元皇帝諱睿，字景文，宣帝曾孫，琅邪恭王覲之子也。鹹寧二年生於洛陽，有神光之異，一室盡明，所藉槁如始刈。及長，白豪生於日角之左，隆準龍顏，目有精曜，顧眄煒如也。年十五，嗣位琅邪王。幼有令聞。及惠皇之際，王室多故，帝每恭儉退讓，以免於禍。沈敏有度量，不顯灼然之跡，故時人未之識焉。惟侍中嵇紹異之，謂人曰：“琅邪王毛骨非常，殆非人臣之相也。”元康二年，拜員外散騎常侍。累遷左將軍，從討成都王穎。蕩陰之敗也，叔父東安王繇為穎所害。帝懼禍及，將出奔。其夜月正明，而禁衛嚴警，帝無由得去，甚窘迫。有頃，雲霧晦冥，雷雨暴至，徼者皆馳，因得潛出。穎先令諸關無得出貴人，帝既至河陽，為津吏所止。從者宋典後來，以策鞭帝馬而笑曰：“舍長！官禁貴人，汝亦被拘邪！”吏乃聽過。至洛陽，迎太妃俱歸國。東海王越之收兵下邳也，假帝輔國將軍。尋加平東將軍、監徐州諸軍事，鎮下邳。俄遷安東將軍、都督揚州諸軍事。越西迎大駕，留帝居守。永嘉初，用王導計，始鎮建鄴，以顧榮為軍司馬，賀循為參佐，王敦、王導、周顗、刁協並為腹心股肱，賓禮名賢，存問風俗，江東歸心焉。屬太妃薨於國，自表奔喪，葬畢，還鎮，增封宣城郡二萬戶，加鎮東大將軍、開府儀同三司。受越命，討征東將軍周馥，走之。及懷帝蒙塵於平陽，司空荀籓等移檄天下，推帝為盟主。江州刺史華軼不從，使豫章內史周廣、前江州刺史衛展討禽之。湣帝即位，加左丞相。歲餘，進位丞相、大都督中外諸軍事。遣諸將分定江東，斬叛者孫弼於宣城，平杜弢於湘州，承製赦荊揚。及西都不守，帝出師露次，躬擐甲胄，移檄四方，征天下之兵，克日進討。於時有玉冊見於臨安，白玉麒麟神璽出於江寧，其文曰“長壽萬年”，日有重暈，皆以為中興之象焉。
建武元年春二月辛巳，平東將軍宋哲至，宣湣帝詔曰：“遭運迍否，皇綱不振。朕以寡德，奉承洪緒，不能祈天永命，紹隆中興，至使凶胡敢帥犬羊，逼迫京輦。朕今幽塞窮城，憂慮萬端，恐一旦崩潰。卿指詔丞相，具宣朕意，使攝萬機，時據舊都，修複陵廟，以雪大恥。”三月，帝素服出次，舉哀三日。西陽王羕及群僚參佐、州征牧守等上尊號，帝不許。羕等以死固請，至於再三。帝慨然流涕曰：“孤，罪人也，惟有蹈節死義，以雪天下之恥，庶贖鈇鉞之誅。吾本琅邪王，諸賢見逼不已！”乃呼私奴命駕，將反國。群臣乃不敢逼，請依魏晉故事為晉王，許之。辛卯，即王位，大赦，改元。其殺祖父母、父母，及劉聰、石勒，不從此令。諸參軍拜奉車都尉，掾屬駙馬都尉。辟掾屬百餘人，時人謂之“百六掾”。乃備百官，立宗廟社稷於建康。時四方競上符瑞，帝曰：“孤負四海之責，未能思愆，何徵祥之有？”丙辰，立世子紹為晉王太子。以撫軍大將軍、西陽王羕為太保，征南大將軍、漢安侯王敦為大將軍，右將軍王導都督中外諸軍事、驃騎將軍，左長史刁協為尚書左仆射。封王子宣城公裒琅邪王。六月丙寅，司空、並州刺史、廣武侯劉琨，幽州刺史、左賢王、渤海公段匹磾，領護烏丸校尉、鎮北將軍劉翰，單於、廣寧公段辰，遼西公段眷，冀州刺史、祝阿子劭續，青州刺史、廣饒侯曹嶷，兗州刺史、定襄侯劉演，東夷校尉崔毖，鮮卑大都督慕容廆等一百八十人上書勸進，曰：
