簡文皇帝諱昱，字道萬，元帝之少子也。幼而岐嶷，為元帝所愛。郭璞見而謂人曰：“興晉祚者，必此人也。”及長，清虛寡欲，尤善玄言。永昌元年，元帝詔曰：“先公武王、先考恭王君臨琅邪。繼世相承，國嗣未立，蒸嚐靡主，朕常悼心。子昱仁明有智度，可以虔奉宗廟，以慰罔極之恩。其封昱為琅邪王，食會稽、宣城如舊。”鹹和元年，所生鄭夫人薨。帝時年七歲，號慕泣血，固請服重。成帝哀而許之，故徙封會稽王，拜散騎常侍。九年，遷右將軍，加侍中。鹹康六年，進撫軍將軍，領秘書監。建元元年夏五月癸醜，康帝詔曰：“太常職奉天地，兼掌宗廟，其為任也，可謂重矣。是以古今選建，未嚐不妙簡時望，兼之儒雅。會稽王叔履尚清虛，誌道無倦，優遊上列，諷議朝肆。其領太常本官如故。”永和元年，崇德太後臨朝，進位撫軍大將軍、錄尚書六條事。二年，驃騎何充卒，崇德太後詔帝專總萬機。八年，進位司徒，固讓不拜。穆帝始冠，帝稽首歸政，不許。廢帝即位，以琅邪王絕嗣，複徙封琅邪，而封王子昌明為會稽王。帝固讓，故雖封琅邪而不去會稽之號。太和元年，進位丞相、錄尚書事，入朝不趨，讚拜不名，劍履上殿，給羽葆鼓吹班劍六十人，又固讓。及廢帝廢，皇太後詔曰：“丞相、錄尚書、會稽王體自中宗，明德劭令，英秀玄虛，神棲事外。以具瞻允塞，故阿衡三世。道化宣流，人望攸歸，為日已久。宜從天人之心，以統皇極。主者明依舊典，以時施行。”於是大司馬桓溫率百官進太極前殿，具乘輿法駕，奉迎帝於會稽邸，於朝堂變服，著平巾幘單衣，東向拜受璽綬。
簡文皇帝名昱，字道萬，是元帝的小兒子。他幼年時就很聰明，得到元帝的鍾愛。郭璞見到他，對人說：“振興晉室的，一定是這個人。”司馬昱長大後，清虛寡欲，尤其擅長談玄。
鹹安元年冬十一月己酉，即皇帝位。桓溫出次中堂，令兵屯衛。乙卯，溫奏廢太宰、武陵王晞及子總。詔魏郡太守毛安之帥所領宿衛殿內，改元為鹹安。庚戌，使兼太尉周頤告於太廟。辛亥，桓溫遣弟秘逼新蔡王晃詣西堂，自列與太宰、武陵王晞等謀反。帝對之流涕，溫皆收付廷尉。癸醜，殺東海二子及其母。初，帝以衝虛簡貴，曆宰三世，溫素所敬憚。及初即位，溫乃撰辭欲自陳述，帝引見，對之悲泣，溫懼不能言。至是，有司承其旨，奏誅武陵王晞，帝不許。溫固執至於再三，帝手詔報曰：“若晉祚靈長，公便宜奉行前詔。如其大運去矣，請避賢路。”溫覽之，流汗變色，不複敢言。乙卯，廢晞及其三子，徙於新安。丙辰，放新葵王晁於衡陽。戊午，詔曰：“王室多故，穆哀早世，皇胤夙遷，神器無主。東海王以母弟近屬，入纂大統，嗣位經年，昏暗亂常，人倫虧喪，大禍將及，則我祖宗之靈靡知所托。皇太後深懼皇基，時定大計。大司馬因順天人，協同神略，親帥群後，恭承明命。雲霧既除，皇極載清，乃顧朕躬，仰承弘緒。雖伊尹之寧殷朝，博陸之安漢室，無以尚也。朕以寡德，猥居元首，實懼眇然，不克負荷，戰戰兢兢，罔知攸濟。思與兆庶更始，其大赦天下，大酺五日，增文武位二等，孝順忠貞鰥寡孤獨米人五斛。”己未，賜溫軍三萬人，人布一匹，米一斛。庚申，加大司馬桓溫為丞相，不受。辛酉，溫旋自白石，因鎮姑孰。以冠軍將軍毛武生都督荊州之沔中、揚州之義城諸軍事。十二月戊子，詔以京都有經年之儲，權停一年之運。庚寅，廢東海王奕為海西公，食邑四千戶。辛卯，初薦酃淥酒於太廟。
永昌元年，元帝下詔說：“先公武王、先考恭王統治琅邪。父子世代相承，現在嗣位的人還沒有立祭祀沒有主持，朕常常為此傷心。兒子司馬昱仁厚賢明，有智謀氣度，可以恭敬地侍奉祖宗，用以慰藉祖宗無盡的恩德。封司馬昱為琅邪王，食邑依然是會稽、宣城。”
二年春正月辛醜，百濟、林邑王各遣使貢方物。二月，苻堅伐慕容桓於遼東，滅之。三月丁酉，詔曰：“朕居阿衡三世，不能濟彼時雍，乃至海西失德，殆傾皇祚。賴祖宗靈祗之德，皇太後淑體應期，籓輔忠賢，百官戮力，用能蕩氣務於昊蒼，耀晨輝於宇宙。遂以眇身，托於王公之上，思賴群賢，以弼其闕。夫敦本息末，抑絕華競，使清濁異流，能否殊貫，官無秕政，士無謗讟，不有懲勸，則德禮焉施？且強寇未殄，勞役未息，自非軍國戎祀之耍，其華飾煩費之用皆省之。夫肥遁窮穀之賢，滑泥揚波之士，雖抗誌玄霄，潛默幽岫，貪屈高尚之道，以隆協讚之美，孰與自足山水，棲遲丘壑，徇匹夫之潔，而忘兼濟之大邪？古人不借賢於曩代，朕所以虛想於今日。內外百官，各勤所司，使善無不達，惡無不聞，令詩人元素餐之刺，而吾獲虛心之求焉。”癸醜，詔曰：“吾承祖宗洪基，而昧於政道，懼不能允厘天工，克隆先業，夕惕惟憂，若涉泉冰。賴宰輔忠德，道濟伊望，群後竭誠，協契斷金，內外盡匡翼之規，文武致匪躬之節，冀因斯道，終克弘濟。每念幹戈未戢，公私疲悴，籓鎮有疆理之務，征戍懷東山之勤，或白首戎陣，忠勞未敘，或行役彌久，擔石靡儲，何嚐不昧旦晨興，夜分忘寢。雖未能撫而巡之，且欲達其此心。可遣大使詣大司馬，並問方伯，逮於邊戍，宣詔大饗，求其所安。又籌量賜給，悉令周普。”乙卯，詔曰：“往事故之後，百度未充，群僚常俸，並皆寡約，蓋隨時之義也。然退食在朝，而祿不代耕，非經通之製。今資儲漸豐，可籌量增俸。”騶虞見豫章。夏四月，徙海西公於吳縣西柴裏。追貶庾後曰夫人。六月，遣使拜百濟王餘句為鎮東將軍，領樂浪太守。戊子，前護軍將軍庚希舉兵反，自海陵入京口，晉陵太守卞眈奔於曲阿。秋七月壬辰，桓溫遣東海內史周少孫討希，擒之，斬於建康市。己未，立會稽王昌明為皇太子，皇子道子為琅邪王，領會稽內史。是日，帝崩於東堂，時年五十三。葬高平陵，廟號太宗。遺詔以桓溫輔政，依諸葛亮、王導故事。
鹹和元年，司馬昱的生母鄭夫人去世。簡文帝當時年僅七歲，哭祭生母都哭出了血，堅決請求穿重喪孝服。成帝可憐他，答應了他的請求，因而改封為會稽王，援散騎常侍。九年，升右將軍，加授侍中。鹹康六年，進升撫軍將軍，兼領秘書監。
