《醫學源流論》是清代徐大椿編撰的醫學論文集。
《醫學源流論》共收集評論文章九十九篇。上卷為經絡臟腑、脈、病、方藥，下卷則治法、書論（並各科）、古今。縱橫捭闔，觸及之處，每有新見，發前人之未發，言常人所不敢言，尤針砭時弊甚多，論述道理深湛。
此書頗多先進之論，例如作“治人必考其驗否論”，指斥“今之醫者，事事反此，惟記方數首，擇時尚之藥數種，不論何病何症，總以此塞責，他認為，“若醫者能以此法(效驗)自考，必成良醫；病家以此法考醫者，必不為庸醫之所誤。 ”是頗具‘實踐檢驗”為標準之義。種人痘法本非傳統，當時推行尚多阻力，徐氏卻具真知灼見，指出有“九善”(九大好處)，作不遺餘力之提倡。