉裕何所道？”邁謂玄已知其謀，晨起白之。玄驚，封邁爲重安侯，又以不執安穆故殺之，誅元德、扈興、厚之等。乃遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷北拒義軍。
在此以前，武帝曾到遊擊將軍何澹之那裏去，身邊的人見武帝光耀滿室，便把這種現象告訴了何澹之，何澹之又說給了桓玄，桓玄並不介意，到了現在，聽說義兵起事了，非常恐懼。有人說：“劉裕他們非常虛弱，陛下何必過深地憂慮？”桓玄說：“劉裕足可以成為一世的雄傑，劉毅家裏沒有一石糧食的儲蓄，而賭博時擲骰子一押百萬，何無忌，是劉牢之的外甥，酷似他的舅父，共同舉辦大事，怎麼就說不能成功？”當時眾人推舉武帝為盟主，以孟昶為長史，總管後方事務，檀憑之為司馬，願意隨從的老百姓有一千多人。軍隊駐紮在竹裏，向京城發出了檄文。

先是，帝造遊擊將軍何澹之，左右見帝光曜滿室，以告澹之，澹之以白玄，玄不以爲意，至是，聞義兵起，甚懼。或曰：“裕等甚弱，陛下何慮之深？”玄曰：“劉裕足爲一世之雄，劉毅家無儋石之儲，摴蒱一擲百萬，何無忌，劉牢之之外甥，酷似其舅，共舉大事，何謂無成。”時衆推帝爲盟主，以孟昶爲長史，總後事，檀憑之爲司馬，百姓願從者千餘人。軍次竹裏，移檄都下曰：
三月初一，在江乘遇到了吳甫之，武帝親自拿著大刀，大聲呼叫，隨即把吳甫之殺死。進軍到羅落橋，遇到了皇甫敷，檀憑之戰敗被殺，眾人紛紛後退，武帝前進戰鬥更加猛烈，而且又殺了皇甫敷的頭。起初，武帝謀劃大計，有善於相麵的人給武帝和何無忌等人相麵，說他們近期一定會大貴，隻是說檀憑之沒有貴相。到現在檀憑之戰死，武帝知道這件事必定勝利。

夫成敗相因，理不常泰，狡焉肆虐，或遇聖明。自我大晉，屢遘陽九，隆安以來，皇家多故，貞良弊於豺狼，忠臣碎於虎口。逆臣桓玄敢肆陵慢，阻兵荊郢，肆暴都邑，天未忘難，凶力實繁，踰年之間，遂傾皇祚。主上播越，流幸非所，神器沈辱，七廟毀墜，雖夏後之離浞、豷，有漢之遭莽、卓，方之於茲，未足爲喻。自玄篡逆，於今曆載，彌年亢旱，人不聊生，士庶疲於轉輸，文武困於板築，室家分析，父子乖離，豈惟大東有杼軸之悲，摽梅有頃筐之怨而已哉！仰觀天文，俯察人事，此而可存，孰有可亡！凡在有心，誰不扼腕。裕等所以叩心泣血，不遑啓處者也。
桓玄聽說皇甫敷等人已死，就派桓謙屯駐東陵口，卞範之屯駐覆舟山西麵。三月初二，義軍進駐覆舟山東部，布置了疑兵，用塗油的披肩蓋在樹上，布滿山穀。武帝首先馳向敵軍，將士們全都進行殊死的戰鬥，無不一以當百，呼聲震天動地。又借著風力放火，濃煙與火焰衝天，桓謙大敗。桓玄開始雖然派出了軍隊，但是逃走的心意已經決定，另外派遣了領軍殷仲文在石頭城準備好船隻，聽說桓謙失敗，便乘著輕快的小船向南逃跑了。

是故夕寐宵興，搜獎忠烈，潛構崎嶇，過於履虎，乘機奮發，義不圖全。輔國將軍劉毅、廣武將軍何無忌、鎮北主簿孟昶、兗州主簿魏詠之、甯遠將軍劉道規、龍驤參軍劉藩、振威將軍檀憑之等，忠烈斷金，精貫白日，荷戈俟奮，誌在畢命。益州刺史毛璩，萬裏齊契，掃定荊楚。江州刺史郭昶之奉迎主上，宮於尋陽。鎮北參軍王元德等並率部曲，保據石頭。揚武將軍諸葛長人收集義士，已據曆陽。征虜參軍庾賾之等潛相連結，以爲內應。同力協契，所在蜂起，即日斬僞徐州刺史安成王修、青州刺史弘。義衆既集，文武爭先，鹹謂不有一統，則事無以輯。裕辭不獲命，遂總軍要，庶上憑祖宗之靈，下罄義夫之節，翦馘逋逆，蕩清京華。公侯諸君，或世樹忠貞，或身荷爵寵，而並俛眉猾豎，無由自效，顧瞻周道，寧不吊乎！今日之舉，良其會也。裕以虛薄，才非古人，受任於既頹之運，接勢於已替之機，丹誠未宣，感慨憤激。望霄漢以永懷，眄山川以增佇，投檄之日，神馳賊庭。
三月初三，武帝鎮守石頭城，任命了留守台閣的各級官員，在宣陽門外燒毀了供奉桓溫的牌位，在太廟中建造了晉朝的新神主。派遣各路將官追擊桓玄，命令尚書王嘏率領百官迎接皇帝的車駕。司徒王謐與眾人商議推舉武帝兼職掌管揚州，武帝堅決推辭，便以王謐擔任錄尚書事、兼任揚州刺史，武帝擔任鎮軍將軍、都督八州諸軍事、徐州刺史、領軍將軍。

三月戊午，遇吳甫之於江乘，帝躬執長刀，大呼，即斬甫之。進至羅落橋，遇皇甫敷，檀憑之戰敗，死之，衆退，帝進戰彌厲，又斬敷首。初，帝建大謀，有工相者相帝與無忌等近當大貴，惟雲憑之無相。至是，憑之戰死，帝知其事必捷。
起初，晉陵人韋叟擅長相麵術，桓修讓他相一相武帝是不是能當上州官，韋叟說：“應當做邊遠州的刺史。”回頭又私下對武帝說：“您的麵相貴不可言。”武帝笑著說：“如果說中了，一定任用您為司馬。”到了現在，韋叟去見武帝說：“周成王不忘桐葉之信，您也應該不忘司馬之言。現在我不敢希望做鎮軍司馬，隻想能夠兼任一個軍佐。”於是就任用了他。