臣聞天生蒸民，樹之以君，所以對越天地，司牧黎元。聖帝明王監其若此，知天地不可以乏饗，故屈其身以奉之；知蒸黎不可以無主，故不得已而臨之。社稷時難，則戚籓定其傾；郊廟或替，則宗哲纂其祀。是以弘振遐風，式固萬世，三五以降，靡不由之。伏惟高祖宣皇帝肇基景命，世祖武皇帝遂造區夏，三葉重光，四聖繼軌，惠澤侔於有虞，卜世過於周氏。自元康以來，艱難繁興，永嘉之際，氛厲彌昏，宸極失禦，登遐醜裔，國家之危，有若綴旒。賴先後之德、宗廟之靈，皇帝嗣建，舊物克甄。誕授欽明，服膺聰哲，玉質幼彰，金聲夙振。塚宰攝其綱，百辟輔其政，四海想中興之美，群生懷來蘇之望。不圖天不悔禍，大災薦臻，國未忘難，寇害尋興。逆胡劉曜，縱逸西都，敢肆犬羊，陵虐天邑。臣奉表使還，乃承西朝以去年十一月不守，主上幽劫，複沈虜庭，神器流離，再辱荒逆。臣每覽史籍，觀之前載，厄運之極，古今未有。苟在食土之毛，含血之類，莫不叩心絕氣，行號巷哭。況臣等荷寵三世，位廁鼎司，聞問震惶，精爽飛越，且驚且惋，五情無主，舉哀朔垂，上下泣血。
臣聞昏明迭用，否泰相濟，天命無改，曆數有歸。或多難以固邦國，或殷憂以啟聖明。是以齊有無知之禍，而小白為五伯之長；晉有麗姬之難，而重耳以主諸侯之盟。社稷靡安，必將有以扶其危；黔首幾絕，必將有以繼其緒。伏惟陛下，玄德通於神明，聖姿合於兩儀，應命世之期，紹千載之運。符瑞之表，天人有征；中興之兆，圖讖垂典。自京畿隕喪，九服崩離，天下囂然，無所歸懷，雖有夏之遘夷羿，宗姬之離犬戎，蔑以過之。陛下撫征江左，奄有舊吳，柔服以德，伐叛以刑，抗明威以攝不類，杖大順以號宇內。純化既敷，則率土宅心；義風既暢，則遐方企踵。百揆時敘於上，四門穆穆於下。昔少康之隆，夏訓以為美談；宣王中興，周詩以為休詠。況茂勳格於皇天，清暉光於四海，蒼生顒然，莫不欣戴，聲教所加，願為臣妾者哉！且宣皇之胤，惟有陛下，億兆攸歸，曾無與二。天祚大晉，必將有主，主晉祀者，非陛下而誰！是以邇無異言，遠無異望，謳歌者無不吟諷徽猷，獄訟者無不思於聖德。天地之際既交，華夷之情允洽。一角之獸，連理之木，以為休征者，蓋有百數。冠帶之倫，要荒之眾，不謀同辭者，動以萬計。是以臣等敢考天地之心，因函夏之趣，昧死上尊號。願陛下存舜禹至公之情，狹由巢抗矯之節；以社稷為務，不以小行為先；以黔首為憂，不以克讓為事；上尉宗廟乃顧之懷，下釋普天傾首之勤。則所謂生繁華於枯荑，育豐肌於朽骨，神人獲安，無不幸甚。
臣聞尊位不可久虛，萬機不可久曠。虛之一日，則尊位以殆；曠之浹辰，則萬機以亂。方今踵百王之季，當陽九之會，狡寇窺窬，伺國瑕隙，黎元波蕩，無所係心，安可廢而不恤哉？陛下雖欲逡巡，其若宗廟何？其若百姓何？昔者惠公虜秦，晉國震駭，呂去阝之謀，欲立子圉，外以絕敵人之誌，內以固闔境之情。故曰“喪君有君，群臣輯睦，好我者勸，惡我者懼。”前事之不忘，後代之元龜也。陛下明並日月，無幽不燭，深謀遠猷，出自胸懷。不勝犬馬憂國之情，遲睹人神開泰之路，是以陳其乃誠，布之執事。臣等忝於方任，久在遐外，不得陪列闕庭，與睹盛禮，踴躍之懷，南望罔極。
帝優令答之。語在琨傳。