帝少有風儀，善容止，留心典籍，不以居處為意，凝塵滿席，湛如也。嚐與桓溫及武陵王晞同載遊版橋，溫遽令鳴鼓吹角，車馳卒奔，欲觀其所為。晞大恐，求下車，而帝安然無懼色，溫由此憚服。溫既仗文武之任，屢建大功，加以廢立，威振內外。帝雖處尊位，拱默守道而已，常懼廢黜。先是，熒惑入太微，尋而海西廢。及帝登阼，熒惑又入太微，帝甚惡焉。時中書郎郗超在直，帝乃引入，謂曰：“命之修短，本所不計，故當無複近日事邪！”超曰：“大司馬臣溫方內固社稷，外恢經略，非常之事，臣以百口保之。”及超請急省其父，帝謂之曰：“致意尊公，家國之事，遂至於此！由吾不能以道匡衛，愧歎之深，言何能喻。”因詠庾闡詩雲“誌士痛朝危，忠臣哀主辱”，遂泣下沾襟。帝雖神識恬暢，而無濟世大略，故謝安稱為惠帝之流，清談差勝耳。沙門支道林嚐言“會嶴有遠體而無遠神”。謝靈運跡其行事，亦以為赧獻之輩雲。
建元元年夏五月癸醜，康帝下詔說：“太常覺得敬奉天地，兼管宗廟，它的職責可以說很大。所以古往今來挑選作用，都選擇有聲望，兼為博學的儒士。會稽王崇尚清虛，孜孜不倦立誌求道，在高官要位上從容不迫，諷議朝野，就讓會稽王兼領太常，原有的官職不變。”永和元年，崇德太後臨朝，司馬昱進升為撫軍大將軍、錄尚書六條事。二年，驃騎何充死了，崇德太後下詔帝讓簡文帝專權處理國家事務。八年，進升司徒，司馬昱堅決推辭不受。穆帝開始行冠禮時，簡文帝要求歸還國政，穆帝不答應。廢帝即位後，因為琅邪王沒有繼承人，又改封簡文帝為琅邪王，封他的兒子司馬明為會為會稽王。簡文帝極力推辭，所以雖封琅邪王卻不除去會稽王的封號。太和元年，進升丞相、錄尚書事，入朝時不需趨步上前，參拜時不必稱名，可以佩劍穿鞋上殿，供給他六十名羽葆鼓吹班劍儀仗隊，簡文帝又極力推讓。到了廢帝被廢黜後，皇太後下詔說：“丞相、錄尚書、會稽王是中宗之後，德性美好，高尚後美崇尚清虛，神妙表現在處事之外。以輔佐重臣的地位，所以輔導三代帝王主持國政。道德教化流布，眾望所歸，日子已經很久了。應該順從天意民心，來即帝位。主管的人明確依從當時典章，按時施行”於是大司馬桓溫率百官進入太極前殿，準備好皇帝乘車，到會稽王的官邸去迎接簡文帝，在朝堂上改換服裝，穿戴著平巾幘和單衣，向東方下拜接受璽綬。
孝武皇帝諱曜，字昌明，簡文帝第三子也。興寧三年七月甲申，初封會稽王。鹹安二年秋七月己未，立為皇太子。是日，簡文帝崩，太子即皇帝位。詔曰：“朕以不造，奄丁閔凶，號天扣地。靡知所訴。藐然幼衝，眇若綴旒，深惟社稷之重，大懼不克負荷。仰憑祖宗之靈，積德之祀。先帝淳風玄化，遺詠在民。宰輔英賢，勳隆德盛。顧命之托，實賴匡訓。群後率職，百僚勤政。冀孤弱之躬有寄，皇極之基不墜。先恩遺惠，播於四海，思弘餘潤，以康黎庶。其大赦天下，與民更始。”九月甲寅，追尊皇妣會稽王妃曰順皇後。冬十月丁卯，葬簡文皇帝於高平陵。十一月甲午，妖賊盧悚晨人殿庭，遊擊將軍毛安之等討擒之。是歲，三吳大旱，人多餓死，詔所在振給。苻堅陷仇池，執秦州刺史楊世。
鹹安元年冬十一月己酉，司馬昱即皇帝位。桓溫出宮駐留在中堂，命令軍隊駐守，乙卯，溫奏上奏皇帝請求廢黜太宰、武陵王司馬晞和他的兒子司馬總。皇帝詔令魏郡太守毛安之帥領他的軍隊在殿內值宿警衛，改元為鹹安。辛亥日，桓溫派弟弟桓秘逼迫新蔡王司馬晃到西堂去，逼他說和太宰、武陵王司馬晞等人謀反。皇帝對著司馬晃流著眼淚，桓溫把司馬晃等人抓起來交付廷尉發落。癸醜日，殺了東海王的兩個兒子和他們的母親。當初，皇帝淡泊清虛簡傲高貴，曆任三朝宰相，桓溫平素敬仰害怕他。到了皇帝接見了桓溫，對著他悲傷地哭泣，桓溫怕得說不出話。到了這個時候，一些官吏秉承桓溫的旨意，上奏請求誅殺武陵王司馬晞，皇帝不答應。桓溫再三地堅持，皇帝親自下詔書回答說：“如果晉室國長久，明公就應該奉行前詔。如果晉室大運已去，那麼請讓我給聖賢的人讓路。”桓溫看了，嚇得一身冷汗，臉色也變了，便不複再說。乙卯日，廢黜司馬晞和他的三個兒子，流放到新安。丙辰日，把新蔡王司馬晁流放到衡陽。戊午日，下詔說：“王室多難，穆帝、哀帝過早離開人世，皇統早有變更，帝位沒有主人。東海王是皇帝母弟這樣親近的親屬，入朝繼承大統，繼掌這位多年，昏暗遠道，擾亂朝綱，人倫敗壞，大禍將要降臨，我祖宗的神靈不知寄托何處。皇太後深為皇室基業擔憂，及時定下大計。大司馬遵循天人意誌，協同神明大略，親自率領王公們，恭敬地承受聖明之命。雲霧既已掃除，皇室得以清明，就顧念於朕，繼承弘大功業。即使是伊尹安定殷朝，博陸安定漢室，也無法超過。朕以寡薄德行，暫居皇位，實在擔心眼光狹隘，不能擔負起重任，戰戰兢兢，不知如何成功。思念和千萬百姓更新天下，朕決定大赦天下，百姓大宴五天，文武官員品秩增加二等，賞賜孝順忠貞的人和老弱病殘，沒有人養的，每人五斛大米。”己未日，賞賜桓溫三萬軍人，每人一匹布，米一斛。庚申日，加授大司馬桓溫為丞相，桓溫不接受。辛酉日，桓溫從白石回來，鎮守姑孰。任命冠軍將軍毛武生都督荊州的沔中、揚州的義城諸軍事。十二月戊子，皇帝下詔書，因為京都的物資儲備很多，權且停止一年的運送。庚寅日，廢黜東海王司馬奕為海西公，食邑為四千戶。辛卯日，第一次在太廟進獻淥酒。
寧康元年春正月己醜朔，改元。二月，大司馬桓溫來朝。三月癸醜，詔除丹陽竹格等四桁稅。夏五月，旱。秋七月己亥，使持節、侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書、大司馬、揚州牧、平北將軍、徐兗二州刺史、南郡公桓溫薨。庚戌，進右將軍桓豁為征西將軍。以江州刺史桓衝為中軍將軍、都督揚豫江三州諸軍事、揚州刺史，鎮姑孰。八月壬子，崇德太後臨朝攝政。九月，苻堅將楊安寇成都。丙申，以尚書仆射王彪之為尚書令，吏部尚書謝安為尚書仆射，吳國內史刁彝為北中郎將、徐兗二州刺史，鎮廣陵。複置光祿勳、大司農、少府官。冬十月，西平公張天錫貢方物。十一月，苻堅將楊安陷梓潼及梁、益二州，刺史周仲孫帥騎五千南遁。