玄聞敷等沒，使桓謙屯東陵口，卞範之屯覆舟山西。己未，義軍進至覆舟東，張疑兵，以油帔冠諸樹，布滿山穀。帝先馳之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。因風縱火，煙焰張天，謙等大敗。玄始雖遣軍，而走意已決，別遣領軍殷仲文具舟石頭，聞謙敗，輕船南逸。
當時諸葛長人沒有如期趕到，被刁逵抓住押送過去，還沒到達，桓玄就失敗了。桓玄經過尋陽，江州刺史郭昶之為他準備了車子和儀仗器物。起初，荊州刺史王綏因為是江東的顯貴世族，又是桓氏的外甥，平時對武帝十分欺侮，到了現在，與他的父親尚書左仆射王愉都抱有懷疑心理，一齊被殺死。

庚申，帝鎮石頭城，立留台百官，焚桓溫主於宣陽門外，造晉新主於太廟。遣諸將追玄，命尚書王嘏率百官奉迎乘輿。司徒王謐與衆議推帝領揚州，帝固辭，乃以謐爲錄尚書事、領揚州刺史，帝爲鎮軍將軍、都督八州諸軍事、徐州刺史、領軍將軍。初，晉陵人韋叟善相術，桓修令相帝當得州不，叟曰：“當得邊州刺史。”退而私於帝曰：“君相貴不可言。”帝笑曰：”若中，當相用爲司馬。”至是，叟詣帝曰：“成王不負桐葉之信，公亦應不忘司馬之言。今不敢希鎮軍司馬，願得領軍佐。”於是用焉。
四月初一，尊奉武陵王司馬遵為大將軍，按照聖旨，實行大赦，隻有桓玄祖父的後輩不予赦免。桓玄篡位，是由王謐輔佐的，是他親手解下晉安帝的玉璽。等到義旗樹立，眾人都說王謐應該殺掉，隻有武帝平時對王謐很感激，因而保護他。劉毅曾經趁朝會的機會，問王謐玉璽在什麼地方，王謐更加恐懼。等到王愉父子被殺，王謐的堂弟對王謐說：“王駒無罪而被殺死，這是鏟除勝過自己的人，兄長既是桓氏一黨的人，希求免禍能夠做到嗎？”駒，是王愉的小字。王謐恐懼，逃奔曲阿。武帝告訴大將軍把他迎接回來，恢複了他的職位。

時諸葛長人失期，爲刁逵執送，未至而玄敗。玄經尋陽，江州刺史郭昶之爲具乘輿法物。初，荊州刺史王綏以江左冠族，又桓氏之甥，素甚陵帝，至是，及其父尚書左仆射愉有自疑誌，並及誅。
桓玄挾持天子逃往江陵，又渡江東下，與劉毅、何無忌、劉道軌等在崢嶸洲相遇，眾軍把他打得大敗。桓玄的黨徒殷仲文擁戴兩位皇後回到建鄴。桓玄重又挾持天子到了江陵，並從那裏逃往南郡，太守王騰之、荊州別駕王康產擁戴天子進入南郡府。

四月戊子，奉武陵王遵爲大將軍，承製，大赦，惟桓玄一祖後不免。桓玄之篡，王謐佐命，手解安帝璽紱。及義旗建，衆謂謐宜誅，惟帝素德謐，保持之。劉毅嚐因朝會，問謐璽紱所在，謐益懼。及王愉父子誅，謐從弟諶謂謐曰：“王駒無罪而誅，此是翦除勝己，兄既桓氏黨附，求免得乎？”駒，愉小字也。謐懼，奔曲阿。帝箋白大將軍迎還，複其位。
起初，益州刺史毛璩派遣侄孫毛佑之和參軍費恬為弟弟送喪離開州城，毛璩弟弟的兒子毛修之當時做桓玄的屯騎校尉，引誘桓玄進入蜀地，到了枚回洲，費恬和毛佑之迎麵用箭射他，益州督護馮遷殺死了桓玄，把人頭送往建鄴。桓玄的侄子桓振逃到華容的湧中，招集逆黨，襲擊江陵城，王騰之、王康產都被殺死。桓謙先前曾藏在沮川，也聚集人馬與桓振呼應。他們為桓玄舉行哀悼，設立了喪庭。桓謙率領眾官員奉獻玉璽給晉安帝。劉毅、何無忌進軍與桓振交戰，在靈溪戰敗。

玄挾天子走江陵，又浮江東下，與劉毅、何無忌、劉道規等遇於崢嶸洲，衆軍大破之。玄黨殷仲文奉晉二皇後還建鄴。玄複挾天子至江陵，因走南郡，太守王騰之、荊州別駕王康産奉天子入南郡府。
十月，武帝兼任青州刺史，可以帶領衛士一百人進入宮殿。

初，益州刺史毛璩遣從孫佑之與參軍費恬送弟喪下州，璩弟子修之時爲玄屯騎校尉，誘玄入蜀，至枚回洲，恬與佑之迎射之，益州督護馮遷斬玄，傳首建鄴。玄從子振逃於華容之湧中，招集逆黨，襲江陵城，騰之、康産皆被殺。桓謙先匿沮川，亦聚衆應振。爲玄舉哀，立喪庭。謙率衆官奉璽綬於安帝。劉毅、何無忌進及桓振戰，敗績於靈溪。
義熙元年(405)正月，劉毅等到達江津，擊敗了桓謙、桓振，江陵平定。三月十三日，晉朝皇帝從江陵來到。十九日，詔令晉升武帝為侍中、車騎將軍、都督中外軍事、錄尚書事。武帝堅持推辭，不久鎮守丹徒。九月二十七日，任命武帝兼做兗州刺史。

十月，帝領青州刺史，甲仗百人入殿。
盧循渡海攻破廣州，俘獲了刺史吳隱之，於是便以盧循為廣州刺史，以他的同黨徐道覆為始興相。

義熙元年正月，毅等至江津，破桓謙、桓振，江陵平。三月甲午，晉帝至自江陵。庚子，詔進帝侍中、車騎將軍、都督中外諸軍、錄尚書事。帝固讓，旋鎮丹徒。九月乙巳，加帝領兗州刺史。
義熙二年三月，晉升武帝督率交、廣二州。十月，評論匡複晉朝的功勳，封武帝為豫章郡公，食邑一萬戶，賜絹一萬疋。其餘的人封賞各有差別。