石勒將石季龍圍譙城，平西將軍祖逖擊走之。己巳，帝傅檄天下曰：“逆賊石勒，肆虐河朔，逋誅曆載，遊魂縱逸。複遣凶黨石季龍犬羊之眾，越河南渡，縱其鴆毒。平西將軍祖逖帥眾討擊，應時潰散。今遣車騎將軍，琅邪王裒等九軍，銳卒三萬，水陸四道，逕造賊場，受逖節度。有能梟季龍首者。賞絹三千匹，金五十斤，封縣侯，食邑二千戶。又賊黨能梟送季龍首，封賞亦同之。”七月，散騎侍郎硃嵩、尚書郎顧球卒，帝痛之，將為舉哀。有司奏，舊尚書郎不在舉哀之例。帝曰：“衰亂之弊，特相痛悼。”於是遂舉哀，哭之甚慟。丁未，梁王悝薨。以太尉荀組為司徒。弛山澤之禁。八月甲午，封梁王世子翹為梁王。荊州刺史第五猗為賊帥杜曾所推，遂與曾同反。九月戊寅，王敦使武昌太守趙誘、襄陽太守硃軌、陵江將軍黃峻討猗，為其將杜曾所敗，誘等皆死之。石勒害京兆太守華諝。梁州刺史周訪討杜曾，大破之。十月丁未，琅邪王裒薨。十一月甲子，封汝南王子弼為新蔡王。丁卯，以司空劉琨為太尉。置史官，立太學。是歲，揚州大旱。
太興元年春正月戊申朔，臨朝，懸而不樂。三月癸醜，湣帝崩問至，帝斬縗居廬。丙辰，百僚上尊號。令曰：“孤以不德，當厄運之極，臣節未立，匡救未舉，夙夜所以忘寢食也。今宗廟廢絕，億兆無係，群官庶尹，鹹勉之以大政，亦何敢辭，輒敬從所執。”是日，即皇帝位。詔曰：“昔我高祖宣皇帝，誕應期運，廓開王基。景、文皇帝，奕世重光，緝熙諸夏。爰暨世祖，應天順時，受茲明命。功格天地，仁濟宇宙。昊天不融，降此鞠凶，懷帝短世，越去王都。天禍薦臻，大行皇帝崩殂，社稷無奉。肆群後三司六事之人，疇谘庶尹，至於華戎，致葺大命於朕躬。予一人畏天之威，用弗敢違。遂登壇南獄，受終文祖，焚柴頒瑞，告類上帝。惟朕寡德，纘我洪緒，若涉大川，罔知攸濟。惟爾股肱爪牙之佐，文武熊羆之臣，用能弼寧晉室，輔餘一人。思與萬國，共同休慶。”於是大赦，改元，文武增位二等。庚午，立王太子紹為皇太子。壬申，詔曰：“昔之為政者，動人以行不以言，應天以實不以文，故我清靜而人自正。其次聽言觀行，明試以功。其有政績可述，刑獄得中，人無怨訟，久而日新，及當官軟弱，茹柔吐剛，行身穢濁，修飾時譽者，各以名聞。令在事之人，仰鑒前烈，同心戮力，深思所以寬眾息役，惠益百姓，無廢朕命。遠近禮贄，一切斷之。”夏四月丁醜朔，日有食之。加大將軍王敦江州牧，進驃騎將軍王導開府儀同三司。戊寅，初禁招魂葬。乙酉，西平地震。五月癸醜，使持節、侍中、都督、太尉、並州刺史、廣武侯劉琨為段匹磾所害。六月，旱，帝親雩。改丹陽內史為丹陽尹。甲申，以尚書左仆射刁協為尚書令，平南將軍、曲陵公荀崧為尚書左仆射。庚寅，以滎陽太守李矩為都督司州諸軍事、司州刺史。戊戌，封皇子晞為武陵王。初置諫鼓謗木。秋七月戊申，詔曰：“王室多故，奸凶肆暴，皇綱馳墜，顛覆大猷。朕以不德，統承洪緒，夙夜憂危，思改其弊。二千石令長當祗奉舊憲，正身明法，抑齊豪強，存恤孤獨，隱實戶口，勸課農桑。州牧刺史當互相檢察，不得顧私虧公。長吏有誌在奉公而不見進用者，有貪惏穢濁而以財勢自安者，若有不舉，當受故縱蔽善之罪，有而不知，當受暗塞之責。各明慎奉行。”劉聰死，其子粲嗣偽位。八月，冀、徐、青三州蝗。靳準弑劉粲，自號漢王。冬十月癸未，加廣州刺史陶侃平南將軍。劉曜僭即皇帝位於赤壁。十一月乙卯，日夜出，高三丈，中有赤青珥。新蔡王弼薨。加大將軍王敦荊州牧。庚申，詔曰：“朕以寡德，纂承洪緒，上不能調和陰陽，下不能濟育群生，災異屢興，咎徵仍見。