二年春正月辛醜，百濟、林邑王各自派使者來進貢地方土特產。二月，苻堅到遼東攻打慕容桓，消滅了幕容桓。三月丁酉，下詔說：“朕處在宰相的位置上經曆了三朝，不能夠使時世太平，而海西公更新喪失了德行，差一點傾覆了皇室江山，仰賴著祖宗神靈的恩德，皇太後美德順應天運，輔弼的忠賢百官全力，因而能夠在蒼天掃盡蕩氣，在宇宙照耀著朝陽的光輝。於是托殘軀在王公之上，思念著依賴賢臣們，用以矯正朕的過失。振本自末，遏製浮華豪奢，使得清渴分開，勝任的和不勝任的有別，官吏沒有不好的政事，士人沒有非議，如果沒有責罰和資曆，那麼道德禮儀怎麼施行？而且，強大的敵人還沒有消滅，勞役還沒有停息，除非是軍事國政戰爭祭祀這些要務，那些華美的修飾、繁雜的費用都減省掉。隱退於幽穀裏的賢才，隨俗沉浮的士人，即使堅持天一樣高的誌節，隱居於幽深的山穀，想要以高尚的道義，以振興協同的美譽，哪裏比得上自滿於山水之間，隱遁在深山幽穀，遵循著匹夫的高潔，卻忘記了兼濟天下的大義呢？古人不習藉前代賢人，朕因而也對今日懷有虛想。內外百官，各自勤勉地務政，使得善事無不傳布，惡事無不上報，讓詩人沒有素餐那樣的諷刺，我也得到虛心訪求之名。”癸醜日，下詔說：“我繼承祖宗的大基業，但是不善於治理國政，害怕不能治理好上天所賦予的事業，振興祖先的基業，整天擔憂，就好像涉過河水一樣。全靠輔政大臣們竭盡忠誠，同心合力，內外的大臣們竭盡全力謀劃來輔佐，文武百官表現出了不顧自我的節操，希望能長此以往，最終能夠普救天下，每當我想到戰爭還沒有停息，國家和人民都疲勞困苦，藩鎮有守衛邊境的要務，戍守的戰士懷有《東山》詩所描述的憂慮，他們有的是在沙場上戰鬥到老，忠貞勞苦還沒有得到獎賞，有的是長久服役，家裏卻連糧食儲備都沒有，何嚐不是天還沒有亮就起床，半夜還顧不上睡覺。我雖然不能夠親自去撫慰和巡視他們，但是我也希望把我的心情傳達給他們知道。派遣大使去慰問大司馬，並慰問地方長官，到邊戍去，宣讀詔書，犒勞戰士，使他們安心。又按規定賞賜，讓他們的全都能知道”乙卯日，下詔說：“在先前的變故之後，各種物品都不充足，官員們平素的俸祿都很菲薄，這是隨時而定的做法。但是在朝中減省膳食，俸祿不能代替勞作，這不是通常的製度。現在購物儲備日漸非足，可適當增加俸祿。”豫章出現怪獸。夏四月，把海西公調到吳縣西柴裏。追貶庾後說夫人。六月，派使者去授拜百濟王餘句為鎮東將軍，兼領樂浪太守。戊子日，前護軍將軍庚希領兵謀反，從海陵進入京口，晉陵太守卞眈逃到曲阿。秋七月壬辰，桓溫派東海內史周少孫討庚希，擒獲了他，在建康鬧市把他殺了。己未日，立會稽王司馬昌明為皇太子，皇子司馬道子為琅邪王，兼領會稽內史。當天，皇帝在東堂去世，享年五十三歲。安葬在高平陵，廟號太宗。遺詔讓桓溫輔弼國政，依照諸葛亮、王導故事。
二年春正月癸未朔，大赦。追封諡故會稽世子鬱為臨川獻王。己酉，北中郎將、徐兗二州刺史刁彝卒。二月癸醜，以丹陽尹王坦之為北中郎將、徐兗二州刺史。丁巳，有星孛於女虛。三月丙戌，彗星見於氐。夏四月壬戌，皇太後詔曰：“頃玄象忒愆，上天表異，仰觀斯變，震懼於懷。夫因變致休，自古之道，朕敢不克意複心，以思厥中？又三吳奧壤，股肱望郡，而水旱並臻，百姓失業，夙夜惟憂，不能忘懷，宜時拯恤，救其雕困。三吳義興、晉陵及會稽遭水之縣尤甚者，全除一年租布，其次聽除半年，受振貸者即以賜之。”五月，蜀人張育自號蜀王，帥眾圍成都，遣使稱籓。秋七月，涼州地震，山崩。苻堅將鄧羌攻張育，滅之。八月，以長秋將建，權停婚姻。九月丁醜，有星孛於天市。冬十一月己酉，天門蜑賊攻郡，太守王匪死之，征西將軍桓豁遣師討平之。長城人錢步射、錢弘等作亂，吳興太守硃序討平之。癸酉，鎮遠將軍桓石虔破苻堅將姚萇於墊江。
簡文帝年輕時有風儀，形貌舉止都很好，留心典籍，不把居住環境放在心上，坐席上積滿了塵土，他依然高興。曾經和桓溫以及武陵王司馬晞同車遊覽版橋，桓溫突然命令擂起鼓，吹號角，車馬突然間飛速奔馳，想看看他們二人的表現。司馬晞非常驚恐，請求下車，但是簡文帝神色鎮定，一點兒也不驚慌，恒溫因此敬畏他。桓溫倚仗他的文武官職，多次立大功，又加上廢舊帝立新帝，威震朝廷內外。簡文帝雖然處在帝位，但隻能垂拱無為、持守常道而已，常常害怕被廢黜。先前，災惑星進入太微，不久海西公就被廢黜。到了簡文化帝登上帝位時，災惑星又入太微，簡文帝非常憎惡此事。當時中書郎郗超當值，皇帝就把他叫進去，對他說“生命的長短，固然是不加考慮的，所以不應再有前些日子的廢立的事情了吧！”郗超說：“大司馬桓溫正在內部鞏固江山，對外籌劃非常之事，臣下用全家來擔保。”到了郗超請求急速探視父親，皇帝對他說：“請轉達我對令尊的問候，國家的事情，竟然到了這個地步！因為我不能用正道來匡正社稷，羞愧之深，語言怎麼能表達得出。”於是詠詠庾闡的詩歌道“誌士為朝廷的危急而痛心，忠臣為君主受辱而悲哀”，最後淒然淚下沾濕了衣襟。簡文帝雖然風識通達，但是沒有救世的遠大謀略，所以謝安稱他為惠帝之流，隻是清談略強一些而已。和尚支道林曾經說“會稽王有高遠的外表卻沒有高遠的神”。謝靈運追述他的行事，也認為他是周赧王周獻王那樣的人物。
三年春正月辛亥，大赦。夏五月丙午，北中郎將、徐兗二州刺史、藍田侯王坦之卒。甲寅，以中軍將軍、揚州刺史桓衝為鎮北將軍、徐州刺史，鎮丹徒，尚書仆射謝安領揚州刺史。秋八月癸巳，立皇後王氏，大赦，加文武位一等。九月，帝講《孝經》。冬十月癸酉朔，日有蝕之。十二月癸未，神獸門災。甲申，皇太後詔曰：“頃日蝕告變，水旱不適，雖克己思救，未盡其方。其賜百姓窮者米，人五斛。”癸巳，帝釋奠於中堂，祠孔子，以顏回配。
孝武皇帝名曜，字昌明，是簡文帝司馬昱的第三個兒子。
太元元年春正月壬寅朔，帝加元服，見於太廟。皇太後歸政。甲辰，大赦，改元。丙午，帝始臨朝。以征西將軍桓豁為征西大將軍，領軍將軍郗愔為鎮軍大將軍，中軍將軍桓衝為車騎將軍，加尚書仆射謝安中書監、錄尚書事。甲子，謁建平等四陵。夏五月癸醜，地震。甲寅，詔曰：“頃者上天垂監，譴告屢彰，朕有懼焉，震惕於心。思所以議獄緩死，赦過宥罪，庶因大變，與之更始。”於是大赦，增文武位各一等。六月，封河間王欽子範之為章武王。秋七月，苻堅將苟萇陷涼州，虜刺史張天錫，盡有其地。乙巳，除度田收租之製，公王以下口稅米三斛，蠲在役之身。冬十月，移準北流人於淮南。十一月己巳朔，日有蝕之。詔太官撤膳。十二月，苻堅使其將苻洛攻代，執代王涉翼犍。