盧循浮海破廣州，獲刺史吳隱之，即以循爲廣州刺史，以其黨徐道覆爲始興相。
三年十二月，司徒、錄尚書、揚州刺史王謐去世。

二年三月，進帝督交、廣二州。十月，論匡複勳，封帝豫章郡公，邑萬戶，賜絹三萬疋。其餘封賞各有差。
四年正月，征調武帝入朝輔政，授職擔任侍中、車騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史、錄尚書事，徐、兗二州刺史依舊保留。武帝上表解去兗州職務。在這以前，武帝曾經派遣冠軍劉敬宣討伐蜀地的賊寇譙縱，結果沒有成功回來了。九月，武帝因為劉敬宣敗退，請求退位，沒有批準。十月，降級為中軍將軍，開府職位仍然不變。

三年十二月，司徒、錄尚書、揚州刺史王謐薨。
五年二月，偽燕國國主慕容超大肆掠奪淮北。三月，武帝上表請求去北方討伐，讓丹陽尹孟昶監管中軍留府事務。於是渡過淮水進入泗水，五月，到達下邳，留下船隻，軍隊步行前進到了琅笽，所經過的地方，都築城留人守衛。

四年正月，征帝入輔，授侍中、車騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史、錄尚書事，徐、兗二州刺史如故。表解兗州。先是，帝遣冠軍劉敬宣伐蜀賊譙縱，無功而還。九月，帝以敬宣挫退，遜位，不許。十月，乃降爲中軍將軍，開府如故。
慕容超的大將公孫五樓請求占領大峴山，堅壁清野等待對方，慕容超不肯聽從。最初謀劃這次戰役，參加討論的人認為賊軍如果嚴守大峴山，軍中沒有所需物資，自己怎麼能夠返回？武帝說：“並不是這樣。鮮卑人性格貪婪，謀劃事情看不到遠處，既慶幸自己的勝利，又十分愛惜那些穀物，必然會引誘我們，而且會輕率交戰。部隊一入峴山，我們還有什麼擔憂呢？”等到進入了峴山，武帝舉手指著天說：“我們的事情成功了。”眾人詢問其中的緣故，武帝說：“軍隊已經越過險要地形，兵士都有必死的鬥誌，餘糧儲存在田野當中，軍隊沒有缺乏給養的憂慮，勝利是可以斷定的。”

五年二月，僞燕主慕容超大掠淮北。三月，帝抗表北討，以丹陽尹孟昶監中軍留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳，留船，步軍進琅邪，所過築城留守。
六月，慕容超留下老弱兵士守衛廣固，派他手下的廣寧王賀剌盧與公孫五樓全力占據臨朐。離城四十裏有個巨蔑水，慕容超告誡公孫五樓要抓緊占據它。等他趕到，已經受到龍驤將軍孟龍符的保衛，公孫五樓隻得退回。

超大將公孫五樓請斷大峴，堅壁清野以待，超不從。初謀是役，議者以爲賊若嚴守大峴，軍無所資，何能自反？帝曰：“不然。鮮卑性貪，略不及遠，既幸其勝，且愛其穀，必將引我，且亦輕戰。師一入峴，吾何患焉。”及入峴，帝舉手指天曰：“吾事濟矣。”衆問其故，帝曰：“師既過險，士有必死之誌，餘糧棲畝，軍無匱乏之憂，勝可必矣。”
大軍把四千輛兵車分為兩翼，兩車並排慢慢行駛，車前張掛帷幔，禦手拿著長矛，以騎兵為流動軍隊，軍令十分嚴肅。等到達臨朐，賊軍的騎兵一齊來到，武帝命令兗州刺史劉藩、並州刺史劉道憐等攻陷敵軍陣地。太陽偏西的時候，戰鬥仍然十分激烈，武帝利用參軍胡藩的計策，襲擊攻克臨朐，賊軍於是大肆逃奔。慕容超逃回廣固，獲得了他的玉璽、豹尾、轎車等，送到都城。十九日，攻克了廣固的大城，慕容超加固了它的小城。武帝於是設下了很長的包圍圈進行監守，吃住都在青州，停止了長江、淮河的物資轉運。

六月，超留羸老守廣固，使其廣甯王賀刺盧及公孫五樓悉力據臨朐。去城四十裏有巨蔑水，超告五樓急據之。比至，爲龍驤將軍孟龍符所保，五樓乃退。
七月，慕容超的尚書郎張綱去向姚興請求救兵，從長安返回，泰山太守申宣把他捉住押送過來。張綱具有巧妙的構思，先前，武帝製造攻城的器具，城上的人說：“你們得不到張綱，怎麼能製成呢！”等到張綱來到，城內的人無不大驚失色。慕容超既然求救沒有成功，張綱反被俘虜，於是便請求稱臣，割大峴山為界，獻馬一千匹，武帝不答應。

大軍分車四千兩爲二翼，方軌徐行，車張幰，禦者執肖，以騎爲遊軍，軍令嚴肅。比及臨朐，賊騎交至，帝命兗州刺史劉藩、並州刺史劉道憐等陷其陣。日向昃，戰猶酣，帝用參軍胡藩策，襲克臨朐，賊乃大奔。超遁還廣固，獲其玉璽、豹尾、輦等，送於都。丙子，克廣固大城，超固其小城。乃設長圍以守之，館穀於青土，停江、淮轉輸。
當時姚興派遣使者，聲言將要渡過淮水東下，武帝對他說：“你報告姚興，我平定了青州，將要跨過函穀關，他這賊寇若能自己送上門來，現在正是時候。”錄事參軍劉穆之忽然進來說：“這話不足以威脅敵人，也許會激怒他們。如果鮮卑沒有戰勝，西羌又來侵擾，您將怎麼對付？”武帝於是笑著說：“這是軍事機密，不是您所能知道的。西羌如果能夠來救，不會先有聲明，這隻是他們自己在故作強大。”

七月，超尚書郎張綱乞師於姚興，自長安反，泰山太守申宣執送之。綱有巧思，先是，帝修攻具，城上人曰：“汝不得張綱，何能爲也。”及至，升諸樓車以示之，城內莫不失色。超既求救不獲，綱反見虜，乃求稱藩，割大峴爲界，獻馬千匹，不聽。時姚興遣使，聲言將涉淮左，帝謂曰：“爾報姚興，我定青州，將過函穀，虜能自送，今其時矣。”錄事參軍劉穆之遽入曰：“此言不足威敵，容能怒彼。若鮮卑未拔，西羌又至，公何以待之？”帝乃笑曰：“此兵機也，非子所及。羌若能救，不有先聲，是自強也。”
十月，張綱製成了攻城器具，設計了飛樓懸梯、木幔板屋，上麵蓋上牛皮，弓箭就無法奏效了。劉毅派遣上黨太守趙恢率領一千餘人前來援助，武帝夜間暗中派軍隊與他會合。天明後，趙恢的部隊五千人，才上路前進，每當晉朝使者將到的時候，就如此重複一遍。