壬子、乙卯，雷震暴雨，蓋天災譴戒，所以彰朕之不德也。群公卿士，其各上封事，具陳得失，無有所諱，將親覽焉。”新作聽訟觀。故歸命侯孫皓子璠謀反，伏誅。十二月，劉聰故將王騰、馬忠等誅靳準，送傳國璽於劉曜。武昌地震。丁醜，封顯義亭侯煥為琅邪王。己卯，琅邪王煥薨。癸巳，詔曰：“漢高經大梁，美無忌之賢；齊師入魯，修柳下惠之墓。其吳之高德名賢或未旌錄者，具條列以聞。”江東三郡饑，遣使振給之。彭城內史周撫殺沛國內史周默以反。
二年春正月丁卯，崇陽陵毀，帝素服哭三日；使冠軍將軍梁堪、守太常馬龜等修複山陵。迎梓宮於平陽，不克而還。二月，太山太守徐龕斬周撫，傳首京師。夏四月，龍驤將軍陳川以浚儀叛。降於石勒。太山太守徐龕以郡叛，自號兗州刺史，寇濟岱。秦州刺史陳安叛，降於劉曜。五月癸醜，太陽陵毀，帝素服哭三日。徐楊及江西諸郡蝗。吳郡大饑。平北將軍祖逖及石勒將石季龍戰於浚儀，王師敗績。壬戌，詔曰：“天下凋弊，加以災荒，百姓困窮，國用並匱，吳郡饑人死者百數。天生蒸黎而樹之以君，選建明哲以左右之，當深思以救其弊。昔吳起為楚悼王明法審令，捐不急之官，除廢公族疏遠，以附益將士，而國富兵強。況今日之弊，百姓凋困邪！且當去非急之務，非軍事所須者皆省之。”甲子，梁州刺史訪及杜曾戰於武當，斬之，禽第五猗。六月丙子，加周訪安南將軍。罷禦府及諸郡丞，置博士員五人。己亥，加太常賀循開府儀同三司。秋七月乙醜，太常賀循卒。八月，肅慎獻楛矢石砮。徐龕寇東莞，遣太子左衛率羊鑒行征虜將軍，統徐州刺史蔡豹討之。冬十月，平北將軍祖逖使督護陳超襲石勒將桃豹，超敗，沒於陣。十一月戊寅，石勒僭即王位，國號趙。十二月乙亥，大赦，詔百官各上封事，並省眾役。鮮卑慕容廆襲遼東，東夷校尉、平州刺史崔毖奔高句驪。是歲，南陽王保稱晉王於祁山。三吳大饑。
三年春正月丁酉朔，晉王保為劉曜所逼，遷於桑城。二月辛未，石勒將石季龍寇厭次，平北將軍、冀州刺史邵續擊之，續敗，沒於陣。三月，慕容廆奉送玉璽三紐。閏月，以尚書周顗為尚書仆射。夏四月壬辰，枉矢流於翼軫。五月丙寅，孝懷帝太子詮遇害於平陽，帝三日哭。庚寅，地震。是月，晉王保為其將張春所害。劉曜使陳安攻春，滅之，安因叛曜。石勒將徐龕帥眾來降。六月，大水。丁酉，盜殺西中郎將、護羌校尉、涼州刺史、西平公張寔，寔弟茂嗣，領平西將軍、涼州刺史。秋七月丁亥，詔曰：“先公武王、先考恭王臨君琅邪四十餘年，惠澤加於百姓，遺愛結於人情。朕應天符，創基江表，兆庶宅心，繈負子來。琅邪國人在此者近有千戶，今立為懷德縣，統丹陽郡。昔漢高祖以沛為湯沐邑，光武亦複南頓，優複之科一依漢氏故事。”祖逖部將衛策大破石勒別軍於汴水。加逖為鎮西將軍。八月戊午，尊敬王後虞氏為敬皇後。辛酉，遷神主於太廟。辛未，梁州刺史、安南將軍周訪卒。皇太子釋奠於太學。以湘州刺史甘卓為安南將軍、梁州刺史。九月，徐龕又叛，降於石勒。冬十月丙辰，徐州刺史蔡豹以畏懦伏誅。王敦殺武陵內史向碩。