興寧三年(365)六月十二日，始封為會稽王。
二年春正月，繼絕世，紹功臣。三月，以兗州刺史硃序為南中郎將、梁州刺史、監沔中諸軍，鎮襄陽。閏月壬午，地震。甲申，暴風，折木發屋。夏四月己酉，雨雹。五月丁醜，地震。六月己巳，暴風，揚沙石。林邑貢方物。秋七月乙卯，老人星見。八月壬辰，四騎將軍桓衝來朝。丁未，以尚書仆射謝安為司徒。丙辰，使持節、都督荊梁寧益交廣六州諸軍事、荊州刺史、征西大將軍桓豁卒。冬十月辛醜，以車騎將軍桓衝都督荊江梁益寧交廣七州諸軍事、領護南蠻校尉、荊州刺史，尚書王蘊為徐州刺史、督江南晉陵諸軍，征西司馬謝玄為兗州刺史、廣陵相、監江北諸軍。壬寅。散騎常侍、左光祿大夫、尚書令王彪之卒。十二月庚寅，以尚書王劭為尚書仆射。
鹹安二年(372)秋七月二十八，立為皇太子。這一天，簡文帝駕崩，太子即皇帝位。下詔書說：“朕以不幸，忽逢喪事，呼天搶地，不知所訴。年齡幼弱，國勢垂危，深深感到社稷之重，憂慮不能擔當重任。仰賴祖宗顯靈，積德享祀，先帝風俗敦厚古樸，聖明的道德教化，流傳在民間。宰輔英明賢德，勳高德重。接受遺命，實賴眾人匡正訓導。公卿克盡職守，百官勤於政事。希望弱小之君有所寄托，祖先的基業不被墜毀。先祖遺留的恩惠，傳播到四海，我想弘揚其餘潤，使黎民康寧。將大赦天下，與民除舊布新。”九月二十四日，追贈皇母會稽王妃為順皇後。十月初八，將簡文皇帝安葬在高平陵。十一月初五，妖賊盧悚清晨進入朝廷宮殿，遊擊將軍毛安之等人捉住了他。這一年，三吳大旱，許多人餓死，下詔大旱地區賑災救給。苻堅攻陷仇池，捉住了秦州刺史楊世。
三年春二月乙巳，作新宮，帝移居會稽王邸。三月乙醜，雷雨，暴風，發屋折木。夏五月庚午，陳留王曹恢薨。六月，大水。秋七月辛巳，帝入新宮。乙酉，老人星見南方。
寧康元年(373)正月初一，改用新年號。二月，大司馬桓溫前來朝拜。三月二十六日，下詔免除丹陽、竹格等四座橋梁的稅收。五月，天旱。七月十四，使持節、侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書、大司馬、揚州牧、平北將軍、徐州兗州刺史、南郡公桓溫死。二十五日，晉升右將軍桓豁為征西將軍。以州刺史桓衝為中軍將軍、都督揚州、豫州、江州諸軍事、揚州刺史，鎮守姑孰。八月二十七日，崇德太後臨朝攝理朝政。九月，符堅的將領楊安侵犯成都。十二日，以尚書仆射王彪之為尚書令，吏部尚書謝安為尚書仆射，吳國內史刁彝為北中郎將、徐州兗州刺史，鎮守廣陵。重新設置光祿勳、大司農、少府官。十月，西平公張天錫進貢地方物產。十一月，苻堅的將領楊安攻陷梓潼以及梁州、益州，刺史周仲孫帶領五千騎兵向南逃跑。寧康二年正月初一，大赦天下。追封從前的會稽王的大兒子司馬鬱諡號為臨川獻王。二十七日，北中郎將、徐州、兗州刺史刁彝死。二月初一，以丹陽府尹王坦之為北中郎將、徐兗二州刺史。初五，有彗星在女虛星座出現。三月初五，彗星在氐座出現。四月十一，皇太後下詔說：“近來天象錯亂，上天呈現變異，仰觀這種變化，內心震驚憂懼。能因異招來休美，是自古之道，朕豈敢不留意盡心，以考慮適中的措施？另外三吳是心腹之地，如同股肱般的重要郡邑，可是水旱之災並至，百姓失業，我日夜憂慮，不能忘懷，應該及時拯救撫恤，拯救他們的凋敝貧困。三吳的義興、晉陵以及會稽等遭遇水災特別厲害的縣，完全免除一年的租稅，其他的縣允許免除半年的租稅，受到賑濟借貸的便賞賜給他們。”五月，蜀地人張育自稱蜀王，率徒眾圍攻成都，派使自稱藩屏之臣。七月，涼州地震，山崩塌。苻堅的將領鄧羌進攻張育，將他消滅。八月，因要立皇後，權且停止民間婚嫁。九月二十九日，有彗星侵入天市座。十一月初二，天門的譙賊進攻郡邑，太守王匪戰死，征西將軍桓豁派軍隊討伐平定了他。長城人錢步射、錢弘等人作亂，吳興太守朱序將他們討伐平定。二十六日，鎮遠將軍右虔在墊江打敗苻堅的將領姚萇。
四年春正月辛酉，大赦，郡縣遭水旱者減租稅。丙子，謁建平等七陵。二月戊午，苻堅使其子丕攻陷襄陽，執南中郎將硃序。又陷順陽。三月，大疫。壬戌，詔曰：“狡寇縱逸，籓守傾沒，疆埸之虞，事兼平日。其內外眾官，各悉心戮力，以康庶事。又年穀不登，百姓多匱。其詔禦所供，事從儉約，九親供給，眾官廩俸，權可減半。凡諸役費，自非軍國事要，皆宜停省，以周時務。”癸未，使右將軍毛武生帥師伐蜀。夏四月，苻堅將韋鍾陷魏興，太守吉挹死之。五月，苻堅將句難、彭超陷盱眙、高密內史毛璪之為賊所執。六月，大旱。戊子，征虜將軍謝玄及超、難戰於君川，大破之。秋八月丁亥，以左將軍王蘊為尚書仆射。乙未，暴風，揚沙石。九月，盜殺安太守傅湛。冬十二月己酉朔，日有蝕之。
寧康三年正月初五，大赦天下。五月初二，北中郎將、徐兗二州刺史、藍田侯王坦之死。初十，以中軍將軍、揚州刺史桓衝為鎮北將軍、徐州刺史，鎮守丹徒，尚書仆射謝安領任揚州刺史。八月二十日，立王氏為皇後，大赦天下，文武眾官增位一等。九月，天子講說《孝經》。十月初一，有日蝕。十二月十二，神獸門遭火災。十三日，皇太子下詔說：“近日有日蝕變異，水旱不適，雖然竭力用心補救，但方法不全。現賜給貧窮的百姓每人五斛大米。”二十二日，天子親自在中堂祭祀孔子，以顏回陪祀。
五年春正月乙巳，謁崇平陵。夏四月，大旱。癸酉，大赦五歲刑以下。五月，大水。以司徒謝安為衛將軍、儀同三司。六月甲寅，震含章殿四柱，並殺內侍二人。甲子，以比歲荒儉，大赦，自太元三年以前逋租宿債皆蠲除之，其鰥寡窮獨孤老不能自存者，人賜米五斛。丁卯，以驃騎將軍、琅邪王道子為司徒。秋九月癸未，皇後王氏崩。冬十月，九真太守李遜據交州反。十一月乙酉，葬定皇後於隆平陵。