十月，張綱修攻具成，設飛樓縣梯，木幔板屋，冠以牛皮，弓矢無所用之。劉毅遣上黨太守趙恢以千餘人來援，帝夜潛遣軍會之。明旦，恢衆五千，方道而進，每晉使將到，輒複如之。六年二月丁亥，屠廣固，超踰城走，追獲之，斬於建康市。殺其王公以下，納生口萬餘，馬二千匹。
六年二月初五，攻克了廣固進行屠殺，慕容超越過城牆逃走，結果追上了他，在建康的街市上將他斬首。殺掉了他的王公以下官員，獲得人口一萬多、馬二千匹。

初，帝之北也，徐道覆勸盧循乘虛而出，循不從，道覆乃至番禺說循曰：“今日之機，萬不可失。若克京都，劉公雖還，無能爲也。”循從之。是月，寇南康、廬陵、豫章諸郡，郡守皆奔走。時帝將鎮下邳，進兵河、洛，及征使至，即日班師。鎮南將軍何無忌與道覆戰，敗死於豫章，內外震駭，朝議欲奉乘輿北走。帝次山陽，聞敗，卷甲與數十人造江上征問，知賊尚未至。
起初，武帝進軍北方，徐道覆勸盧循乘虛而出，盧循不聽，徐道覆於是去到番禺說服盧循說：“今天的機會，萬萬不可丟失。如果你攻占了京都，劉公雖然回來，也沒有什麼辦法了。”盧循聽從了他。這月，侵犯南康、盧陵、豫章等郡，郡守都逃走了。當時武帝將要鎮守下邳，進軍到了黃河、洛水，等征調的使者到後，當天就班師還朝了。鎮南將軍何無忌與徐道覆交戰，失敗戰死在豫章，朝內外都很震驚，朝中的議論想擁戴皇上向北逃走。武帝駐軍在山陽，聽說失敗，脫去盔甲與幾十個人一起到江上去調查詢問，知道賊軍還沒有到達。

四月癸未，帝至都。劉毅自表南征，帝以賊新捷鋒銳，須嚴軍偕進，使劉藩止之，毅不從。五月壬午，盧循敗毅於桑落洲。及審帝凱入，相視失色，欲還尋陽，平江陵，據二州以抗朝廷。道覆請乘勝遂下，爭之旬日，乃從。
四月初二，武帝到了京都。劉毅自己上表請求南征，武帝認為賊軍剛剛打了勝仗，氣勢正盛，必須軍容嚴整，共同前進，便讓劉藩製止他，劉毅不聽從。五月的壬午日，盧循在桑落洲打敗了劉毅。等他們得知了武帝勝利進入，個個互相對視，大驚失色，企圖退回尋陽，平定江陵，據守二洲來對抗朝廷。徐道覆請求乘勝繼續前進，爭論了十天，才依從了他的意見。

於時北師始還，傷痍未複，戰士才數千，賊衆十餘萬，舳艫亙千裏。孟昶、諸葛長人懼，欲擁天子過江，帝曰：“今兵士雖少，猶足一戰，若其克濟，臣主同休；如其不然，不複能草間求活，吾計決矣。”初，帝征慕容超，惟孟昶勸行，丙辰，昶乃表天子，引罪，仰藥而死。
這時北國的軍隊剛退回去，創傷沒有恢複，戰士隻有幾千人，而賊軍卻有十幾萬，戰船綿延千裏。孟昶、諸葛長人很恐懼，打算保護天子過江，武帝說：“現在兵士雖然少，還足可以一戰，如果敵寇渡江成功，大臣、君主就會共同滅亡；如果不是這樣，不可能再在草野間求得活命，我的主意已經定了。”起初，武帝征討慕容超，隻有孟昶鼓勵行動，四月初五，孟昶便上表給天子，引罪自責，服藥而死。

時議者欲分兵屯守諸津，帝曰：“賊衆我寡，分其兵則人測虛實，一處失利，則沮三軍之心，若聚衆石頭，則衆力不分。”戊午，帝移鎮石城。乙醜，賊大至，帝曰：“賊若新亭直上，且將避之；若回泊蔡洲，成禽耳。”徐道覆欲自新亭焚舟而戰，循多疑少決，每求萬全，乃泊蔡洲以待軍潰。帝登石頭以望，見之，悅。庚辰，賊設伏於南岸，疑兵向白石。帝率劉毅、諸葛長人北拒焉，留參軍徐赤特戍查浦，戒令勿戰。帝既北，賊焚查浦而至張侯橋，赤特與戰，大敗，賊進屯丹陽郡。帝馳還石頭，斬徐赤特。解甲久之，乃出陣於南塘。七月庚申，循自蔡洲退，將還歸尋陽，帝遣輔國將軍王仲德等追之。使建威將軍孫處自海道襲番禺，戒之曰：“我十二月必破祅寇，卿亦足至番禺，先傾其巢窟也。”
當時的議論者企圖分兵屯守各個渡口，武帝說：“賊眾我寡，分兵以後則會有人探測到虛實，一處失利，就會破壞三軍的心態，如果在石頭城聚集各軍，則各軍的力量不會分散。”四月初七，武帝轉移駐地到石頭城。十四日，賊軍大規模開來，武帝說：“賊軍如果由新亭直上，就暫且回避它；如果回頭停泊在蔡洲，就會被捉住的。”徐道覆打算從新亭燒毀船隻交戰，盧循疑慮多決斷少，常常追求萬全之策，於是便停泊在蔡洲以等待軍隊潰敗。武帝登上石頭城遠望，見到了這種情形，很高興。二十九日，賊軍在南岸設下伏兵，又向白石派出疑兵。武帝率領劉毅、諸葛長人向北出兵抵禦，留下了參軍徐赤特守衛查浦，告誡和命令他們不準交戰。武帝北出以後，賊軍焚燒了查浦而到達張侯橋，徐赤特與他們交戰，大敗，賊軍前進屯駐在丹陽郡。武帝馳馬回到石頭城，斬了徐赤特。解去盔甲很長時間，才在南塘出陣。七月初十，盧循從蔡洲撤退，準備歸回尋陽，武帝派遣輔國將軍王仲德等追擊。讓建威將軍孫處從海道上襲擊番禺，告誡他說：“我在十二月必定擊破妖寇，您也足可以到達番禺，要首先搗毀他的巢穴。”