四年春二月，徐龕又帥眾來降。鮮卑末波奉送皇帝信璽。庚戌，告於太廟，乃受之。癸亥，日鬥。三月，置周易、儀禮、公羊博士。癸酉，以平東將軍曹嶷為安東將軍。夏四月辛亥，帝親覽庶獄。石勒攻厭次，陷之。撫軍將軍、幽州刺史段匹磾沒於勒。五月，旱。庚申，詔曰：“昔漢二祖及魏武皆免良人，武帝時，涼州覆敗，諸為奴婢亦皆複籍，此累代成規也。其免中州良人遭難為揚州諸郡僮客者，以備征役。”秋七月，大水。甲戌，以尚書戴若思為征西將軍、都督司兗豫並冀雍六州諸軍事、司州刺史，鎮合肥；丹陽尹劉隗為鎮北將軍、都督青徐幽平四州諸軍事、青州刺史，鎮淮陰。壬千，以驃騎將軍王導為司空。八月，常山崩。九月壬寅，鎮西將軍、豫州刺史祖逖卒。冬十月壬午，以逖弟侍中約為平西將軍、豫州刺史。十二月，以慕容廆為持節、都督幽平二州東夷諸軍事、平州牧，封遼東郡公。
永昌元年正月乙卯，大赦，改元。戊辰，大將軍王敦舉兵於武昌，以誅劉隗為名，龍驤將軍沈充帥眾應之。三月，徵征西將軍戴若思、鎮北將軍劉隗還衛京都。以司空王導為前鋒大都督，以戴若思為驃騎將軍，丹陽諸郡皆加軍號。加仆射周顗尚書左仆射，領軍王邃尚書右仆射。以太子右衛率周筵行冠軍將軍，統兵三千討沈充。甲午，封皇子昱為琅邪王。劉隗軍於金城，右將軍周劄守石頭，帝親被甲徇六師於郊外。遣平南將軍陶侃領江州，安南將軍甘卓領荊州，各帥所統以躡敦後。四月，敦前鋒攻石頭，周劄開城門應之，奮威將軍侯禮死之。敦據石頭，戴若思、劉隗帥眾攻之，王導、周顗、郭逸、虞潭等三道出戰，六軍敗績。尚書令刁協奔於江乘，為賊所害。鎮北將軍劉隗奔於石勒。帝遣使謂敦曰：“公若不忘本朝，於此息兵，則天下尚可共安也。如其不然，朕當歸於琅邪，以避賢路。”辛未，大赦。敦乃自為丞相、都督中外諸軍、錄尚書事，封武昌郡公，邑萬戶。丙子，驃騎將軍、秣陵侯戴若思，尚書左仆射、護軍將軍、武城侯周顗為敦所害。敦將沈充陷吳國，魏乂陷湘州，吳國內史張茂，湘州刺史、譙王承並遇害。五月壬申，敦以太保、西陽王羕為太宰，加司空王導尚書令。乙亥，鎮南大將軍甘卓為襄陽太守周慮所害。蜀賊張龍寇巴東，建平太守柳純擊走之。石勒遣騎寇河南。六月，旱。秋七月，王敦自加兗州刺史郗鑒為安北將軍。石勒將石季龍攻陷太山，執守將徐龕。兗州刺史郗鑒自鄒山退守合肥。八月，敦以其見含為衛將軍，自領寧、益二州都督。琅邪太守孫默叛，降於石勒。冬十月，大疫，死者十二三。己醜，都督荊梁二州諸軍事、平南將軍、荊州刺史、武陵侯王暠卒。辛卯，以下邳內史王邃為征北將軍、都督青徐幽平四州諸軍事，鎮淮陰。新昌太守梁碩起兵反。京師大務，黑氣蔽天，日月無光。石勒攻陷襄城、城父，遂圍譙，破祖約別軍，約退據壽春。十一月，以司徒荀組為太尉。己酉，太尉荀組薨。罷司徒，並丞相。閏月己醜，帝崩於內殿，時年四十七，葬建平陵，廟號中宗。
帝性簡儉衝素，容納直言，虛己待物。初鎮江東，頗以酒廢事，王導深以為言，帝命酌，引觴覆之，於此遂絕。有司嚐奏太極殿廣室施絳帳，帝曰：“漢文集上書皁囊為帷。”遂令冬施青布，夏施青綀帷帳。將拜貴人，有司請市雀釵，帝以煩費不許。所幸鄭夫人衣無文彩。從母弟王暠為母立屋過製，流涕止之。然晉室遘紛，皇輿播越，天命未改，人謀葉讚。元戎屢動，不出江畿，經略區區，僅全吳楚。終於下陵上辱，憂憤告謝。恭儉之德雖充，雄武之量不足。始秦時望氣者雲“五百年後金陵有天子氣”，故始皇東遊以厭之，改其地曰秣陵，塹北山以絕其勢。及孫權之稱號。自謂當之。