太元元年(376)正月初一，天子加冠冕，在太廟謁見。皇太後交還國政。初三，大赦天下，改變年號。初五，天子臨朝聽政。以征西大將軍桓豁為征西大將軍，領軍將軍郗忄音為鎮軍大將軍，中軍將軍桓衝為車騎將軍，加封尚書仆射謝安為中書監、錄尚書事。二十三日，天子謁拜建平等四座皇帝陵。五月十四，地震。十五，下詔說：“近來上天顯示征兆，譴責告戒之災多次顯現，朕內心憂懼，震驚。考慮到重議訴訟，寬緩死刑，赦免罪過，或許因此大有改變，會有新的開始。”於是大赦天下，文武百官各增爵位一等。六月，封河間王司馬欽的兒子司馬範之為章武王。七月，苻堅的將領苟萇攻陷涼州，俘虜了刺史張天錫，將涼州全部占領。初七，廢除度量田畝收租的製度，王公以下每人交三斛稅米，在役人員除外。十月，把淮北的流動人口遷移到淮南。十一月初一，有日蝕，下詔太官減省禦膳。十二月，苻堅派他的將領苻洛進攻代地，捉住了代王涉翼犍。
六年春正月，帝初奉佛法，立精舍於殿內，引諸沙門以居之。丁酉，以尚書謝石為尚書仆射。初置督運禦史官。夏六月庚子朔，日有蝕之。揚、荊、江三州大水。己巳，改製度，減煩費，損吏士員七百人。秋七月丙子，赦五歲刑已下。甲午，交址太守杜瑗斬李遜，交州平。大饑。冬十一月己亥，以鎮軍大將軍郗愔為司空。會稽人檀元之反，自號安東將軍，鎮軍參軍謝藹之討平之。十二月甲辰，苻堅遣其襄陽太守閻震寇竟陵，襄陽太守桓石虔討擒之。
太元二年正月，恢複已滅絕的宗祀，承續已斷絕的後代，使功臣的後代繼承祖業。三月，以兗州刺史朱序為南中郎將、梁州刺史、監沔中諸軍，鎮守襄陽。閏三月十九，地震。二十一日，刮暴風，刮斷樹木掀翻房屋。四月十六日，下冰雹。五月十四日，地震。六月某日，刮暴風，沙石飛揚。林邑進貢地方物產。七月某日，老人星出現。八月初一，車騎將軍桓衝前來朝見。十六日，以尚書仆射謝安為司徒。二十五日，使持節，都督荊、梁、寧、益、交、廣六州諸軍事，荊州刺史，征西大將軍桓豁死。十月十一日，以車騎將軍桓衝都督荊、江、梁、益、寧、交、廣七州諸軍事、領護南蠻校尉、荊州刺史，尚書王蘊為徐州刺史，督江南晉陵諸軍，征西司馬謝玄為兗州刺史、廣陵相，監江北諸軍。十二日，散騎常侍、左光祿大夫、尚書令王彪之死。十二月初一，以尚書王劭為尚書仆射。
七年春三月，林邑範熊遣使獻方物。秋八月癸卯，大赦。九月，東夷五國遣使來貢方物。苻堅將都貴焚燒沔北田穀，略襄陽百姓而去。冬十月丙子，雷。
太元三年二月十七日，開始建造新宮，天子移居會稽王府邸。三月初七，下雷陣雨，刮暴風，折斷樹木，毀壞房屋。五月十三日，陳留王曹恢死。六月，發大水。七月二十五日，天子移居新建宮殿。二十九日，老人星在南方出現。
八年春二月癸未，黃霧四塞。三月，始興、南康、廬陵大水，平地五丈。丁巳，大赦。夏五月，輔國將軍楊亮伐蜀，拔五城，擒苻堅將魏光。秋七月，鷹揚將軍郭洽及苻堅將張崇戰於武當，大敗之。八月，苻堅帥眾渡淮，遣征討都督謝石、冠軍將軍謝玄、輔國將軍謝琰、西中郎將桓伊等距之。九月，詔司徒、琅邪王道子錄尚書六條事。冬十月，苻堅弟融陷壽春。乙亥，諸將及苻堅戰於肥水，大破之，俘斬數萬計，獲堅輿輦及雲母車。十一月庚申，詔衛將軍謝安勞旋師於金城。壬子，立陳留王世子靈誕為陳留王。十二月庚午，以寇難初平，大赦。以中軍將軍謝石為尚書令。開酒禁。始增百姓稅米，口五石。前句町王翟遼背苻堅，舉兵於河南，慕容垂自鄴與遼合，遂攻堅子暉於洛陽。仇池公楊世奔還隴右，遣使稱籓。
太元四年正月初八，大赦天下，遭遇水旱之災的郡縣減免租稅。二十三日，天子祭拜建平等七座皇帝陵。二月，苻堅派他的兒子苻丕攻陷襄陽，捉住了南中郎將朱序。又攻陷順陽。三月，流行大疾疫。初十，下詔說：“狡猾的敵寇驕縱淫逸，守臣傾覆，疆場之憂患，超過平時。內外各種官員，各自戮力同心，使眾事康寧。又加上五穀不豐收，百姓多匱乏。詔令所供禦用品，皆從儉約，九親供給之物，眾官的俸祿，權且減省一半。其他各種勞役費用，除非軍國要事，都應停止或減省，以周濟當前大事。”四月初一，派右將軍毛武生率軍隊討伐蜀地。本月苻堅的將領韋鍾攻陷魏興，太守吉挹戰死。五月，苻堅的將領俱難、彭超攻陷盱眙，高密內史毛..之被賊兵活捉。六月，天大旱。初七，征虜將軍謝玄與彭超、俱難在君川作戰，大破敵軍。八月初七，以左將軍王蘊為尚書仆射。十五日，刮暴風，飛沙走石。九月，強盜殺死了建安太守傅湛。閏十二月初一，有日蝕。
九年春正月庚子，封武陵王孫寶為臨川王。戊午，立新寧王晞子遵為新寧王。辛亥，謁建平等四陵。龍驤將軍劉牢之克譙城。車騎將軍桓衝部將郭寶伐新城、魏興、上庸三郡，降之。二月辛巳，使持節、都督荊江梁寧益交廣七州諸軍事、車騎將軍、荊州刺史桓衝卒。慕容垂自洛陽與翟遼攻苻堅子丕於鄴。三月，以衛將軍謝安為太保。苻堅北地長史慕容泓、平陽太守慕容衝並起兵背堅。夏四月己卯，增置太學生百人。封張天錫為西平公。使竟陵太守趙統伐襄陽，克之。苻堅將姚萇背堅，起兵於北地，自立為王，國號秦。六月癸醜朔，崇德皇太後褚氏崩。慕容泓為其叔父衝所殺，衝自稱皇太弟。秋七月戊戌，遣兼司空、高密王純之修謁洛陽五陵。己酉，葬康獻皇後於崇平陵。百濟遣使來貢方物。苻堅及慕容衝戰於鄭西，堅師敗績。八月戊寅，司空郗愔薨。九月辛卯，前鋒都督謝玄攻苻堅將兗州刺史張崇於鄄城，克之。甲午，加太保謝安大都督揚、江、荊、司、豫、徐、兗、青、冀、幽、並、梁、益、雍、涼十五州諸軍事。冬十月辛亥朔，日有蝕之。丁巳，河間王曇之薨。乙醜，以玄象乖度，大赦。庚午，立前新蔡王晃弟崇為新蔡王。苻堅青州刺史苻朗帥眾來降。十二月，苻堅將呂光稱製於河右，自號酒泉公。慕容衝僭即皇帝位於阿房。
太元五年正月二十八日，天子拜祭崇平陵。四月，天大旱。二十七日，赦免五年以下徒刑的人。五月，發大水。以司徒謝安為衛將軍、儀同三司。六月初九，含章殿四根大柱被雷震毀，震死兩名內侍。十九日，因連年饑荒，大赦天下，太元三年以前的陳舊租債都一並免除，那些鰥寡孤獨年老不能養活自己的人，每人賜五斛大米。二十二日，以驃騎將軍、琅王牙王司馬道子為司徒。九月初十，皇後王氏死。十月，九真太守李遜占據交州造**。十一月十三日，將定皇後安葬在隆平陵。