十月，帝率舟師南伐，使劉毅監太尉留府。是月，徐道覆寇江陵，荊州刺史劉道規大破之，道覆走還湓口。十一月，孫處至番禺，克其城，盧循父嘏奔始興，處撫其人以守。十二月己卯，大軍次大雷。庚辰，賊方江而下，帝躬提幡鼓，命衆軍齊力擊之，軍中多萬鈞神弩，所至莫不摧陷。帝自於中流蹙之，因風水之勢，賊艦悉薄西岸，岸上軍先備火具焚之，大敗。循還尋陽，遂走豫章，悉力柵左裏。丙申，大軍次左裏，將戰，帝麾之，麾竿折，幡沈於水，衆鹹懼，帝笑曰：“昔覆舟之役亦如此，今勝必矣。”攻其柵，循單舸走，衆皆降。師旋，晉帝遣侍中黃門勞師於行所。
十月，武帝率領艦隊南伐，派劉毅監管太尉留府。這月，徐道覆攻擊江陵，荊州刺史劉道軌把他打得大敗，徐道覆逃回湓口。十一月，孫處到了番禺，把城攻破，盧循的父親盧嘏逃奔始興，孫處安撫當地民眾進行守衛。十二月初一，大軍駐紮在大雷。初二，賊軍沿江而下，武帝親自拿著軍旗和戰鼓，命令各路軍隊奮力拚殺，軍中有很多萬鈞神弓，所到之處無不摧毀。武帝自己在中流皺眉觀看，順著風和水的走勢，賊艦全都先靠近西岸，岸上軍士事先已經準備好了火把，將他們全部燒毀，殺得大敗。盧循回到尋陽，接著便逃往豫章，全力在左裏建造柵欄。十八日，大軍駐紮在左裏，即將開戰，武帝揮動令旗，令旗的旗竿折斷，旗子沉入水中，眾人都很恐懼，武帝笑著說：“過去的覆舟戰役也是這樣，今日的勝利是必定無疑的了。”猛攻敵軍的柵欄，盧循單獨乘著一條船逃走，眾官兵都投降了。大軍凱旋，晉安帝派侍中黃門到營地去進行慰勞。

七年正月己未，振旅而歸，改授大將軍、揚州牧，給班劍二十人，本官並如故。固辭。凡南北征伐戰亡者，並列上賻贈，屍喪未反者，遣主帥迎接，致還本土。
義熙七年正月十二日，整頓部隊歸來，改任他為大將軍、揚州牧，贈給他班劍二十人，原來的官職依舊。武帝堅持推辭。凡是南北征討戰死者，全都列出姓名請朝廷贈發錢財治喪，屍體失掉沒有返回的，派遣主帥前去迎接，使歸還本土。

二月，盧循至番禺，爲孫處所破，收餘衆南走。劉藩、孟懷玉斬徐道覆於始興。
二月，盧循到了番禺，被孫處擊敗，收羅剩餘兵眾向南逃走。劉藩、孟懷玉在始興將徐道覆殺死。

自晉中興以來，朝綱弛紊，權門兼並，百姓流離，不得保其産業。桓玄頗欲厘改，竟不能行。帝既作輔，大示軌則，豪強肅然，遠近禁止。至是，會稽餘姚虞亮複藏匿亡命千餘人。帝誅亮，免會稽內史司馬休之。
自從晉朝中興以來，朝廷的綱紀鬆弛紊亂，權貴之門互相兼並，老百姓流離失所，不能保持自己的產業。桓玄很想改變這種狀況，結果沒能實行。武帝做了輔佐大臣以後，大力宣傳規章製度，豪強謹慎規矩，遠近遵法守紀。到現在，會稽餘姚的虞亮又隱藏了逃亡人員一千多人。武帝殺死了虞亮，罷免了會稽內史司馬休之。

晉帝又申前詔，帝固辭。於是改授太尉、中書監，乃受命，奉送黃鉞。
晉安帝重申了以前的授官詔令，武帝堅持推辭。於是改授他為太尉、中書監，他才接受了任命，奉送了黃鉞。

交州刺史杜惠度斬盧循父子，函七首送都。先是，諸州郡所遣秀才、孝廉多非其人，帝乃表申明舊例，策試之。
交州刺史杜惠度殺死了盧循父子，將七個人頭用盒子裝了送到京城。

荊州刺史劉道規疾患，求歸，八年四月，改授豫州刺史，以豫州刺史劉毅代之。毅既有雄才大誌，與帝俱興複晉室，自謂京城、廣陵功足相抗，雖權事推帝，而心不服也。厚自矜許，朝士素望者並多歸之，與尚書仆射謝混、丹陽尹郗僧施並深相結。及鎮江陵，豫州舊府多割以自隨，請僧施爲南蠻校尉。帝知毅終爲異端，心密圖之。毅至西，稱疾篤，表求從弟兗州刺史藩以爲副貳，帝僞許焉。九月，藩入朝，帝命收藩及謝混，並賜死。自表討毅，又假黃鉞，率諸軍西征。以前鎮軍將軍司馬休之爲平西將軍、荊州刺史，兗州刺史道憐鎮丹徒，豫州刺史諸葛長人監太尉留府事，加太尉司馬丹陽尹劉穆之建威將軍，配以實力。壬午，發建鄴，遣參軍王鎮惡、龍驤將軍蒯恩前襲江陵，克之，毅及黨與皆伏誅。
在這以前，各州所送的秀才、孝廉大多名不符實，武帝於是上表申明從前的規定，對他們進行策試。