孫盛以為始皇逮於孫氏四百三十七載，考其曆數，猶為未及；元帝之渡江也，乃五百二十六年，真人之應在於此矣。鹹寧初，風吹太社樹折，社中有青氣，占者以為東莞有帝者之祥。由是徙封東莞王於琅邪，即武王也。及吳之亡，王濬實先至建鄴，而皓之降款，遠歸璽於琅邪。天意人事，又符中興之兆。太安之際，童謠雲：“五馬浮渡江，一馬化為龍。”及永嘉中，歲、鎮、熒惑、太白聚鬥、牛之間，識者以為吳越之地當興王者。是歲，王室淪覆，帝與西陽、汝南、南頓、彭城五王獲濟，而帝竟登大位焉。初，玄石圖有“牛繼馬後”，故宣帝深忌牛氏，遂為二榼，共一口，以貯酒焉，帝先飲佳者，而以毒酒鴆其將牛金。而恭王妃夏侯氏竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符雲。
史臣曰：晉氏不虞，自中流外，五胡扛鼎，七廟隳尊，滔天方駕，則民懷其舊德者矣。昔光武以數郡加名，元皇以一州臨極，豈武宣餘化猶暢於琅邪，文景垂仁傳芳於南頓，所謂後乎天時，先諸人事者也。馳章獻號，高蓋成陰，星鬥呈祥，金陵表慶。陶士行擁三州之旅，郢外以安；王茂弘為分陝之計，江東可立。或高旌未拂，而遐心斯偃，回首朝陽，仰希乾棟，帝猶六讓不居，七辭而不免也。布帳綀帷，詳刑簡化，抑揚前軌，光啟中興。古首私家不蓄甲兵，大臣不為威福，王之常製，以訓股肱。中宗失馭強臣，自亡齊斧，兩京胡羯，風埃相望。雖複六月之駕無聞，而鴻雁之歌方遠，享國無幾，哀哉！
明皇帝諱紹，字道畿，元皇帝長子也。幼而聰哲，為元帝所寵異。年數歲，嚐坐置膝前，屬長安使來，因問帝曰：“汝謂日與長安孰遠？”對曰：“長安近。不聞人從日邊來，居然可知也。”元帝異之。明日，宴群僚，又問之。對曰：“日近。”元帝失色，曰：“何乃異間者之言乎？”對曰：“舉目則見日，不見長安。”由是益奇之。
建興初，拜東中郎將，鎮廣陵。元帝為晉王，立為晉王太子。及帝即尊號，立為皇太子。性至孝，有文武才略，欽賢愛客，雅好文辭。當時名臣，自王導、庚亮、溫嶠、桓彝、阮放等，鹹見親待。嚐論聖人真假之意，導等不能屈。又習武藝，善撫將士。於時東朝濟濟，遠近屬心焉。及王敦之亂，六軍敗績，帝欲帥將士決戰，升車將出，中庶子溫嶠固諫，抽劍斬鞅，乃止。敦素以帝神武明略，朝野之所欽信，欲誣以不孝而廢焉。大會百官而問溫嶠曰：“皇太子以何德稱？”聲色俱厲，必欲使有言。嶠對曰：“鉤深致遠，蓋非淺局所量。以禮觀之，可稱為孝矣。”眾皆以為信然，敦謀遂止。
永昌元年閏月己醜，元帝崩。庚寅，太子即皇帝位，大赦，尊所生荀氏為建安郡君。
太寧元年春正月癸巳，黃霧四塞，京師火。李雄使其將李驤、任回寇台登，將軍司馬玖死之。越巂太守李釗、漢嘉太守王載以郡叛，降於驤。二月，葬元帝於建平陵，帝徒跣至於陵所。以特進華恆為驃騎將軍、都督石頭水陸軍事。乙醜，黃霧四塞。丙寅，隕霜。壬申，又隕霜，殺穀。三月戊寅朔，改元，臨軒，停饗宴之禮，懸而不樂。丙戌，隕霜，殺草。饒安、東光、安陵三縣災，燒七千餘家，死者萬五千人。石勒攻陷下邳，徐州刺史卞敦退保盱眙。王敦獻皇帝信璽一紐。敦將謀篡逆，諷朝廷徵己，帝乃手詔徵之。夏四月，敦下屯於湖，轉司空王導為司徒，自領揚州牧。巴東監軍柳純為敦所害。以尚書陳為都督幽平二州諸軍事、幽州刺史。