十年春正月甲午，謁諸陵。二月，立國學。蜀郡太守任權斬苻堅益州刺史李平，益州平。三月，滎陽人鄭燮以郡來降。苻堅國亂，使使奉表請迎。龍驤將軍劉牢之及慕容垂戰於黎陽，王師敗績。夏四月丙辰，劉牢之與沛郡太守周次及垂戰於五橋澤，王師又敗績。壬戌，太保謝安帥眾救苻堅。五月，大水。苻堅留太子宏守長安，奔於五將山。六月，宏來降，慕容衝入長安。秋七月，苻丕自枋頭西走，龍驤將軍檀玄追之，為丕所敗。旱，饑。丁巳，老人星見。八月甲午，大赦。丁酉，使持節、侍中、中書監、大都督十五州諸軍事、衛將軍、太保謝安薨。庚子，以琅邪王道子為都督中外諸軍事。是月，姚萇殺苻堅而僭即皇帝位。九月，呂光據姑臧，自稱涼州刺史。苻丕僭即皇帝位於晉陽。冬十月丁亥，論淮肥之功，追封謝安廬陵郡公，封謝石南康公，謝玄康樂公，謝琰望蔡公，桓伊永修公，自餘封拜各有差。是歲，乞伏國仁自稱大單於、秦河二州牧。
太元六年正月，天子開始信奉佛教，在殿內設立佛教精舍，引薦佛教僧侶居住。二十六日，任尚書謝石為尚書仆射。開始設置督運禦史官。六月初一日，有日蝕。揚州、荊州、江州發大水。三十日，修改製度，減省費用，裁減吏士官員七百人。七月初七，赦免五年以下徒刑的人。二十五日，交阝止太守杜王爰殺死李遜，交州平定。天下大饑。十一月初八，以鎮軍大將軍郗忄音為司空。會稽人檀元之謀反，自稱安東將軍，鎮軍將軍謝藹征討平定叛亂。十二月初八，苻堅派他的襄陽太守閻振攻竟陵，襄陽太守桓石虔征討活捉閻振。
十一年春正月辛未，慕容垂僭即皇帝位於中山。壬午，翟遼襲黎陽，執太守滕恬之。乙酉。謁諸陵。慕容衝將許木末殺慕容衝於長安。三月，大赦。太山太守張願以郡叛，降於翟遼。夏四月，以百濟王世子餘暉為使持節、都督、鎮東將軍、百濟王。代王拓拔圭始改稱魏。癸巳，以尚書仆射陸納為尚書左仆射，譙王恬為尚書右仆射。六月己卯，地震。庚寅，以前輔國將軍楊亮為西戎校尉、雍州刺史，鎮衛山陵。秋八月庚午，封孔靖之為奉聖亭侯，奉宣尼祀。丁亥，安平王邃之薨。翟遼寇譙，龍驤將軍硃序擊走之。冬十月，慕容垂破苻丕於河東，丕走東垣，揚威將軍馮該擊斬之，傳首京都。甲申，海西公奕薨。十一月，苻丕將苻登僭即皇帝位於隴東。
太元七年三月，林邑範熊派使進獻地方物產。八月十一日，大赦天下。九月，東夷五國派使者前來進貢地方物產。苻堅的將領都貴焚燒沔北的稻穀，擄掠襄陽的百姓而去。十月十五日，天空雷鳴。
十二年春正月乙巳，以豫州刺史硃序為青、兗二州刺史，鎮淮陰。丁未，大赦。壬子，暴風，發屋折木。戊午，慕容垂寇河東，濟北太守溫詳奔彭城。翟遼遣子釗寇陳、潁，硃序擊走之。夏四月戊辰，尊夫人李氏為皇太妃。己醜，雨雹。高平人翟暢執太守徐含遠，以郡降於翟遼。六月癸卯，束帛聘處士戴逵、襲玄之。秋八月辛巳，立皇子德宗為皇太子，大赦，增文武位二等，大酺五日，賜百官布帛各有差。九月戊午，複新寧王遵為武陵王，立梁王逢子和為梁王。冬十一月，鬆滋太守王遐之討翟遼於洛口，敗之。
太元八年二月二十四日，黃色大霧彌漫。三月，始興、南康、廬陵發大水，平地深五丈。二十八日，大赦天下。五月，輔國將軍楊亮討伐蜀地，攻下五城，活捉了苻堅的將領魏光。七月，鷹揚將軍郭洽與苻堅的將領張崇在武當作戰，大敗敵軍。八月，苻堅率領眾兵渡過淮河，朝廷派征討都督謝石、冠軍將軍謝玄、輔國將軍謝琰、西中郎將桓伊等進行抵抗。九月，下詔讓司徒、琅王牙王司馬道子錄尚書六條事。十月，苻堅的弟弟苻融攻陷壽春。二十日，諸將與苻堅在淝水交戰，大破敵軍，俘虜斬首幾萬人，俘獲了苻堅的車輦與雲母車。十一月某日，詔衛將軍謝安在金城慰勞凱旋的軍隊。二十七日，立陳留王的大兒子曹靈誕為陳留王。十二月十五日，因敵寇剛剛平定，大赦天下。以中軍將軍謝石為尚書令。撤銷禁酒令。並開始增收百姓的稅米，每人五石。從前句町王翟遼背叛苻堅，在河南舉兵，慕容垂從鄴地與翟遼會合，於是在洛陽進攻苻堅的兒子苻暉。仇池公楊世逃回隴右，派使稱臣。
十三年夏四月戊午，以青兗二州刺史硃序為持節、都督雍梁沔中九郡諸軍事、雍州刺史，譙王恬之為鎮北將軍、青兗二州刺史。夏六月，旱。乞伏國仁死，弟乾歸嗣偽位，僭號河南王。秋七月，翟遼將翟發寇洛陽，河南太守郭給距破之。冬十二月戊子，濤水入石頭，毀大桁，殺人。乙未，大風，晝晦，延賢堂災。丙申，螽斯則百堂、客館、驃騎庫皆災。己亥，加尚書令謝石衛將軍、開府儀同三司。庚子，尚書令、衛將軍、開府儀同三司謝石薨。
太元九年正月十六日，封武陵王的孫子司馬寶為臨川王。二月初四，立新寧王司馬..的兒子司馬遵為新寧王。正月二十七日，天子謁拜建平等四陵。龍驤將軍劉牢之攻克譙城。車騎將軍、刺史桓衝的部將郭寶進攻新城、魏興、上庸三郡，招降了他們。二月二十七日，使持節，都督荊、江、梁、寧、益、交、廣七州諸軍事，車騎將軍，荊州刺史桓衝死。慕容垂從洛陽與翟遼合攻苻堅鄴地的兒子苻丕。三月，以衛將軍謝安為太保。苻堅北地長史慕容泓、平陽太守慕容衝都起兵背叛苻堅。四月二十六，增置一百名太學生。封張天錫為西平公。派竟陵太守趙統進攻襄陽，攻克了。苻堅的將領姚萇背離苻堅，在北邊起兵，自立為王，國號為秦。六月初一，崇德皇太後褚氏病死。慕容泓被他的叔父慕容衝殺死，慕容衝自稱為皇太弟。七月十七日，派兼司空、高密王司馬純之修繕祭拜洛陽等五陵。二十八日，將康獻皇後葬在崇平陵。百濟派使者前來進貢地方物產。苻堅與慕容衝在鄭西交戰，苻堅的軍隊失敗。八月二十七日，司空郗忄音死。九月十一日，前鋒都督謝玄在鄄城進攻苻堅的將領兗州刺史張崇，戰勝了他。十四日，加封太保謝安大都督揚、江、荊、司、豫、徐、兗、青、冀、幽、並、梁、益、雍、涼十五州諸軍事。十月初一，有日蝕。初七，河間王司馬曇之死。十五日，因天象違度，大赦天下。二十日，立從前新蔡王司馬晃的弟弟司馬崇為新蔡王。苻堅的青州刺史苻朗率領徒眾來降。十二月，苻堅的將領呂光在河右代行皇帝職權，自號酒泉公。慕容衝在阿房僭位當皇帝。