十一月，帝至江陵，分荊州十郡爲湘州，帝仍進督焉。以西陽太守朱齡石爲益州刺史，使伐蜀。晉帝進帝太傅、揚州牧，加羽葆、鼓吹，班劍二十人。
荊州刺史劉道軌患病，要求回鄉，義熙八年四月，改授豫州刺史，讓豫州刺史劉毅去代替他。劉毅一向具有雄才大誌，與武帝一起興複晉朝，自認為京城、廣陵的功勞足以互相抗衡，雖然暫且推舉武帝，而心中卻不服氣。他非常自傲自誇，朝士中素有威望者多去歸附他，他與尚書仆射謝混、丹陽尹郗僧施都結交很深。等他去鎮守江陵，豫州舊府的下屬許多人都辭職去跟隨他，他奏請讓郗僧施任南蠻校尉。武帝知道劉毅終究是一個異端人物，心裏在秘密算計他。劉毅到了西部，稱言病重，上表請求讓堂弟兗州刺史劉藩作為副手，武帝假裝答應了他。九月，劉藩入朝，武帝命令逮捕劉藩和謝混，一並賜死。自己上表請求討伐劉毅，又借掌黃鉞，率領各路軍隊西征。任命前鎮軍將軍司馬休之為平西將軍、荊州刺史，兗州刺史劉道憐鎮守丹徒，豫州刺史諸葛長人監管太尉留府事務，任命太尉司馬丹陽尹劉穆之為建威將軍，給他配備實際兵力。十五日，從建鄴出發，派遣參軍王鎮惡、龍驤將軍蒯恩前往襲擊江陵，將城攻破，劉毅及其黨羽全部被殺。

九年二月乙醜，帝至自江陵。初，諸葛長人貪淫驕橫，帝每優容之。劉毅既誅，長人謂所親曰：“昔年醢彭越，今年殺韓信，禍其至矣。”將謀作亂。帝克期至都，而每淹留不進。公卿以下，頻日奉候於新亭，長人亦驟出。既而帝輕舟密至，已還東府矣。長人到門，引前，卻人閑語，凡平生言所不盡者，皆與及之，長人甚悅。帝已密命左右丁旿自幔後出，於坐拉焉，死於床側。輿屍付廷尉，並誅其弟黎人。旿驍勇有力，時人語曰，“勿跋扈，付丁旿”。
十一月，武帝到了江陵，分出荊州的十個郡成為湘州，武帝仍舊前往督察。任命西陽太守朱齡石為益州刺史，讓他討伐蜀地，晉安帝晉升武帝為太傅、揚州牧，贈給羽葆、樂隊，儀仗二十人。

先是，山湖川澤皆爲豪強所奪，百姓薪采漁釣，皆責稅直，至是禁斷之。時人居未一，帝上表定製，於是依界土斷，惟徐、兗、青三州居晉陵者不在斷例。諸流寓郡縣，多所並省。以帝領鎮西將軍、豫州刺史。帝固讓太傅、揚州牧及班劍，奉還黃鉞。
九年二月三十日，武帝從江陵到來。起初，諸葛長人貪淫驕橫，武帝常常寬容他。劉毅處死以後，諸葛長人對他的親信說：“從前剁死彭越，今年殺死韓信，災禍就要到了。”準備陰謀作亂。武帝按時到達都城，卻常常停留不進。公卿以下，連日在新亭等候，諸葛長人也忽然出現。隨後武帝乘一隻輕快小船秘密到達，已經回到了東府。諸葛長人到了府門，被叫到麵前，擯退旁人說起閑話，凡是平生所沒有說盡的話，都和他說到了，諸葛長人非常高興。武帝秘密命令身邊的武士丁日午從布幔後出來，從座位上把他拉開，殺死在床邊。用車子拉著他的屍體交給廷尉，並且處死了他的弟弟諸葛黎人。丁日午驍勇有力，當時的人有諺語說：“勿跋扈，會丁日午。”

七月，朱齡石平蜀，斬譙縱，傳首建鄴。
以前，山湖川澤都被豪強所奪取，百姓打柴、采摘、打魚、垂釣，都要強迫交稅，到現在一律禁絕。當時人們的居住很不統一，武帝上表製定了條例，於是都依劃分的土地為準，隻有徐、兗、青三州居住在晉陵的人不在劃分的範圍。各個流民聚集的郡縣，有許多進行了合並。

九月，晉帝以帝平齊、定盧循功，封帝次子義真爲桂陽縣公；並重申前命，授帝太傅、揚州牧，加羽葆、鼓吹，班劍二十人。將吏百僚敦勸，乃受羽葆、鼓吹、班劍，餘固辭。
由武帝兼任鎮西將軍、豫州刺史。武帝堅持辭去太傅、揚州牧和班劍，歸還了黃鉞。

十年，息人簡役，築東府城，起府舍。
七月，朱齡石平定了蜀地，斬了譙縱，把他的人頭傳送到建鄴。

帝以荊州刺史司馬休之宗室之重，又得江、漢人心，疑其有異誌；而休之子譙王文思在都，招聚輕俠，帝執送休之，令自爲其所。休之表廢文思，並與帝書陳謝。
九月，晉安帝因為武帝平齊國、定盧循的功勞，封武帝的次子劉義真為桂陽縣公；並且重申以前的任命，授給武帝太傅、揚州牧的職務，配備葆羽、樂隊，儀仗二十人。將吏百官鼓動勸導，才接受了羽葆、樂隊、儀仗，其餘堅決推辭。

十一年正月，帝收休之子文寶、兄子文祖，並賜死，率衆西討。複假黃鉞，領荊州刺史。以中軍將軍道憐監留府事。休之上表自陳，並罪狀帝。休之府錄事參軍韓延之有幹用才，帝未至江陵，密書招之。延之報書曰：“承親率戎馬，遠履西偏，闔境士庶，莫不惶駭。辱疏，知以譙王前事，良增歎息。司馬平西體國忠貞，款懷待物，以公有匡複之勳，家國蒙賴，推德委誠，每事詢仰。譙王往以微事見劾，猶自表遜位；況以大過而當默邪！來示雲，‘處懷期物，自有由來’。今伐人之君，啖人以利，真可謂‘處懷期物’者矣。劉藩死於閶闔之門，諸葛斃於左右之手，甘言詫方伯，襲之以輕兵，遂使席上靡款懷之士，閫外無自信諸侯，以爲得算，良所恥也。吾雖鄙劣，嚐聞道於君子，以平西之至德，寧可無授命之臣乎？假天長喪亂，九流渾濁，當與臧洪遊於地下。不複多雲。”帝視書歎息，以示將佐曰：“事人當如此。”
義熙十年，精簡勞役，讓人民得到休息，建築東府城，修建府衙房舍。