五月，京師大水。李驤等寇寧州，刺史王遜遣將姚嶽距戰於堂狼，大破之。梁碩攻陷交州，刺史王諒死之。六月壬子，立皇後庾氏。平南將軍陶侃遣參軍高寶攻梁碩，斬之，傳首京師。進侃位征南大將軍、開府儀同三司。秋七月丙子朔，震太極殿柱。是月，劉曜攻陳安於隴城，滅之。八月，以安北將軍郗鑒為尚書令。石勒將石季龍攻陷青州，刺史曹嶷遇害。冬十一月，王敦以其兄征南大將軍含為征東大將軍、都督揚州江西諸軍事。以軍事饑乏，調刺史以下米各有差。
二年春正月丁醜，帝臨朝，停饗宴之禮，懸而不樂。庚辰，赦五歲刑以下。術人李脫造妖書惑眾，斬於建康市。石勒將石季龍寇兗州，刺史劉遐自彭城退保泗口。三月，劉曜將康平寇魏興，及南陽。夏五月，王敦矯詔拜其子應為武衛將軍，兄含為驃騎大將軍。帝所親信常從督公乘雄、冉曾並為敦所害。六月，敦將舉兵內向，帝密知之，乃乘巴滇駿馬微行，至於湖，陰察敦營壘而出。有軍士疑帝非常人。又敦正晝寢，夢日環其城，驚起曰：“此必黃須鮮卑奴來也。”帝母荀氏，燕代人，帝狀類外氏，須黃，敦故謂帝雲。於是使五騎物色追帝。帝亦馳去，馬有遺糞，輒以水灌之。見逆旅賣食嫗，以七寶鞭與之，曰：“後有騎來，可以此示也。”俄而追者至，問嫗。嫗曰：“去巳遠矣。”因以鞭示之。五騎傳玩，稽留遂久，又見馬糞冷，以為信遠而止不追。帝僅而獲免。丁卯，加司徒王導大都督、假節，領揚州刺史，以丹陽尹溫嶠為中壘將軍，與右將軍卞敦守石頭，以光祿勳應詹為護軍將軍、假節、督硃雀橋南諸軍事，以尚書令郗鑒行衛將軍、都督從駕諸軍事，以中書監庾亮領左衛將軍，以尚書卞壼行中軍將軍。征平北將軍、徐州刺史王邃，平西將軍、豫州刺史祖約，北中郎將、兗州刺史劉遐，奮武將軍、臨淮太守蘇峻，奮威將軍、廣陵太守陶瞻等還衛京師。帝次於中堂。秋七月壬申朔，敦遣其兄含及錢鳳、周撫、鄧嶽等水陸五萬，至於南岸。溫嶠移屯水北，燒硃雀桁，以挫其鋒。帝躬率六軍，出次南皇堂。至癸酉夜，募壯士，遣將軍段秀、中軍司馬曹渾、左衛參軍陳嵩、鍾寅等甲卒千人渡水，掩其未備。平旦，戰於越城，大破之，斬其前鋒將何康。王敦憤惋而死。前宗正虞潭起義師於會稽。沈充帥萬餘人來會含等，庚辰，築壘於陵口。丁亥，劉遐、蘇峻等帥精卒萬人以至，帝夜見，勞之，賜將士各有差。義興人周蹇殺敦所署太守劉芳，平西將軍祖約逐敦所署淮南太守任台於壽春。乙未，賊眾濟水，護軍將軍應詹帥建威將軍趙胤等距戰，不利。賊至宣陽門，北中郎將劉遐、蘇峻等自南塘橫擊，大破之。劉遐又破沈充於青溪。丙申，賊燒營宵遁。丁西，帝還宮，大赦，惟敦黨不原。於是分遣諸將追其黨與，悉平之。封司徒王導為始興郡公，邑三千戶，賜絹九千匹；丹陽尹溫嶠建寧縣公，尚書卞壼建興縣公，中書監庾亮永昌縣公，北中郎將劉遐泉陵縣公，奮武將軍蘇峻邵陵縣公，邑各一千八百戶，絹各五千四百匹；尚書令郗鑒高平縣侯，護軍將軍應詹觀陽縣侯，邑各千六百戶，絹各四千八百匹；建威將軍趙胤湘南縣侯，右將軍卞敦益陽縣侯，邑各千六百戶，絹各三千二百匹。其餘封賞各有差。冬十月，以司徒王導為太保、領司徒，太宰、西陽王羕領太尉，應詹為平南將軍、都督江州諸軍事、江州刺史，劉遐為監淮北諸軍事、徐州刺史，庾亮為護軍將軍。詔王敦群從一無所問。是時，石勒將石生屯洛陽，豫州刺史祖約退保壽陽。十二月壬子，帝謁建平陵，從大祥之禮。梁水太守爨亮、盜竊州太守李逷以興古叛，降於李雄。沈充故將顧颺反於武康，攻燒城邑，州縣討斬之。
