先是崇煥在寧遠專主款。六年十月。遣喇嘛僧鎦南木座等往大清軍中唁，問意欲議和。僧回，上詔曰：喇嘛請勸之書詐也。宜整以備之。無為遜言所愚。七年二月，崇煥奏敵使恭順求款。上亦謂誠偽未可信。七月。崇煥以主偵敵之說，物議紛紛。遂以病乞歸。故和議未就。及思宗元年七月癸酉，召崇煥於平台，慰勞甚至。問邊關何日可定？

崇煥應曰臣請五年為陛下肅清邊陲。上曰：五年滅敵，朕不吝封侯之賞。時四輔臣錢龍錫等侍立。俱奏曰：崇煥肝膽、意氣、識見、方略，種種可嘉，真奇男子也。上悅。賜茶果瓜餅而退，煥出，朝臣問五年之期，當有定算否？煥曰：上期望甚迫，故以五年慰聖心。識者曰：主上英明，後且按期責效，崇煥不旋踵矣。時期議憂毛文龍難馭，大學士錢龍錫，過崇煥語及之，遂定計出，癸未賜崇煥尚方劍。先是降將李永芳，獻策於大清主曰：兵入中國，恐文龍截後，須通書崇煥，使殺文龍，佯許還遼。大清主從之。崇煥答書密允，複以告病回籍，乃寢。至是，再任，思殺文龍，則遼可得。因奏減島糧兵變可圖，遂減八萬，止解二萬八千，後竟不解。時屯田主事徐爾一在籍歎曰：遼左興師十載，任東事者，如經略楊鎬則喪師，袁應泰則陷城，熊廷弼則敗逃，巡撫王化貞則失機，總兵劉綎則陣亡，馬林則挫鋒，其餘不可勝述，而投降者，亦不知幾許，未有如毛師開鎮九年，護持兩國，複城獻俘者，而廟堂諸臣，反生異議，裁減軍餉，軍餉一減，則將士灰心矣。遂上疏，竟不省。