三月，軍次江陵。初，雍州刺史魯宗之負力好亂，且慮不爲帝容，常爲讖曰：“魚登日，輔帝室。”與休之相結。至是，率其子竟陵太守軌會於江陵。帝濟江，休之衆潰，與軌等奔襄陽，江陵平。加領南蠻校尉。將拜南蠻，遇四廢日，佐史鄭鮮之等白遷日，不許。下書開寬大之恩。四月，進軍襄陽，休之等奔姚興。晉帝複申前令，授太傅、揚州牧，劍履上殿，入朝不趨，讚拜不名，加前部羽葆、鼓吹，置左右長史、司馬、從事中郎四人，封第三子義隆爲北彭城縣公。八月甲子，帝至自江陵，奉還黃鉞，固辭太傅、州牧、前部羽葆、鼓吹，其餘受命。
武帝看到荊州刺史司馬休之宗室繁盛，又很得長江、漢水一帶人心，懷疑他存有異誌；而司馬休之的兒子司馬文思住在京城，招聚輕捷俠客，武帝把他抓住送交給司馬休之，讓他自己去處理。司馬休之上表請求廢除司馬文思的爵位，並且給武帝寫信致謝。

十二年正月，晉帝詔帝依舊辟士，加領平北將軍、兗州刺史，增督南秦，凡二十二州。帝以平北文武寡少，不宜別置，於是罷平北府，以並大府。三月，加帝中外大都督。
義熙十一年(415)正月，武帝逮捕了司馬休之的兒子司馬文寶、他哥哥的兒子司馬文祖，一並賜命自殺。率領大軍西出討伐。重新借掌黃鉞，兼任荊州刺史。派中軍將軍劉道憐監管留府的事務。司馬休之上表自我剖白，並列舉武帝罪狀。司馬休之幕府中的錄事參軍韓延之有大用之才，武帝還沒到江陵，就秘密寫信招他。韓延之回信說：“承蒙親自率領兵馬，遠赴西部地區，全境內的士子平民，無不惶恐驚駭。蒙您來信，知道是因為譙王以前的事，更增添了歎息。司馬平西忠於國家，寬宏待人，因為您有匡複晉朝的功勳，是國家依賴的人物，推讚您的德行，向您敬獻誠意，常常進行詢問請教。譙王因為一點小事被彈劾，仍然自己上表辭位；何況有了大錯會緘默不語麼！來信說，‘懷抱虛靜，期待賢才，由來已久’。現在攻打別人的君長，而以私利引誘別人，真可以說是‘懷抱虛靜，期待賢才’了呀。劉藩死在宮殿門前，諸葛亡於嘍羅之手，甜言蜜語使州官們驚詫，突然襲擊又開來輕兵，於是使得客席上沒有誠心的士人，外地區沒有自信的諸侯，自以為是得意算盤，實在是一種恥辱。我雖然粗鄙拙劣，但是卻曾經聽君子講過人生道義。以平西將軍的高尚品德，難道會沒有能夠授官的臣子麼？借著天下喪亂，九流渾濁，應當與臧洪在地下共同遊玩。不再多說。”武帝看信後深深歎息，拿它來給將士們看說：“追隨別人就應當是這樣。”

初，帝平齊，仍有定關、洛意，遇盧循侵逼，故寢。及荊、雍平，乃謀外略。會姚興死，子泓新立，兄弟相殺，關中擾亂。四月乙醜，帝表伐關、洛，乃戒嚴北討，加領征西將軍、司豫二州刺史。以世子爲徐、兗二州刺史。帝欲以義聲懷遠，奉琅邪王北伐。五月，廬江霍山崩，獲六鍾，獻之天子。癸巳，加領北雍州刺史，前後部羽葆、鼓吹，增班劍爲四十人。八月丁巳，率大衆進發，以世子爲中軍將軍，監太尉留府事，尚書右仆射劉穆之爲左仆射，領監軍、中軍二府軍司，入居東府，總攝內外。九月，帝至彭城，加領北徐州刺史。十月，衆軍至洛，圍金墉，降之。修複晉五陵，置守衛。
三月，軍隊駐紮在江陵。起初，雍州刺史魯宗之依仗氣力喜好亂為，而且顧慮不為武帝所容，常常念叨讖語說：“魚登日，輔帝室。”與司馬休之互相串通。到了現在，率領他的兒子竟陵太守魯軌會聚在江陵。武帝渡過長江，司馬休之的軍隊潰敗，與魯軌等人逃奔襄陽，江陵平定。武帝兼任南蠻校尉。將授南蠻官銜時，正遇上四廢日，下屬官員鄭鮮之等人建議改換一個日子，武帝沒有答應。下令開恩實行寬大政策。

十二月壬申，晉帝加帝位相國、總百揆、揚州牧，封十郡爲宋公，備九錫之禮，加璽紱、遠遊冠、綠綟綬，位在諸侯王上。策曰：
四月，進軍襄陽，司馬休之等人逃奔姚興。晉安帝重申先前的命令，授職武帝擔任太傅、揚州牧，可以帶劍穿履朝見皇帝，入朝不須趨步，讚拜不須報名，加贈前部羽葆、樂隊，設置左右長史、司馬、從事中郎四人，封第三子劉義隆為北彭城縣公。八月十三日，武帝從江陵返回，奉還黃鉞，堅決推辭太傅、州牧、前部羽葆、樂隊，其餘的接受了任命。

朕以寡昧，仰纘洪基，夷羿乘釁，蕩覆王室，越在南鄙，遷於九江。宗祀絕饗，人神無位，提挈群凶，寄命江浦，則我祖宗之烈，奄墜於地，七百之祚，翦焉既傾，若涉巨海，罔知攸濟。天未絕晉，誕育英輔，振厥弛維，再造區宇，興亡繼絕，俾昏作明，元勳至德，朕實攸賴。
義熙十二年正月，晉安帝詔令武帝依舊征召士人，兼任平北將軍、兗州刺史，加上督率南秦，共二十二州。武帝因為平北府中文武人才缺乏，不適合另外設置，於是撤銷了平北府，把它並入大府。三月，任命武帝為中外大都督。