三年春二月戊辰，複三族刑，惟不及婦人。三月，幽州刺史段末波卒，以弟牙嗣。戊辰，立皇子衍為皇太子，大赦，增文武位二等，大酺三日，賜鰥寡孤獨帛，人二匹。癸巳，征處士臨海任旭、會稽虞喜並為博士。夏四月，詔曰：“大事初定，其命惟新。其令太宰、司徒巳下，詣都坐參議政道，諸所因革，務盡事中。”又詔曰：“餐直言，引亮正，想群賢達吾此懷矣。予違汝弼，堯舜之相君臣也。吾雖虛暗，庶不距逆耳之談。稷契之任，君居之矣。望共勖之。”己亥，雨雹。石勒將石良寇兗州，刺史檀贇力戰，死之。將軍李矩等並眾潰而歸，石勒盡陷司、兗、豫三州之地。五月，以征南大將軍陶侃為征西大將軍、都督荊湘雍梁四州諸軍事、荊州刺史，王舒為安南將軍、都督廣州諸軍事、廣州刺史。六月，石勒將石季龍攻劉曜將劉嶽於新安，陷之。以廣州刺史王舒為都督湘州諸軍事、湘州刺史，湘州刺史劉顗為平越中郎將、都督廣州諸軍事、廣州刺史。大旱，自正月不雨，至於是月。秋七月辛未，以尚書令郗鑒為車騎將軍、都督青兗二州諸軍事、假節，鎮廣陵，領軍將軍卞壼為尚書令。詔曰：“三恪二王，世代之所重；興滅繼絕，政道之所先。又宗室哲王有功勳於大晉受命之際者，佐命功臣，碩德名賢，三祖所與共維大業，鹹開國胙土、誓同山河者，而並廢絕，禋祀不傳，甚用懷傷。主者其祥議諸應立後者以聞。”又詔曰：“郊祀天地，帝王之重事。自中興以來，惟南郊，未曾北郊，四時五郊之禮都不複設，五嶽、四瀆、名山、大川載在祀典應望秩者，悉廢而未舉。主者其依舊詳處。”八月，詔曰：“昔周武克殷，封比幹之墓；漢高過趙，錄樂毅之後，追顯既往，以勸將來也。吳時將相名賢之胄，有能纂修家訓，又忠孝仁義，靜己守真，不聞於時者，州郡中正亟以名聞，勿有所遺。”閏月，以尚書左仆射荀崧為光祿大夫、錄尚書事，尚書鄧攸為尚書左仆射。壬午，帝不豫，召太宰、西陽王羕，司徒王導，尚書令卞壼，車騎將軍郗鑒，護軍將軍庾亮，領軍將軍陸曄，丹陽尹溫嶠並受遺詔，輔太子。丁亥，詔曰：“自古有死，賢聖所同，壽夭窮達，歸於一概，亦何足特痛哉！朕枕疾已久，常慮忽然。仰惟祖宗洪基，不能克終堂構，大恥未雪，百姓塗炭，所以有慨耳。不幸之日，斂以時服，一遵先度，務從簡約，勞眾崇飾，皆勿為也。衍以幼弱，猥當大重，當賴忠賢，訓而成之。昔周公匡輔成王，霍氏擁育孝昭，義行前典，功冠二代，豈非宗臣之道乎？凡此公卿，時之望也。敬聽顧命，任托付之重，同心斷金，以謀王室。諸方嶽征鎮，刺史將守，皆朕扞城，推轂於外，雖事有內外，其致一也。故不有行者，誰扞牧圉？譬若脣齒，表裏相資。宜戮力一心，若合符契，思美焉之美，以緝事為期。百辟卿士，其總己以聽於塚宰，保祐衝幼，弘濟艱難，永令祖宗之靈，寧於九天之上，則朕沒於地下，無恨黃泉。”戊子，帝崩於東堂，年二十七，葬武平陵，廟號肅祖。
帝聰明有機斷，尤精物理。於時兵凶歲饑，死疫過半，虛弊既甚，事極艱虞。屬王敦挾震主之威，將移神器。帝騎驅遵養，以弱製強，潛謀獨斷，廓清大昆。改授荊、湘等四州，以分上流之勢，撥亂反正，強本弱枝。雖享國日淺，而規模弘遠矣。