十四年春正月癸亥，詔淮南所獲俘虜付諸作部者一皆散遣，男女自相配匹，賜百日廩，其沿線為軍賞者悉贖出之，以襄陽、淮南饒沃地各立一縣以居之。彭城妖賊劉黎僭稱皇帝於皇丘，龍驤將軍劉宰之討平之。二月，扶南獻方物。呂光僭號三河王。夏四月甲辰，彭城王弘之薨。翟遼寇滎陽，執太守張卓。六月壬寅，使持節、都督荊益寧三州諸軍事、荊州刺史桓石虔卒。秋七月甲寅，宣陽門四柱災。八月，姚萇襲破苻登，獲其偽後毛氏。丁亥，汝南王羲薨。九月庚午，以尚書左仆射陸納為尚書令。冬十二月乙巳，雨，木冰。
太元十年正月十六日，天子拜祭諸陵。二月，建立國家學校。蜀郡太守任權把苻堅的益州刺史李平斬首，益州平定。三月，滎陽人鄭燮率領該郡投降。苻堅國內動亂，派使臣奉表請求接應。龍驤將軍劉牢之與慕容垂在黎陽作戰，朝廷的軍隊大敗。四月初九，劉牢之與沛郡太守周次跟慕容垂在五橋澤作戰，朝廷的軍隊又大敗。十五日，太保謝安率領眾兵救援苻堅。五月，發大水。苻堅留太子苻宏守衛長安，自己逃奔到五將山。六月，苻宏來投降，慕容衝進入長安。七月，苻丕從枋頭向西逃走，龍驤將軍檀玄追趕他，被苻丕打敗。大旱，鬧饑荒。十二日，老人星出現。八月十九日，大赦天下。二十二日，使持節、侍中、中書監、大都督十五州諸軍事、衛將軍、太保謝安死。二十五日，以琅王牙王司馬道子為都督中外諸軍事。這個月，姚萇殺苻堅，僭位當皇帝。九月，呂光占據姑臧，自稱為涼州刺史。苻丕在晉陽僭位為皇帝。十月十三日，論定淮河肥水戰役的戰功，追封謝安為廬陵郡公，封謝石為南康公，謝玄為康樂公，謝琰為望蔡公，桓伊為永修公，其餘的人封賞拜爵各有差等。這一年，乞伏國仁自稱為大單於、秦、河二州牧。
十五年春正月乙亥，鎮北將軍、譙王恬之薨。龍驤將軍劉牢之及翟遼、張願戰於太山，王師敗績。征虜將軍硃序破慕容永於太行。二月辛己，以中書令王恭為都督青兗幽並冀五州諸軍事、前將軍、青兗二州刺史。三月己酉朔，地震。戊辰，大赦。秋七月丁巳，有星孛於北河。八月，永嘉人李耽舉兵反，太守劉懷之討平之。己醜，京師地震。有星孛於北鬥，犯紫微。沔中諸郡及兗州大水。龍驤將軍硃序攻翟遼於滑台，大敗之，張願來降。九月丁未，以吳郡太守王珣為尚書仆射。冬十二月己未，地震。
太元十一年正月二十八日，慕容垂在中山僭位為皇帝。二月十日，翟遼襲擊黎陽，捉住了太守滕恬之。十三日，天子拜謁諸陵。慕容垂的將領許木末在長安殺死慕容衝。三月，大赦天下。太山太守張願帶該郡反叛，向翟遼投降。四月，任百濟王的大兒子餘輝為使持節、都督、鎮東將軍、百濟王。代王拓拔王圭開始改稱魏國。二十二日，以尚書仆射陸納為尚書左仆射，譙王司馬恬為尚書右仆射。六月九日，地震。二十日，任命前輔國將軍楊亮為西戎校尉、雍州刺史，鎮守護衛皇帝陵。八月初一，封孔靖之為奉聖亭侯，供奉宣尼祀。十八日，安平王司馬邃之死。翟遼侵犯譙，龍驤將軍朱序趕跑了他。十月，慕容垂在河東攻破苻丕，苻丕逃到東垣，揚威將軍馮該攻擊並將他斬首，把首級傳到京都。十六日，海西公司馬奕死。十一月，苻丕的將領苻登在隴東僭位當皇帝。
十六年春正月庚申，改築太廟。夏六月，慕容永寇河南，太守楊佺期擊破之。己未，章武王範之薨。秋九月癸未，以尚書右仆射王珣為尚書左仆射，以太子詹事謝琰為尚書右仆射。新廟成。冬十一月，姚萇敗苻登於安定。
太元十二年正月初八，以豫州刺史朱序為青州、兗州刺史，鎮守淮陰。三月十一日，大赦天下。十六日，刮暴風，毀壞房屋，吹折樹木。二十二日，慕容垂侵犯河東，濟北大守溫詳逃到彭城。翟遼派兒子翟釗侵犯陳、潁，朱序將他打跑了。四月三日，天子把夫人李氏尊為皇太妃。二十四日，下冰雹。高平人翟暢捉住太守徐含遠，率該郡向翟遼投降。五月初八日，以束帛禮往聘處士戴逵、龔玄之。八月十八日，立皇子德宗為皇太子，大赦天下，文武臣增位一等，大宴享五日，賜給百官多少不等的布帛。九月二十五日，又任新寧王司馬遵為武陵王，立梁王司馬王逢的兒子司馬和為梁王。十一月，鬆滋太守王遐之在洛口討伐翟遼，將翟遼擊敗。
十七年春正月己巳朔，大赦，除逋租宿債。夏四月，齊國內史蔣喆殺樂安太守辟閭浚，據青州反，北平原太守辟閭渾討平之。五月丁卯朔，日有蝕之。六月癸卯，京師地震。甲寅，濤水入石頭，毀大桁。永嘉郡潮水湧起，近海四縣人多死者。乙卯，大風，折木。戊午，梁王薨。慕容垂襲翟釗於黎陽，敗之，釗奔於慕容永。秋七月丁醜，太白晝見。八月，新作東宮。冬十月丁酉，太白晝見。辛亥，都督荊益寧三州諸軍事、荊州刺史王忱卒。十一月癸酉，以黃門郎殷仲堪為都督荊益梁三州諸軍事、荊州刺史。庚寅，徙封琅邪王道子為會稽王，封皇子德文為琅邪王。十二月己未，地震。是歲，自秋不雨，至於冬。
太元十三年四月二十九日，任青州、兗州刺史朱序為持節、都督雍、梁、沔中九郡諸軍事，雍州刺史、譙王司馬恬之為鎮北將軍、青、兗二州刺史。六月，大旱。乞伏國仁死，其弟乾歸繼承偽位，僭號為河南王。九月，翟遼的將領翟發侵犯襄陽，河南太守郭給拒敵並大破敵軍。十二月初三，波濤進入石頭城，毀壞大浮橋，淹死人。初十，刮大風，白天昏暗，延賢堂遭受火災。十一日，螽斯則百堂、客館、驃騎武庫都遭火災。十四日，加封尚書令謝石為衛將軍、開府儀同三司。十五日，尚書令、衛將軍、開府儀同三司謝石死。
十八年春正月癸亥朔，地震。二月乙未，地又震。三月，翟釗寇河南。夏六月己亥，始興、南康、廬陵大水，深五丈。秋七月，旱。閏月，妖賊司馬徽聚黨於馬頭山，劉牢之遣部將討平之。九月丙戌，龍驤將軍楊佺期擊氐帥楊佛嵩於潼穀，敗之。冬十月，姚萇死，子興嗣偽位。