今將授公典策，其敬聽朕命：乃者，桓玄肆僭，滔天泯夏，拔本塞源，顛蹶六位，庶僚俛眉，四方莫恤。公精貫朝日，氣陵虹蜺，奮其靈武，大殲群慝，克複皇邑，奉歆神隻。此公之大節始於勤王者也。授律群後，泝流長騖，薄伐崢嶸，獻捷南郢，大憝折首，群逆畢夷，三光旋采，舊物反正。此又公之功也。出藩入輔，弘茲保弼，阜財利用，繁殖黎元，編戶歲滋，疆宇日啓，導德明刑，四境有截。此又公之功也。鮮卑負衆，僭盜三齊，介恃遐阻，仍爲邊害，公搜乘秣馬，敻入遠疆，衝櫓四臨，萬雉俱潰，拓土三千，申威龍漠。此又公之功也。盧循祅凶，伺隙五嶺，侵覆江、豫，矢及王城，國議遷都之規，家獻徙卜之計，公乘轅南濟，義形於色，運奇攄略，英謨不世，狡寇窮衄，喪旗宵遁，俾我畿甸，拯於將墜。此又公之功也。追奔逐北，揚旍江濆，偏旅浮海，指日遄至，番禺之功，俘級萬數，左裏之捷，鳥散魚潰，元凶遠竄，傳首萬裏。此又公之功也。劉毅叛換，負釁西夏，陵上罔主，誌肆奸暴，公禦軌以刑，消之不日，罪人斯得，荊、衡甯晏。此又公之功也。譙縱怙亂，寇竊一隅，王化阻閡，三巴淪溺，公指命偏帥，授以良圖，陵波憑湍，致屆井絡，僭豎伏鑕，梁、岷草偃。此又公之功也。馬休、魯宗，阻兵內侮，驅率二方，連旗稱亂，公投袂星言，研其上略，江津之師，勢踰風電，回旆沔川，實繁震懾，二叛奔迸，荊、雍來蘇。此又公之功也。永嘉不競，四夷擅華，五都傾蕩，山陵幽辱，祖宗懷沒世之憤，遺甿有匪風之思，公遠齊阿衡納隍之仁，近同小白滅亡之恥，鞠旅陳師，赫然大號，分命群帥，北徇司、兗，許、鄭風靡，鞏、洛載清，百年榛穢，一朝掃滌。此又公之功也。
起初，武帝掃平了齊國入侵，仍然有平定關中、洛陽的意思，遇上盧循侵襲逼迫，所以放下了。等到荊州、雍州平定，於是開始謀劃外部策略。正趕上姚興死去，他的兒子姚泓剛剛繼任，兄弟互相殺戮，關中混亂。四月十八日，武帝上表討伐關中、洛陽，便戒嚴討伐北方，命令他兼任征西將軍、司豫二州刺史。任命他的世子為徐、兗二州刺史。武帝希望以自己的聲望懷柔遠方，接受了琅邪王的封號北伐。五月，廬江的霍山崩裂，獲得了六口鍾，獻給了天子。十七日，加職兼任北雍州刺史，前後部羽葆、樂隊，增加班劍為四十人。八月十二日，率領大軍進發，以世子為中軍將軍，監管太尉留府事務，尚書右仆射劉穆之為左仆射，兼任監軍、中軍二府的軍司，住進東府，總管內外一切事務。九月，武帝到了彭城，加職兼任北徐州刺史。十月，各軍到達洛陽，包圍了金墉，迫使他們投降。修複了晉朝皇家的五陵，設置了守衛。

公有康宇內之勳，重之以明德。爰初發跡，則奇謨冠古，電擊強祅，則鋒無前對，聿寧東畿，大造黔首。若乃草昧經綸，化融於歲計，扶危靜亂，道固於苞桑。蠲削煩苛，較若畫一，淳風美化，盈塞區宇。是以絕域獻琛，遐夷納贐，王略所宣，九服率從。雖文命之東漸西被，咎繇之邁於種德，何以尚茲。朕聞先王之宰世也，庸勳尊賢，建侯胙土，褒以寵章，崇其徽物，所以協輔皇室，永隆藩屏。故曲阜光啓，遂荒徐宅，營丘表海，四履有聞。其在襄王，亦賴匡霸，又命晉文，備物光賜。惟公道冠前烈，勳高振古，而殊典未飾，朕甚懵焉！今進授相國，以徐州之彭城沛蘭陵下邳淮陽山陽廣陵、兗州之高平魯泰山十郡封公爲宋公，錫茲玄土，苴以白茅，爰定爾居，用建塚社。昔晉、鄭啓藩，入作卿士，周、召保傅，出總二南，內外之任，公實兼之。今命使持節、兼太尉、尚書左仆射晉寧縣五等男湛授相國印綬，宋公璽紱，使持節、兼司空、散騎常侍、尚書陽遂鄉侯泰授宋公茅土，金虎符第一至第五左，竹使符第一至第十左。相國位無不總，禮絕朝班，居常之名，宜與事革。其以相國總百揆，去錄尚書之號；上送所假節、侍中貂蟬、中外都督太傅太尉印綬、豫章公印策；進揚州刺史爲牧，領征西將軍、司豫北徐雍四州刺史如故。
十二月二十九日，晉安帝加任武帝為相國、總百揆、揚州牧，封賞十郡為宋公，具備九錫之禮，賜給玉璽、遠遊冠、綠綬帶，地位在諸侯王之上。

公紀綱禮度，萬國是式，乘介蹈方，罔有遷誌，是用錫公大路、戎路各一，玄牡二駟；公抑末敦本，務農重積，采蘩實殷，稼穡惟阜，是用錫公袞冕之服，赤舄副焉；公閑邪納正，移風改俗，陶鈞品物，如樂之和，是用錫公軒縣之樂、六佾之舞；公宣美王化，導揚休風，華夷企踵，遠人胥萃，是用錫公朱戶以居；公官方任能，網羅幽滯，九臯辭野，髦士盈朝，是用錫公納陛以登；公當軸處中，率下以義，式遏寇讎，滌除苛慝，是用錫公虎賁之士三百人；公明罰恤刑，庶獄詳允，放命幹紀，罔有攸縱，是用錫公鈇鉞各一；公龍驤鳳矯，咫尺八紘，括囊四海，折衝無外，是用錫公彤弓一、彤矢百，玈弓十、玈矢千；公溫恭孝思，致虔禋祀，忠肅之誌，儀刑四方，是用錫公秬鬯一卣，圭瓚副焉。宋國置丞相以下，一遵舊儀。欽哉，其祗服往命，茂對天休，簡恤庶邦，敬敷顯德，以終我高祖之嘉命！置宋國侍中、黃門侍郎、尚書左丞，即隨大使奉迎。枹罕虜乞伏熾盤遣使謁帝，求效力討姚泓，拜爲平西將軍、