太元十四年正月初八，詔令淮南所獲交付製作兵器部門的俘虜一律遣散，男女各自相配，賜給他們百日的糧食。那些淪為軍人獎賞的人全部贖出來，在襄陽、淮南的肥沃土地各立一縣讓他們居住。彭城賊將劉黎在皇丘僭位稱皇帝，龍驤將軍劉牢之將他平定。二月，扶南獻上地方物產。呂光僭號為三河王。四月二十日，彭城王司馬弘之死。翟遼侵犯滎陽，捉住了太守張卓。六月十九日，使持節、都督荊、益、寧三州諸軍事、荊州刺史桓石虔死。七月初三，宣陽門的四根大柱失火。八月，姚萇偷襲擊敗苻登，俘虜了他的偽後毛氏。初五，汝南王司馬義死。九月十九，任尚書左仆射陸納為尚書令。十二月二十五日，下雨，樹木結冰。
十九年夏六月壬子，追尊會稽王太妃鄭氏為簡文宣太後。秋七月，荊、徐二州大水，傷秋稼，遣使振恤之。八月己巳，尊皇太妃李氏為皇太後，宮曰崇訓。慕容垂擊慕容永於長子，斬之。冬十月，慕容垂遣其子惡奴寇廩丘，東平太守韋簡及垂將尹國戰於平陸，簡死之。是歲，苻登為姚興所殺，登太子崇奔於湟中，僭稱皇帝。
太元十五年正月二十六日，鎮北將軍、譙王司馬恬之死。龍驤將軍劉牢之與翟遼、張願在太山交戰，朝廷的軍隊失敗。征虜將軍朱序在太行攻破慕容永。二月初二，以中書令王恭為都督青、兗、幽、並、冀五州諸軍事、前將軍、青兗二州刺史。三月初一，地震。二十日，大赦天下。七月十一日，有彗星在北河星旁出現。八月，永嘉人李耽率兵反叛，太守劉懷之將他平定。十三日，京城地震。有彗星在北鬥星上出現，衝犯紫微星座。沔中各郡以及兗州發大水。龍驤將軍朱序在滑台進攻翟遼，翟遼大敗，張願前來投降。九月初一，以吳郡太守王王旬為尚書仆射。十二月十五日，地震。
二十年春二月，作宣太後廟。甲寅，散騎常侍、光祿大夫、開府儀同三司、尚書令陸納卒。三月庚辰朔，日有蝕之。夏六月，荊、徐二州大水。十一月，魏王拓拔圭擊慕容垂子寶於黍穀，敗之。
太元十六年某月，改建太廟。六月，慕容永侵犯河南，太守楊亻全期打敗敵軍，十八日，章武王司馬範之死。九月十四日，以尚書右仆射王王旬為尚書左仆射，以太子詹事謝琰為尚書右仆射。新太廟建成。十一月，姚萇在安定擊敗苻登。
二十一年春正月，造清暑殿。三月，慕容垂攻平城，拔之。夏四月，新作永安宮。丁亥，雨雹。慕容垂死，子寶嗣偽位。五月甲子，以望蔡公謝琰為尚書左仆射。大水。六月，呂光僭即天王位。秋九月庚申，帝崩於清暑殿，時年三十五。葬隆平陵。
太元十七年正月初一，大赦天下，免除往年的陳租舊債。四月，齊國內史蔣哲殺死樂安太守辟閭氵睿，占據青州造**，北平原太守辟閭渾討伐平定叛亂。五月初一，有日蝕。六月初八，京城發生地震。十九日，洪水進入石頭城，毀壞浮橋。永嘉郡的潮水湧起，靠近海邊的四縣死了很多人。二十日，刮大風，吹折樹木。二十三日，梁王司馬和死。慕容垂在黎陽襲擊翟釗，將翟釗打敗，翟釗逃奔慕容永。七月十二日，太白星白天出現。八月，新建東宮。十月初四，太白星白天出現。十八日，都督荊、益、寧三州諸軍事、荊州刺史王忱死。十一月初十，任黃門郎殷仲堪為都督荊、益、梁三州諸軍事、荊州刺史。二十七日，改封琅王牙王司馬道子為會稽王，封皇子司馬德文為琅王牙王。十二月二十七日，發生地震。這一年，從秋天起不下雨，一直到冬天。
帝幼稱聰悟。簡文之崩也，時年十歲，至晡不臨，左右進諫，答曰：“哀至則哭，何常之有？”謝安嚐歎以為精理不減先帝。既威權己出，雅有人主之量。既而溺於酒色，殆為長夜之飲。末年長星見，帝心甚惡之，於華林園舉酒祝之曰：“長星，勸汝一杯酒，自古何有萬歲天子邪！”太白連年晝見，地震水旱為變者相屬。醒日既少，而傍無正人，竟不能改焉。時張貴人有寵，年幾三十，帝戲之曰：“汝以年當廢矣。”貴人潛怒，向夕，帝醉，遂暴崩。時道子昏惑，元顯專權，竟不推其罪人。初，簡文帝見讖雲：“晉祚盡昌明。”及帝之在孕也，李太後夢神人謂之曰：“汝生男，以‘昌明’為字。”及產，東方始明，因以為名焉。簡文帝後悟，乃流涕。及為清暑殿，有識者以為“清暑”反為“楚”聲，哀楚之征也。俄而帝崩，晉祚自此傾矣。
太元十八年正月初一，發生地震。二月初四，又發生地震。三月，翟釗侵犯河南。六月初九，始興、南康、廬陵發大水，水深五丈。七月，大旱。閏七月，賊人司馬徽在馬頭山聚集黨羽徒眾，劉牢之派部將把他平定。八月二十八日，龍驤將軍楊佺期在潼穀進攻氐帥楊佛嵩，將他打敗。十二月，姚萇死，其子姚興繼承偽位。
史臣曰：前史稱“不有廢也，吾何以興”，若乃天挺惟神，光膺嗣位，邁油雲而驤首，濟沈川而能躍。少康一旅之眾，所以闡帝圖；成湯七十之基，所以興王業；靜河海於既泄，補穹圓於已紊；事異於斯，則弗由也。簡皇以虛白之姿，在屯如之會，政由桓氏，祭則寡人。太宗晏駕，寧康纂業，天誘其衷，奸臣自隕。於時西逾劍岫而跨靈山，北振長河而臨清洛；荊吳戰旅，嘯叱成雲；名賢間出，舊德斯在：謝安可以鎮雅俗，彪之足以正紀綱，桓衝之夙夜王家，謝玄之善斷軍事。於時上天乃眷，強氐自泯。五尺童子，振袂臨江，思所以掛旆天山，封泥函穀；而條綱弗垂，威思罕樹，道子荒乎朝政，國寶彙以小人，拜授之榮，初非天旨，鬻刑之貨，自走權門，毒賦年滋，愁民歲廣。是以聞人、許榮馳書詣闕，烈宗知其抗直，而惡聞逆耳，肆一醉於崇朝，飛千觴於長夜。雖複“昌明”表夢，安聽神言？而金行頹弛，抑亦人事，語曰“大國之政未陵夷，小邦之亂已傾覆”也。屬苻堅百六之秋，棄肥水之眾，帝號為“武”，不亦優哉！
太元十九年六月，追尊會稽王太妃鄭氏為簡文宣太後。七月，荊、徐二州發大水，毀壞秋天的莊稼，朝廷派使臣賑濟撫恤。八月十六日，尊皇太妃李氏為皇太後，把她住的宮叫崇訓宮。慕容垂在長子進攻慕容永，將他斬首。十月，慕容垂派他的兒子惡奴侵犯廩丘，東平太守韋簡與慕容垂的將領尹國在平陸交戰，韋簡戰死。這一年，苻登為姚興所殺，苻登的太子苻崇逃到湟中，僭位稱皇帝。
讚曰：君若綴旒，道非交泰。簡皇凝寂，不貽伊害。孝武登朝，奸雄自消。燕之擊路，鄭叔分鑣。倡臨帝席，酒勸天妖。金風不競，人事先凋。
太元二十年二月，建造宣太後廟。初四，散騎常侍、光祿大夫、開府儀同三司、尚書令陸納死。三月初一，有日蝕。六月，荊、徐二州發大水。十一月，魏王拓拔王圭在黍穀進攻慕容垂的兒子慕容寶，將他打敗。
